binaries/src/fasta34/readme.v31t0

   1
   2 >>November 1, 1997
   3
   4  --> v31t0
   5
   6 version 31t of the fasta program package uses a more modular
   7 structure for comparison functions.  In addition to modular functions
   8 to initialize, calculate and align sequences, v31 provides a modular
   9 function for creating the alignment display.  This was required for
  10 fasty and fastf, which have very different alignment strategies from
  11 the other search programs.
  12
  13 >>February 13, 1998
  14
  15 modified nascii[] so that 0, 1, 2 are no longer end of sequence
  16 characters.
  17
  18 prss3 added.  Unlike prss, prss3 uses -d # to specify the number of
  19 shuffles.
  20
  21 >>March 18, 1998
  22
  23 First public release.  Corrected problems with dropfz.c (which is
  24 used in fasty3, tfasty3).  Makefile is well tested, but other Makefile's
  25 are not.  PVM versions not tested.
  26
  27 >>March 19, 1998
  28
  29 Problem with unthreaded tfastx3, tfasty3 caused by bug in complib.c
  30 fixed. All Makefiles (Makefile.alpha Makefile.sun, Makefile.sgi,
  31 Makefile.linux) have been tested and work properly. Threaded versions
  32 do not work on linux (yet).  Function labeling problems with fasty3,
  33 tfasty3 corrected.
  34
  35 >>March 20, 1998
  36
  37  --> v31t02
  38
  39 Fixed problem with inconsistent openlib() calls that broke BLAST databases
  40 on some platforms.
  41
  42 >>March 27, 1998
  43
  44  --> v31t04
  45
  46 Fixed a long standing problem with fastx/tfastx and fasty/tfasty that
  47 caused various memory allocation problems and core dumps.
  48
  49 The PVM version works again, but cannot produce alignments.  The
  50 change in the location of the modular display functions will require
  51 significant changes in the pvm display functions.  For the moment,
  52 showalign() has been commented out.
  53
  54 Code tested on Macintosh without changes.
  55
  56 Added some additional information in the results file.
  57
  58
  59 Please report bugs to wrp@virginia.edu
  60
  61 >>April 3, 1998
  62
  63 Removed some debugging code in faatran.c now that fastx/fasty bugs
  64 seem corrected.
  65
  66   FASTA --> v3.14
  67
  68 Corrected uninitialized array elements in dropnfa.c.
  69
  70 >>April 10, 1998
  71
  72 Added facility for specifying SRCH_URL (the URL string that will be
  73 used to re-search the database) and REF_RUL (the URL string that
  74 will be used to lookup the sequence) ini url_subs.c.  This allows perl
  75 scripts to provide different databases for re-searching dynamically.
  76
  77 >>April 16, 1998
  78
  79  --> v31t05
  80
  81 Corrected problem with ignoring ','s in databases (','s are found in
  82 PIR).
  83
  84 >>April 18, 1998
  85
  86 Corrected some problems with sequence names for Entrez lookups and
  87 re-searching databases.
  88
  89 Made minor modifications to nxgetaa.c and compacc.c for compatibility
  90 with Borland 'C' compiler for Win32 systems.  Including makefile.tc
  91 fasta.rsp, prss.rsp, and test.bat for Borland 'C'/win32.
  92
  93 >>April 24, 1998
  94
  95  --> v31t06
  96
  97 Fixed another bug in fasty3/tfasty3 alignment routines.
  98
  99 Added additional information to the do_url1() (url_subs.c) function.
 100 The re-search URL can now reference the start, stop, and length of the
 101 library sequence to be re-searched with.  For DNA library sequences,
 102 these values are always in nucleotides, even with tfasta/x/y.
 103
 104
 105 >>May 12, 1998
 106
 107 (no version change as v31t06 was not released prior to this)
 108
 109 Correct nxgetaa.c GETLIB to deal correctly with BLAST NR database
 110 sequences with exceptionally long title lines.
 111
 112 Fix bug with long -O results files.
 113
 114 >>May 18, 1998
 115
 116  --> v31t07
 117
 118 Corrected some bugs in information string lengths (e.g. gstring1,
 119 stat_str), disabling statistics with -z 0, translation of 'X' by
 120 saatran() (faatran.c) that caused problems with FASTX.
 121
 122 A serious bug has been fixed in the FASTX alignment routines.
 123 For some pathological sequences, % identity increases from < 10%
 124 to 40%. The version number of the main program has not changed,
 125 but the version number of the fastx function has changed to 3.2.
 126
 127 >>June 19, 1998
 128
 129  --> v31t08
 130
 131 Corrected some problems with alignments with -m 10.
 132
 133 Added -Z db_size option to modify apparent database size for
 134 expectation value calculation (used only for protein/protein FASTA and
 135 SSEARCH, FASTX, FASTY, TFASTX, and TFASTY).
 136
 137 >>July 1, 1998
 138
 139  (no version change)
 140
 141 Corrected size of lbnames[], lb_size[] in structs.h to accomodate MAX_LF
 142 files.
 143
 144 >>July 13, 1998
 145
 146  --> v31t09
 147
 148 Corrected problem in nxgetaa.c encountered when reading long sequences
 149 (that must be split) in fasta format.
 150
 151 Corrected problem in statistics calculation encountered with a small number
 152 of very long DNA sequences.
 153
 154 >>July 17, 1998
 155
 156  (no version change, date change for ssearch3)
 157
 158 Corrected default expectation cutoff (it was 10, now it is 2.0) for
 159 DNA with ssearch3.
 160