binaries/src/fasta34/p_mw.h

   1 /* Concurrent read version */
   2
   3 /* $Name: fa_34_26_5 $ - $Id: p_mw.h,v 1.17 2006/04/12 18:00:02 wrp Exp $ */
   4
   5 #ifndef FSEEK_T_DEF
   6 #ifndef USE_FSEEKO
   7 typedef long fseek_t;
   8 #else
   9 typedef off_t fseek_t;
  10 #endif
  11 #endif
  12
  13 struct beststr {
  14   int n1;               /* sequence number */
  15   int score[3];         /* score */
  16   int rscore;   /* score from shuffled sequence */
  17   int sw_score; /* optimal score from alignment */
  18   double comp;  /* karlin 1/lambda comp.parameter */
  19   double H;     /* karlin H information content */
  20   double zscore;
  21   double escore;
  22   double r_escore;
  23   int segnum;
  24   int seglen;
  25   int  lib;
  26   fseek_t lseek;
  27   int cont;
  28   int frame;
  29   int m_seqnm;
  30   int seqnm;
  31   int wrkr;
  32   struct sql *desptr;
  33   struct a_struct *aln_d;
  34   char *aln_code;
  35   int aln_code_n;
  36   float percent, gpercent;
  37 };
  38
  39 struct stat_str {
  40   int score;
  41   int n1;
  42   double comp;
  43   double H;
  44   double escore;
  45   int segnum;
  46   int seglen;
  47 };
  48
  49 /* this structure passes library sequences to the worker threads
  50    and returns scores */
  51
  52 #include "w_mw.h"
  53
  54 /*
  55 struct pbuf_head {
  56   int buf_cnt;
  57   unsigned char *start;
  58   struct sqs2 *buf;
  59 };
  60 */