binaries/src/fasta34/re_getlib.c

   1 /* re_getlib.c - re-acquire a sequence given lseek, lcont */
   2
   3 #include <stdio.h>
   4 #include <stdlib.h>
   5 #include <string.h>
   6
   7 #include "defs.h"
   8 #include "mm_file.h"
   9
  10 #define GETLIB (m_fptr->getlib)
  11
  12 int
  13 re_getlib(unsigned char *aa1,
  14           int maxn,     /* longest aa1 */
  15           int maxt3,    /* alternate maxn */
  16           int loff,     /* overlap */
  17           int lcont,
  18           int term_code,
  19           long *loffset,        /* offset from real start of sequence */
  20           long *l_off_p,        /* coordinate of sequence start */
  21           struct lmf_str *m_fptr) {
  22
  23   unsigned char *aa1ptr;
  24   int icont, maxt, ccont, n1;
  25   char libstr[20];
  26   fseek_t lmark;
  27
  28   aa1ptr = aa1;
  29   icont=0;
  30
  31   *loffset = 0l;
  32   maxt = maxn;
  33   n1 = -1;
  34   for (ccont=0; ccont<=lcont-1; ccont++) {
  35
  36     n1= GETLIB(aa1ptr,maxt,libstr,sizeof(libstr),&lmark,&icont,m_fptr,l_off_p);
  37
  38     if (term_code && m_fptr->lib_aa && aa1ptr[n1-1]!=term_code) {
  39       aa1ptr[n1++]=term_code;
  40       aa1ptr[n1]=0;
  41     }
  42
  43     if (aa1ptr!=aa1) n1 += loff;
  44
  45     if (icont>lcont-1) break;
  46
  47     if (icont) {
  48       maxt = maxt3;
  49       memcpy(aa1,&aa1[n1-loff],loff);
  50       aa1ptr= &aa1[loff];
  51       *loffset += n1 - loff;
  52     }
  53     else {
  54       maxt = maxn;
  55       aa1ptr=aa1;
  56     }
  57   }
  58   return n1;
  59 }