binaries/src/fasta34/readme.v31t1

   1 >>July 22, 1998
   2
   3  --> v31t10
   4
   5 Corrected problem with histogram when unscaled statistics used (e.g. prss3).
   6
   7 Corrected problems with prss3 shuffled sequence prompt.  Provided option
   8 to enter number of shuffles, window size, for prss3.  Number of shuffles
   9 for prss3 can be entered as an option (-d #) or as the third argument
  10 on the command line (prss3 query lib 1000).
  11
  12 Modified nrand.c, nrand48.c to use time to set random number.
  13
  14 Corrected problems reading GCG formatted files with prss3.
  15
  16 Corrected various problems with pvcomp* programs, but they still do
  17 not produce alignments with version 3.1.
  18
  19 Two new programs, fastf3(_t) and tfastf3(_t) are available.  These
  20 programs compare a set of mixed peptide sequences from an Edman
  21 sequencer to a protein (fastf3) or DNA (tfastf3) database, using
  22 the database sequences to de-convolve the peptide mixture.
  23
  24 See fastf3.1
  25
  26 >>August 11, 1998
  27
  28 (no version change)
  29
  30 Modified initfa.c so that using '-n' on the fastx/fasty command line
  31 would not cause problems.
  32
  33 Changed labeling of query sequence length for fastx/fasty from 'aa' to 'nt'.
  34
  35 >>August 18, 1998
  36
  37 (no version change)
  38
  39 Modified complib.c, comp_thr.c scaleswn.c, to report E()-value for only
  40 one related sequence if -z 3 is used.
  41
  42 >>August 23, 1998
  43
  44  -->v31t11
  45
  46 Some serious problems with prss3 have been corrected:
  47
  48 (1) use dropnsw.c rather than dropgsw.c for more accurate low scores
  49
  50 (2) modify estimation program; use scaleswe.c rather than scaleswn.c.
  51     scaleswe.c has some improvements for estimation by moments and can
  52     use MLE as well as mu/var (-z 3).
  53
  54 (3) add p() estimate.
  55
  56 (4) correct bugs in nrand48, which caused bad sequences for llgetaa.c
  57
  58 (5) -Z number works properly for prss3 and other programs (fixed histogram).
  59
  60 (6) a new program, ssearch3e, is available that uses the same scaling
  61     routines as prss3 (scaleswe.c). prss3 will save the random
  62     sequences it generates when the -r file option is given; the
  63     sequences are in file_rlib.  ssearch3e (or ssearch3 or fasta) can
  64     then do a search on exactly the same sequences that were used by prss3.
  65
  66 A bug reading GCG format compressed DNA databases was fixed.
  67
  68 Fixed a bug that caused query sequence not to be displayed with -m 10.
  69
  70 Simple optimization in dropnfa.c improves performance 10%.
  71
  72 >>Sept. 1, 1998
  73
  74 (no version change)
  75
  76 Modified nxgetaa.c to recognize "ACGTX" as nucleotides.
  77
  78 >>Sept. 7, 1998
  79
  80  --> v31t12
  81
  82 Added -z 11 - 15, which use shuffled sequences, rather than real
  83 sequences to calculate statistical estimates.  Because a shuffled
  84 sequence score is calculated for each sequence score, the search
  85 process takes twice as long.  In this first version, codons are not
  86 preserved during shuffles, so tfasta/x/y shuffles may not be as
  87 informative as they should be.
  88
  89 Also fix a problem with prss3 shuffles.
  90
  91 >>Sept. 14, 1998
  92
  93  (no version change; previous version not released)
  94
  95 Corrected bugs in tfastx3/tfasty3 caused by using the -3 option with
  96 or without -i.  With the bug fixes; "-3" and "-3 -i" work as expected;
  97 "-3" gives the forward three frames, while "-3 -i" gives the reverse
  98 three frames.
  99
 100 In addition, tfasta3/tfasta3_t was upgraded to perform the same way
 101 that tfastx/y3 does - i.e. a search with "-i -3" searches only frames
 102 4,5, and 6, while "-3" searches only frames 1, 2, and 3.
 103
 104 >>Sept. 29, 1998
 105
 106  --> v31t13
 107
 108 Corrected bugs in dropfx.c that were corrected in fasta30 last May,
 109 but lingered in fasta31.  Also included code to ensure that tfastx/y
 110 alignments against long introns would not overrun the alignment
 111 buffer.  Instead of overrunning the buffer, the message: ***aligment
 112 truncated *** is displayed.
 113