binaries/src/fasta34/mm_file.h

   1 /*
   2   copyright (c) 1999 William R. Pearson
   3 */
   4
   5 /* $Name: fa_34_26_5 $ - $Id: mm_file.h,v 1.26 2006/10/05 18:20:40 wrp Exp $ */
   6
   7 /*
   8   mm_file.h - defines m_file_str for mmap()ed files
   9 */
  10
  11 #include <sys/types.h>
  12
  13 #ifndef USE_FSEEKO
  14 #define FSEEK fseek
  15 #define FTELL ftell
  16 typedef long fseek_t;
  17 #else
  18 #define FSEEK fseeko
  19 #define FTELL ftello
  20 typedef off_t fseek_t;
  21 #endif
  22 #define FSEEK_T_DEF
  23
  24 #ifdef HAS_INTTYPES
  25 #include <inttypes.h>
  26 #else
  27 #ifdef WIN32
  28 typedef __int64 int64_t;
  29 typedef unsigned __int64 uint64_t;
  30 #else
  31 typedef long int64_t;
  32 typedef unsigned long uint64_t;
  33 #endif
  34 #endif
  35 #ifdef BIG_LIB64
  36 typedef int64_t MM_OFF;
  37 #else
  38 typedef long MM_OFF;
  39 #endif
  40
  41 #ifdef MYSQL_DB
  42 #include <mysql.h>
  43 #endif
  44 #ifdef PGSQL_DB
  45 #include <libpq-fe.h>
  46 #endif
  47
  48 struct lmf_str {
  49   FILE *libf;           /* sequence file being read */
  50   FILE *hfile;          /* BLAST2.0 description file */
  51   unsigned int *oid_list;       /* oid list for subsets */
  52   int oid_seqs;         /* start offset for mask array */
  53   int pref_db;          /* preferred database */
  54   unsigned int max_oid; /* start offset for mask array */
  55
  56   char lb_name[120];    /* file name */
  57   int lb_type;          /* library type */
  58   int *sascii;          /* ascii -> sq mapping */
  59
  60   /* used by flat files */
  61   char *lline;          /* last line read */
  62   unsigned char *cpsave;        /* position in line for lgetlib() */
  63   fseek_t lpos;                 /* position in file */
  64
  65   /* Genbank Flat files */
  66   int lfflag;           /* flag for CRLF in EMBL CDROM files */
  67
  68   /* stuff for GCG format files (5,6) */
  69   int gcg_binary;       /* flag for binary gcg format */
  70   long gcg_len;         /* length of GCG sequence */
  71
  72   int bl_lib_pos;         /* for ncbl2 */
  73   int bl_format_ver;      /* blast formatdb version */
  74   char opt_text[MAX_FN];          /* text after filename */
  75
  76   /* used when memory mapping */
  77   int mm_flg;           /* mmap worked */
  78   int mmap_fd;          /* mmap_fd */
  79   char *mmap_base;      /* base */
  80   char *mmap_addr;      /* current pos */
  81   long st_size;         /* file size */
  82
  83   MM_OFF *d_pos_arr;    /* pointer to desc. offsets */
  84   MM_OFF *s_pos_arr;    /* pointer to seq. offsets */
  85   MM_OFF *a_pos_arr;    /* pointer to aux offsets */
  86
  87   /* currently available only for memory mapped files */
  88   int max_cnt;          /* # database entries */
  89   int64_t tot_len;      /* total residue length */
  90   long max_len;         /* maximum sequence lengh */
  91   int lib_aa;           /* 0 = DNA, 1 = prot */
  92   char *tmp_buf;        /* temporary buffer */
  93   int tmp_buf_max;      /* max size */
  94
  95   /* used for SQL database queries */
  96   char *sql_db, *sql_query, *sql_getdesc, *sql_getseq;
  97   int sql_reopen;
  98   char **sql_uid_arr;   /* indexed by lpos */
  99   /* used to get sequence data */
 100   char *sql_seqp;
 101
 102 #ifdef MYSQL_DB
 103   /* used to open the database */
 104   MYSQL *mysql_conn;
 105   MYSQL_RES *mysql_res;
 106   MYSQL_ROW mysql_row;
 107 #endif
 108
 109 #ifdef PGSQL_DB
 110   /* used to open the database */
 111   PGconn *pgsql_conn;
 112   PGresult *pgsql_res;
 113 #endif
 114
 115   int (*getlib)(unsigned char *seq, int maxs,
 116                 char *libstr, int n_libstr,
 117                 fseek_t *libpos,
 118                 int *lcont,
 119                 struct lmf_str *lm_fd,
 120                 long *l_off);
 121
 122   void (*ranlib)(char *str, int cnt,
 123                  fseek_t libpos, char *libstr,
 124                  struct lmf_str *lm_fd);
 125 };
 126