binaries/src/fasta34/sc_to_e.c

   1
   2 /* copyright (c) 1996, 1997, 1998, 1999 William R. Pearson and the
   3    U. of Virginia */
   4
   5 /* $Name: fa_34_26_5 $ - $Id: sc_to_e.c,v 1.2 2006/04/12 18:00:02 wrp Exp $ */
   6
   7 /* sc_to_e  uses statistical parameters from search and
   8             score, length, and database size to calculate E()
   9 */
  10
  11 #include <stdio.h>
  12 #include <stdlib.h>
  13 #include <math.h>
  14
  15 double mean_var, mu, rho;
  16
  17 main(argc, argv)
  18      int argc; char **argv;
  19 {
  20   char line[128];
  21   int score, length, db_size;
  22   double z_val, s_to_zv(), zv_to_E();
  23
  24   if (argc == 4) {
  25     sscanf(argv[1],"%lf",&rho);
  26     sscanf(argv[2],"%lf",&mu);
  27     sscanf(argv[3],"%lf",&mean_var);
  28   }
  29   else {
  30     fprintf(stderr," enter rho mu mean_var: ");
  31     fgets(line,sizeof(line),stdin);
  32     sscanf(line,"%lf %lf %lf",&rho, &mu, &mean_var);
  33   }
  34
  35   while (1) {
  36     fprintf(stderr," enter score length db_size: ");
  37     if (fgets(line,sizeof(line),stdin)==NULL) exit(0);
  38     if (line[0]=='\n') exit(0);
  39     sscanf(line,"%d %d %d",&score, &length, &db_size);
  40     if (db_size < 1) db_size = 50000;
  41
  42     z_val = s_to_zv(score, length);
  43
  44     printf(" s: %d (%d) E(%d): %4.2g\n",score,length,db_size,zv_to_E(z_val,db_size));
  45   }
  46 }
  47
  48 double s_to_zv(int score, int length)
  49 {
  50   return ((double)score - rho * log((double)length) - mu)/sqrt(mean_var);
  51 }
  52
  53 double zv_to_E(double zv, int db_size)
  54 {
  55   double e;
  56
  57   e = exp(-1.282554983 * zv - .577216);
  58   return (double)db_size * (e > .01 ? 1.0 - exp(-e) : e);
  59 }