binaries/src/fasta34/readme.mpi_3.3

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   2  $Name: fa_34_26_5 $ - $Id: readme.mpi_3.3,v 1.4 2001/08/20 21:18:47 wrp Exp $
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   4 20-August-2001
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   6 This file is obsolete - see readme.v34t0, readme.v33t0, and
   7 readme.pvm_3.4 for more up-to-date information.  With version 3.4, the
   8 MPI programs are mp34comp*, mu34comp*, etc.
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  10 ================
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  12 20 January 2000
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  14 This distribution includes the first full-function MPI implementation of
  15 the libary-vs-library comparison programs.  The following programs are
  16 available:
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  18 Programs to produce conventional scores and alignments:
  19
  20 mp3compfa       protein vs protein, DNA vs DNA
  21 mp3compsw       protein vs protein, DNA vs DNA
  22 mp3compfx/      DNA vs protein
  23 mp3comptfx/y    protein vs DNA
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  25 Programs to summarize the effectiveness of a search (require
  26 super-family-labeled databases):
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  28 ms3compfa       protein vs protein, DNA vs DNA
  29 ms3compsw       protein vs protein, DNA vs DNA
  30 ms3compfx/      DNA vs protein
  31 ms3comptfx/y    protein vs DNA
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  33 Programs to report the scores and alignments of the highest scoring
  34 unrelated sequence (require super-family-labeled databases). These
  35 programs are used to evaluate the super-family labeling.
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  37 mu3compfa       protein vs protein, DNA vs DNA
  38 mu3compsw       protein vs protein, DNA vs DNA
  39 mucompfx/       DNA vs protein
  40 mu3comptfx/y    protein vs DNA
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  42 Note that the current parallel implementations distribute the second
  43 database among 'N' parallel workers by approximately dividing the
  44 database into 'N' parts by seeking into the middle of the database and
  45 finding the next entry.  This strategy fails when the database is a
  46 single long sequence (the first worker gets the entire database, the
  47 others get nothing).
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  49 This version has been tested using the MPICH implementation of MPI,
  50 which is available from:
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  52         ftp://ftp.mcs.anl.gov/mpi
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  54 See readme.pvm_3.3 for other information about the development of
  55 these programs.  Both the PVM (pv3compfa, etc.) and MPI (mp3compfa,
  56 etc.) sets of programs use the same sets of source files; differences
  57 in the two implementations are specified with #define PVM_SRC and
  58 #define MPI_SRC.
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