binaries/src/fasta34/readme.v30t6

   1
   2 >>August 24, 1996
   3
   4 New programs - tfastx3, tfastx3_t, compare a protein sequence to
   5 forward and reverse translations of a DNA sequence database.  An excellent
   6 replacement for tfasta3.
   7
   8 Sun multiprocessing - change in thr_create() to use all CPU's if available.
   9
  10 GCG formats - now can search with simple GCG-format query sequences and
  11 results with GCG format Swissprot and Genpept are more readable.
  12
  13 >>August 26, 1996
  14
  15 Fixed bugs in tfastx3(_t) and fastx3(_t) including an ancient problem
  16 with aatran().  Less redundancy in gcg_ranlib().
  17
  18
  19 >>August 31, 1996
  20
  21 Included support for BLOSUM62 (-s BL62) as per documentation.
  22
  23 Rearranged Makefile's so that they would make everything in one pass.
  24
  25 >>September 6, 1996
  26
  27 Corrected yet another problem with the fastx/tfastx code.
  28
  29 Noticed that searching without optimized scores gave no optimized
  30 scores on the final list of scores - fixed this.
  31
  32 The pvm version now does alignments - not thoroughly tested.
  33
  34 >>September 13, 1996
  35
  36 Fixed display of best scores to stdout.
  37
  38 Fixed problem with alignments when -o flag used.
  39
  40 pvcompfa/pvcompsw have now been tested on DEC Alpha, Solaris X86, and
  41 SGI PVM implementations.  Several bugs were corrected.
  42
  43 >>September 18, 1996
  44
  45 Fixed bug selectbestz() that caused core dumps in pvcomplib.c
  46 (changes to pvcomplib.c, comp_thr.c, complib.c).
  47
  48 >>September 23, 1996
  49
  50 Corrected showalign.c/pvm_showalign.c addressing bug found and fixed
  51 by Erik Wallin. (erikw@biokemi.su.se).
  52
  53 >>October 15, 1996
  54
  55 Corrected bug so alternative scoring matrices are used.
  56
  57 >>October 22, 1996
  58
  59 Remove singularities from regression routine.
  60
  61 -z 0 now means no statistics (same as -z -1).
  62
  63 No longer show alignment for 0 score.
  64
  65 >>October 26, 1996
  66
  67 Fix problem with -b, -d when Z-values disabled.
  68
  69 >>November 1, 1996
  70
  71 Altschul-Gish statistical estimates (-z 3) now work properly.
  72
  73 Fix problem with mean_var==0.0.
  74