binaries/src/fasta34/mw.h

   1 /* Concurrent read version */
   2
   3 /* $Name: fa_34_26_5 $ - $Id: mw.h,v 1.20 2006/03/20 17:38:15 wrp Exp $ */
   4
   5 #include <sys/types.h>
   6
   7 #include "aln_structs.h"
   8
   9 #ifndef FSEEK_T_DEF
  10 #ifndef USE_FSEEKO
  11 typedef long fseek_t;
  12 #else
  13 typedef off_t fseek_t;
  14 #endif
  15 #endif
  16
  17 struct beststr {
  18   int n1;               /* sequence length */
  19   int *n1tot_p;         /* pointer (or NULL) to long sequence length */
  20   int score[3];         /* score */
  21   int sw_score;         /* do_walign() score */
  22   double comp;
  23   double H;
  24   double zscore;
  25   double escore;
  26   int segnum;
  27   int seglen;
  28   struct lmf_str *m_file_p;
  29   fseek_t lseek;
  30   char libstr[MAX_UID];
  31   int cont;
  32   int frame;
  33   int nsfnum;
  34   int sfnum[10];
  35   long loffset;
  36   struct a_struct aln_d;        /* these values are used by -m9 */
  37   struct a_res_str a_res;       /* need only a_res, not a_res[2], because different frames
  38                                    for the same sequence are stored separately */
  39   int have_ares;
  40   float percent, gpercent;
  41 };
  42
  43 struct stat_str {
  44   int score;
  45   int n1;
  46   double comp;
  47   double H;
  48   double escore;
  49   int segnum;
  50   int seglen;
  51 };
  52
  53