binaries/src/fasta34/list_db.c

   1 /* list_db.c - report values from map_db.c  */
   2
   3 /* copyright (c) 1999 William R. Pearson */
   4
   5 /* format of the index file:
   6
   7 1)  map_db version number ["MP"+2 bytes]
   8 2)  number of sequences in database [4 bytes]
   9 3)  total length of database        [8 bytes]
  10 4)  longest sequence in database    [8 bytes]
  11 5) list of offsets to definitions  [num_seq+1] int*8
  12 6) list of offsets to sequences    [num_seq+1] int*8
  13 7) list of flag characters for sequences [num_seq+1] bytes
  14     (used for GCG binary to encode 2bit or 4 bit representation)
  15
  16     sequence files will be as defined by their format
  17 */
  18
  19 #include <stdio.h>
  20 #include <stdlib.h>
  21 #include <string.h>
  22
  23 #include "uascii.h"
  24 #include "ncbl2_head.h"
  25
  26 void src_int4_write(FILE *, int);
  27 void src_int4_read(FILE *, int *);
  28 void src_long4_read(FILE *, long *);
  29 void src_long8_write(FILE *, long);
  30 void src_long8_read(FILE *, long *);
  31
  32 void newname(char *nname, char *oname, char *suff, int maxn);
  33
  34 main(int argc, char **argv)
  35 {
  36   FILE *libi;
  37   char lname[256];
  38   char iname[256];
  39   char format[4];
  40   char *bp;
  41
  42   int i;
  43   int d_pos;    /* start of description */
  44   int s_pos;    /* start of sequence */
  45   int attr;     /* sequence attribute */
  46   int lib_aa;   /* 0 => DNA, 1 => protein */
  47   int nlib;     /* number of entries */
  48   long f_size;
  49   long max_len; /* longest sequence */
  50   long tot_len; /* total sequence length */
  51   int n1;
  52
  53   int lib_size; /* current space available - may be realloc'ed */
  54   int lib_inc;
  55   int lib_type; /* 1 for protein, 0 for DNA */
  56   int lib_dna;  /* dna=1; prot=0; */
  57   long *d_pos_arr;      /* array of description pointers */
  58   long *s_pos_arr;      /* array of description pointers */
  59   char *attr_arr;       /* array of attribute chars */
  60
  61   int mm64_flag;
  62
  63   lib_type = 0;
  64   lib_dna = 0;
  65
  66   /* open the database */
  67   if (argc > 1) strncpy(lname, argv[1],sizeof(lname));
  68   else {
  69     fprintf(stderr," Entry library name: ");
  70     fgets(lname,sizeof(lname),stdin);
  71     if ((bp=strchr(lname,'\n'))!=NULL) *bp='\0';
  72   }
  73
  74   if ((bp=strchr(lname,' '))!=NULL) {
  75     lib_type = atoi(bp+1);
  76     *bp='\0';
  77   }
  78   else lib_type = 0;
  79
  80   newname(iname,lname,"xin",sizeof(iname));
  81
  82   if ((libi=fopen(iname,"r"))==NULL) {
  83     fprintf(stderr," cannot open %s\n",iname);
  84     exit(1);
  85   }
  86
  87   fread(format,1,sizeof(format),libi);
  88   printf("%c%c%d %d\n",format[0],format[1],format[2],format[3]);
  89   mm64_flag = (format[2]==1);
  90
  91   src_int4_read(libi,&lib_aa);
  92
  93   if (mm64_flag) src_long8_read(libi,&f_size);
  94   else src_long4_read(libi,&f_size);
  95
  96   src_int4_read(libi,&nlib);
  97
  98   if (mm64_flag) {
  99     src_long8_read(libi,&tot_len);
 100     src_long8_read(libi,&max_len);
