binaries/src/fasta34/search.html

   1 <html>
   2 <head>
   3 <title>FASTA Sequence Comparison Engine</title></head>
   4 <body bgcolor="white" >
   5
   6 <h1 align=center>Search with FASTA</h1>
   7
   8 <form action="http://fasta.bioch.virginia.edu/fasta/cgi/searchnn.cgi" method=post>
   9
  10 <b>Choose program and database(s) to query:</b><br>
  11 <b>Program:</b>
  12 <select name = "program">
  13  <option> FASTA
  14  <option> FASTX
  15  <option> FASTY
  16  <option> FASTF
  17  <option> FASTS
  18  <option> TFASTX
  19  <option> TFASTY
  20  <option> TFASTF
  21  <option> TFASTS
  22  <option> SSEARCH
  23 </select><br><br>
  24
  25 <b>Databases:</b>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<font color="blue">Blue databases</font> and possibly DNA databases can be re-searched<br>
  26 <table align=center cellspacing=10>
  27 <tr>
  28 <td><b>Protein</b><br>
  29   <input type=checkbox name = "libpa" value="a">NBRF Annotated Protein Database (rel. 53)<br>
  30   <input type=checkbox name = "libpp" value="p">NBRF Protein Database (complete)<br>
  31   <input type=checkbox name = "libpd" value="d">NRL_3d structure database<br>
  32   <input type=checkbox name = "libpn" value="n"><font color="blue">NCBI/Blast NR protein database</font><br>
  33   <input type=checkbox name = "libpk" value="k"><font color="blue">NCBI/Blast NR protein database (seg)</font><br>
  34   <input type=checkbox name = "libps" value="q"><font color="blue">NCBI/Blast Swiss-Prot</font><br>
  35   <input type=checkbox name = "libpr" value="r"><font color="blue">NCBI/BLAST Swiss-Prot (seg)</font><br>
  36   <input type=checkbox name = "libpo" value="o">OWL Nonredundant database<br>
  37   <input type=checkbox name = "libpy" value="y">Yeast Proteins<br>
  38 </td>
  39
  40 <td><b>DNA</b><br>
  41   <input type=checkbox name = "libnp" value="p">Primate<br>
  42   <input type=checkbox name = "libnr" value="r">Rodent<br>
  43   <input type=checkbox name = "libnm" value="m">Other Mammals<br>
  44   <input type=checkbox name = "libnb" value="b">Vertebrates<br>
  45   <input type=checkbox name = "libnh" value="h">High Throughput Genomics<br>
  46   <input type=checkbox name = "libni" value="i">Invertebrates<br>
  47   <input type=checkbox name = "libnl" value="l">Plants<br>
  48   <input type=checkbox name = "libnt" value="t">Bacteria<br>
  49 </td>
  50
  51 <td valign=top><br>
  52   <input type=checkbox name = "libns" value="s">Structural RNA<br>
  53   <input type=checkbox name = "libnv" value="v">Viral<br>
  54   <input type=checkbox name = "libng" value="g">Phage<br>
  55   <input type=checkbox name = "libnz" value="z">Synthetics<br>
  56   <input type=checkbox name = "libne" value="e">EST sequences<br>
  57   <input type=checkbox name = "libnf" value="f"><font color="blue">BLAST human ESTs</A><br>
  58   <input type=checkbox name = "libnc" value="c"><font color="blue">BLAST mouse ESTs</A><br>
  59 </td>
  60 </tr>
  61 </table>
  62 <p>
  63 <b>Sequence type:</b><br>
  64 <input type=radio name="seqtype" value=1 checked>Protein
  65 <input type=radio name="seqtype" value=2>DNA (both strands)
  66 <input type=radio name="seqtype" value=3>DNA (forward only)
  67 <input type=radio name="seqtype" value=4>DNA (rev-comp only)
  68
  69 <p>
  70 <b>Enter query sequence:&nbsp;</b><select name="in_seq"><option>FASTA format<option>Accession/GI number</select>  <b>Subset range:</b>
  71 <input type=text name="ssr" maxlength=20 size=10></input>
  72 <table>
  73 <tr>
  74 <td>
  75 <textarea name="sequence" rows=6 cols=60 wrap=hard align=left></textarea>
  76 <td valign=top>
  77 <a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Entrez/protein.html" target="entrez_window">Entrez protein sequence browser</A><br><br>
  78 <a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Entrez/nucleotide.html" target="entrez_window">Entrez DNA sequence browser</A>
  79 <br><br>
  80 <input type=submit name="input" value="Submit Query">
  81 </table>
  82 <br><br>
  83
  84 <b>Other options:</b><br>
  85 <table>
  86 <tr>
  87 <td>
  88 <b>Ktup:</b><br>
  89 <input type=text name="ktup" maxlength=3 size=3></input>
  90 <td>
  91 <b>Protein matrix:</b><br>
  92 <select name = "pmatrix">
  93  <option> Default
  94  <option> Blosum50
  95  <option> Blosum62
  96  <option> Blosum80
  97  <option> Pam250
  98  <option> Pam120
  99  <option> MD20
 100  <option> MD10
 101 </select>
 102 <td>
 103  <b>DNA matrix:</b><br>
 104 <select name = "dmatrix">
 105  <option> Default
 106  <option> +4/-3
 107  <option> blastn2
 108  <option> +4/-4
 109  <option> +4/-8
 110 </select>
 111 <td>
 112   <b>gap:</b><br>
 113 <input type=text name="gap" maxlength=4 size=3></input>
 114 <td>
 115   <b>ext:</b><br>
 116 <input type=text name="ext" maxlength=4 size=3></input>
 117 <td>
 118 <b>misc:</b><br>
 119 <input type=text name="out_opt" maxlength=10 size=5></input>
 120 </tr>
 121 </table>
 122 <br>
 123
 124 <b>Output limits:</b><br>
 125 <b>E():</b><input type=text name="eval" maxlength=6 size=4></input>
 126 <b>Highest E():</b><input type=text name="etop" maxlength=6 size=4></input>
 127 <b>scores:</b><input type=text name="best" maxlength=3 size=3></input>
 128 <b>alignments:</b><input type=text name="align" maxlength=3 size=3></input>
 129 </form>
 130 <br>
 131
 132 <hr>
 133 <CENTER>
 134 <a href="http://fasta.bioch.virginia.edu/">FASTA Home</a> | <a href="search.html">Search FASTA</a> |
 135 <a href="ftp://ftp.virginia.edu/pub/fasta/"> Get FASTA</a> |
 136 <a href="http://www.people.virginia.edu/~wrp/pearson.html">About the Author </a>
 137 <hr>
 138
 139 <br>
 140
 141 <font size=-1><i><br>
 142 Copyright 1988, 1991, 1992, 1993, 1994 1995, 1997, 1999 by
 143 William R. Pearson and the University of Virginia.  All rights
 144 reserved. The FASTA program and documentation may not be sold or
 145 incorporated into a commercial product, in whole or in part, without
 146 written consent of William R. Pearson and the University of Virginia.
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 150 </body>
 151  </frameset>
 152 </html>