binaries/src/fasta34/lib_sel.c

   1 /* copyright (c) 1996, 1997, 1998, 1999 William R. Pearson and the
   2    U. of Virginia */
   3
   4 /* $Name: fa_34_26_5 $ - $Id: lib_sel.c,v 1.16 2006/12/06 17:30:52 wrp Exp $ */
   5
   6 /*      modified Dec 13, 1989 requires different FASTLIBS */
   7
   8 #include <stdio.h>
   9 #include <stdlib.h>
  10 #include <math.h>
  11 #include <ctype.h>
  12 #include <string.h>
  13
  14 #include "defs.h"
  15 #include "structs.h"
  16
  17 #ifdef NCBIBL13
  18 #define LASTLIB NCBIBL13+1
  19 #else
  20 #define LASTLIB 11
  21 #endif
  22
  23
  24 int getlnames(char *tname, struct mngmsg *m_msg);
  25 void addfile(char *, char *, struct mngmsg *);
  26 void libchoice(char *lname, int nl, struct mngmsg *m_msg);
  27 void libselect(char *lname, struct mngmsg *m_msg);
  28 void subs_env(char *dest, char *src, int dest_size);
  29 char *ulindex(char *str, char *chr);
  30
  31 static char ldname[MAX_FN];
  32 static char *libenv;
  33
  34 int
  35 getlnames(char *iname, struct mngmsg *m_msg)    /* read in the library names */
  36 {
  37   char *bp, tsave[MAX_STR], *tname;
  38   char lline[MAX_FN], *llp;
  39   FILE *tptr;
  40
  41   /* expand environment variables */
  42
  43   tname = tsave;
  44   subs_env(tname, iname, sizeof(tsave));
  45
  46   if (*tname != '@') {addfile(tname,"\0",m_msg); return 1;}
  47   else tname++;
  48
  49   /* remove ' ' before deftype if present */
  50   if ((bp=strchr(tname,' '))!=NULL) *bp='\0';
  51
  52   if ((tptr=fopen(tname,"r"))==NULL) {
  53     fprintf(stderr," could not open file of names: %s\n",tname);
  54     return 0;
  55   }
  56
  57   while (fgets(lline,sizeof(lline),tptr)!=NULL) {
  58     if (lline[0]==';') continue;
  59     if ((bp=strchr(lline,'\n'))!=NULL) *bp='\0';
  60     subs_env(tsave, lline, sizeof(tsave));
  61     if (tsave[0]=='<') {
  62       strncpy(ldname,&tsave[1],sizeof(ldname));
  63       ldname[sizeof(ldname)-1]='\0';
  64       libenv=ldname;
  65     }
  66     else addfile(tsave,libenv,m_msg);
  67   }
  68   fclose(tptr);
  69   return 1;
  70 }
  71
  72 /* libchoice displays a list of potential library files
  73    in the new &lib& version, only traditional 1-letter files will be
  74    shown initially
  75 */
  76
  77 void
  78 libchoice(char *lname, int nl, struct mngmsg *m_msg)
  79 {
  80   FILE *fch;
  81   char line[MAX_STR], *bp;
  82   char *chstr[MAX_CH],*chfile[MAX_CH];
  83   char *chtmp, *charr;
  84   int i,j,k,chlen;
  85
  86   charr = NULL;
  87   if (strlen(m_msg->flstr)> (size_t)0) {
  88     chlen = MAX_CH*MAX_FN;
  89     if ((chtmp=charr=calloc((size_t)chlen,sizeof(char)))==NULL) {
  90       fprintf(stderr,"cannot allocate choice file array\n");
  91       goto l1;
  92     }
  93     chlen--;
  94     if ((fch=fopen(m_msg->flstr,"r"))==NULL) {
  95       fprintf(stderr," cannot open choice file: %s\n",m_msg->flstr);
  96       goto l1;
  97     }
  98     fprintf(stderr,"\n Choose sequence library:\n\n");
  99
 100     for (i=j=0; j<MAX_CH; i++) {
 101       if (fgets(line,sizeof(line),fch)==NULL) break;/* check for comment */