 101   }
 102   else {
 103     src_long4_read(libi,&tot_len);
 104     src_long4_read(libi,&max_len);
 105   }
 106
 107   printf(" %d entries; tot: %ld; max: %ld\n",nlib,tot_len,max_len);
 108
 109   /* allocate array of description pointers */
 110   if ((d_pos_arr=(long *)calloc(nlib+1, sizeof(long)))==NULL) {
 111     fprintf(stderr," cannot allocate %d for desc. array\n",nlib+1);
 112     exit(1);
 113   }
 114   /* allocate array of sequence pointers */
 115   if ((s_pos_arr=(long *)calloc(nlib+1, sizeof(long)))==NULL) {
 116     fprintf(stderr," cannot allocate %d for seq. array\n",nlib+1);
 117     exit(1);
 118   }
 119   if ((attr_arr=(char *)calloc(nlib+1, sizeof(char)))==NULL) {
 120     fprintf(stderr," cannot allocate %d for attr. array\n",nlib+1);
 121     exit(1);
 122   }
 123
 124   if (mm64_flag) {
 125     for (i=0; i<=nlib; i++) src_long8_read(libi,&d_pos_arr[i]);
 126     for (i=0; i<=nlib; i++) src_long8_read(libi,&s_pos_arr[i]);
 127   }
 128   else {
 129     for (i=0; i<=nlib; i++) src_long4_read(libi,&d_pos_arr[i]);
 130     for (i=0; i<=nlib; i++) src_long4_read(libi,&s_pos_arr[i]);
 131   }
 132
 133   fread(attr_arr,nlib+1,sizeof(char),libi);
 134   fclose(libi);
 135
 136   printf("header\tseq\n");
 137
 138   for (i=0; i<nlib; i++) printf("%ld\t%ld\n",d_pos_arr[i],s_pos_arr[i]);
 139 }
 140
 141 void src_int4_read(FILE *fd,  int *val)
 142 {
 143   int tval;
 144 #ifdef IS_BIG_ENDIAN
 145   fread(&tval,(size_t)4,(size_t)1,fd);
 146   *val = tval;
 147 #else
 148   unsigned char b[4];
 149
 150   fread((char *)&b[0],(size_t)1,(size_t)4,fd);
 151   *val = 0;
 152   *val = (int)((int)((int)(b[0]<<8)+(int)b[1]<<8)+(int)b[2]<<8)
 153           +(int)b[3];
 154 #endif
 155 }
 156
 157 void src_long4_read(FILE *fd,  long *val)
 158 {
 159   int tval;
 160 #ifdef IS_BIG_ENDIAN
 161   fread(&tval,(size_t)4,(size_t)1,fd);
 162   *val = tval;
 163 #else
 164   unsigned char b[4];
 165
 166   fread((char *)&b[0],(size_t)1,(size_t)4,fd);
 167   *val = 0;
 168   *val = (int)((int)((int)(b[0]<<8)+(int)b[1]<<8)+(int)b[2]<<8)
 169           +(int)b[3];
 170 #endif
 171 }
 172
 173 void src_long8_read(FILE *fd,  long *val)
 174 {
 175 #ifdef IS_BIG_ENDIAN
 176   fread((char *)val,(size_t)8,(size_t)1,fd);
 177 #else
 178   unsigned char b[8];
 179
 180   fread((char *)&b[0],(size_t)1,(size_t)8,fd);
 181   *val = 0;
 182   *val = (int)
 183     ((((((((int)b[0]<<8)+(int)b[1]<<8)+(int)b[2]<<8)+(int)b[3]<<8)+
 184                 (int)b[4]<<8)+(int)b[5]<<8)+(int)b[6]<<8)+(int)b[7];
 185 #endif
 186 }
 187
 188 void src_int4_write(FILE *fd,  int val)
 189 {
 190 #ifdef IS_BIG_ENDIAN
 191   fwrite(&val,(size_t)4,(size_t)1,fd);
 192 #else
 193   unsigned char b[4];
 194
 195   b[3] = val & 255;
 196   b[2] = (val=val>>8)&255;
 197   b[1] = (val=val>>8)&255;
 198   b[0] = (val=val>>8)&255;
 199
 200   fwrite(b,(size_t)1,(size_t)4,fd);
 201 #endif
 202 }
 203
 204 void
 205 newname(char *nname, char *oname, char *suff, int maxn)
 206 {
 207   strncpy(nname,oname,maxn-1);
 208   strncat(nname,".",1);
 209   strncat(nname,suff,maxn-strlen(nname));
 210 }