binaries/src/fasta34/ncbl_head.h

   1 /* ncbl_head.h  header files for blast1.3 format */
   2
   3 /* $Name: fa_34_26_5 $ - $Id: ncbl_head.h,v 1.1.1.1 1999/10/22 20:56:01 wrp Exp $ */
   4
   5 #define AMINO_ACID_SEQTYPE      1
   6 #define AA_SEQTYPE      AMINO_ACID_SEQTYPE
   7 #define NUCLEIC_ACID_SEQTYPE    2
   8 #define NT_SEQTYPE      NUCLEIC_ACID_SEQTYPE
   9
  10 /* Filename extensions used by the two types of databases (a.a. and nt.) */
  11 #define AA_HEADER_EXT   "ahd"
  12 #define AA_TABLE_EXT    "atb"
  13 #define AA_SEARCHSEQ_EXT        "bsq"
  14 #define NT_HEADER_EXT   "nhd"
  15 #define NT_TABLE_EXT    "ntb"
  16 #define NT_SEARCHSEQ_EXT        "csq"
  17
  18 #define DB_TYPE_PRO     0x78857a4f      /* Magic # for a protein sequence database */
  19 #define DB_TYPE_NUC     0x788325f8      /* Magic # for a nt. sequence database */
  20
  21 #define AAFORMAT        3       /* Latest a.a. database format ID number */
  22 #define NTFORMAT        6       /* Latest nt. database format ID number */
  23
  24 #define NULLB           '\0'    /* sentinel byte */
  25 #define NT_MAGIC_BYTE   0xfc    /* Magic byte at end of compressed nt db */
  26
  27 #ifndef CHAR_BIT
  28 #define CHAR_BIT        8       /* these values should match blast */
  29 #endif
  30
  31 #define NBPN            2
  32 #define NSENTINELS      2