 102       if (line[0]==';') continue;
 103       if ((bp=strchr(line,'\n'))!=NULL) *bp='\0'; /* remove \n */
 104       if ((bp=strchr(line,'$'))==NULL) continue;  /* if no '$', continue */
 105       *bp++='\0';             /* replace $ with \0, bp points to libtype */
 106
 107       /* if libtypes don't match, continue */
 108       if ((*bp++ -'0')!=m_msg->ldnaseq) continue;
 109
 110       /* if the library file name is too long, quit */
 111       if ((k=strlen(line))>chlen) break;
 112
 113       /* save the library file name */
 114       strncpy(chstr[j]=chtmp,line,chlen);
 115       chtmp += k+1; chlen -= k+1;
 116
 117       if ((k=strlen(bp))>chlen) break;
 118       strncpy(chfile[j]=chtmp,bp,chlen);
 119       chtmp += k+1; chlen -= k+1;
 120       fprintf(stderr,"    %c: %s\n",*chfile[j++],line);
 121     }
 122   l2:  fprintf(stderr,"\n Enter library filename (e.g. %s), letter (e.g. P)\n",
 123                (m_msg->ldnaseq==0)? "prot.lib" : "dna.lib");
 124     fprintf(stderr," or a %% followed by a list of letters (e.g. %%PN): ");
 125     fflush(stderr);
 126     if (fgets(line,sizeof(line),stdin)==NULL) exit(0);
 127     if ((bp=strchr(line,'\n'))!=NULL) *bp='\0';
 128     if (strlen(line)==0) goto l2;
 129     strncpy(lname,line,nl);
 130   }
 131   else {
 132   l1: fprintf(stderr," library file name: ");
 133     fflush(stderr);
 134     if (fgets(line,sizeof(line),stdin)==NULL) exit(0);
 135     if ((bp=strchr(line,'\n'))!=NULL) *bp='\0';
 136     if (strlen(line)> (size_t)0) strncpy(lname,line,nl);
 137     else goto l1;
 138   }
 139   if (charr!=NULL) {
 140     fclose(fch);
 141     free(charr);
 142   }
 143 }
 144
 145 /* libselect parses the choices in char *lname and builds the list
 146    of library files
 147 */
 148 void
 149 libselect(char *lname, struct mngmsg *m_msg)
 150 {
 151   char line[MAX_FN*2], *bp, *bp1;
 152   char *llnames[MAX_LF]; /* pointers into new list of names */
 153   int new_abbr,ich, nch;          /* use new multi-letter abbr */
 154   FILE *fch;
 155
 156   new_abbr = 0;
 157   m_msg->nln = 0;
 158   if (strlen(lname) > (size_t)1 && *lname != '%' && *lname != '+') {
 159     getlnames(lname,m_msg); /* file name */
 160     return;
 161   }
 162   else {
 163     if (*m_msg->flstr=='\0') {
 164       fprintf(stderr," abbrv. list request but FASTLIBS undefined, cannot use %s\n",lname);
 165       exit(1);
 166     }
 167
 168     if (strchr(lname,'+')) {
 169       /* indicates list of database abbrevs (not files) */
 170       new_abbr=1;
 171       nch = 0;
 172       bp = lname+1; if (*bp == '+') bp++;
 173       for (bp1=bp; bp!=NULL && bp1!=NULL; bp=bp1+1) {
 174         if ((bp1=strchr(bp,'+'))!=NULL) *bp1='\0';
 175         llnames[nch++] = bp;
 176       }
 177     }
 178     else if (*lname=='%') {     /* list of single letter abbreviations */
 179       lname++;  /* bump over '%' to get letters */
 180     }
 181
 182   /* else just use a single character abbreviation */
 183
 184   if (strlen(m_msg->flstr) > (size_t)0) {
 185     if ((fch=fopen(m_msg->flstr,"r"))==NULL) {
 186       fprintf(stderr," cannot open choice file: %s\n",m_msg->flstr);
 187       return;
 188     }
 189   }
 190   else {
 191     fprintf(stderr," FASTLIBS undefined\n");
 192     addfile(lname,"\0",m_msg);
 193     return;
 194   }
 195
 196   /* read each line of FASTLIBS */
 197     while (fgets(line,sizeof(line),fch)!=NULL) {
 198       if (line[0]==';') continue;       /* skip comments */
 199       if ((bp=strchr(line,'\n'))!=NULL) *bp='\0';       /* remove '\n' */
 200       if ((bp=strchr(line,'$'))==NULL) continue; /* no delim, continue */
 201       *bp++='\0';       /* point to library type */
 202       if ((*bp++ -'0')!=m_msg->ldnaseq) continue; /* doesn't match, continue */
 203
 204       /* if !new_abbr, match on one letter with ulindex() */
 205       if (!new_abbr) {
 206         if (*bp=='+') continue; /* not a &lib& */
 207         else if (ulindex(lname,bp)!=NULL) {
 208           strncpy(m_msg->ltitle,line,MAX_FN);
 209           getlnames(bp+1,m_msg);
 210         }
 211       }
 212       else {
 213         if (*bp!='+') continue;
 214         else {
 215           bp++;
 216           if ((bp1 = strchr(bp,'+'))!=NULL) {
 217             *bp1='\0';
 218             for (ich = 0; ich<nch; ich++) {
 219               if (strcmp(llnames[ich],bp)==0) {
 220                 strncpy(m_msg->ltitle,line,MAX_FN);
 221                 getlnames(bp1+1,m_msg);
 222                 break;
 223               }
 224             }
 225             *bp1='+';
 226           }
 227           else fprintf(stderr,"%s missing final '+'\n",bp);
 228         }
 229       }
 230     }
 231     fclose(fch);
 232   }
 233 }
 234
 235 void
 236 addfile(char *fname, char *env, struct mngmsg *m_msg)
 237 {
 238   char tname[MAX_STR], *bp, *bp1;
 239   char *lbptr;
 240   int len, lenv, l_size;
 241
 242   /*  check for default directory for files  */
 243   if (env != NULL && *env != '\0') lenv = strlen(env)+1;
 244   else lenv = 0;
 245
 246   len=strlen(fname)+1+lenv;
 247
 248   if (lenv > 1 && *fname != '#') {      /* add default directory to file name */
 249     strncpy(tname,env,sizeof(tname)-1);
 250 #ifdef UNIX
 251     strcat(tname,"/");
 252 #endif
 253     }
 254   else tname[0]='\0';
 255
 256   /* add fname to tname, allocate space, and move to space */
 257   strncat(tname,fname,sizeof(tname)-strlen(tname)-1);
 258   len=strlen(tname)+1;
 259   if ((lbptr=calloc(len,sizeof(char)))==NULL) {
 260     fprintf(stderr,"no more space for filenames: %s ignored\n",fname);
 261     return;
 262   }
 263   else {
 264     strncpy(lbptr,tname,len);
 265     lbptr[len-1]='\0';
 266   }
 267
 268   if (m_msg->nln< MAX_LF) {
 269     m_msg->lbnames[m_msg->nln++]=lbptr;
 270   }
 271   else fprintf(stderr," no more file name slots: %s ignored\n",lbptr);
 272 }
 273
 274 char *
 275 ulindex(char *str, char *chr)
 276 {
 277   char c;
 278
 279   c = tolower((int)(*chr));
 280
 281   while (*str != '\0' && tolower(*str) !=c ) str++;
 282   if (*str=='\0') return NULL;
 283   else return str;
 284 }