binaries/src/fasta34/showrss.c

   1
   2 /* copyright (c) 1996, 1997, 1998, 1999 William R. Pearson and the
   3    U. of Virginia */
   4
   5 /* $Name: fa_34_26_5 $ - $Id: showrss.c,v 1.12 2006/04/12 18:00:02 wrp Exp $ */
   6
   7 #include <stdio.h>
   8 #include <stdlib.h>
   9 #include <string.h>
  10
  11 #include "defs.h"
  12 #ifndef PCOMPLIB
  13 #include "mw.h"
  14 #else
  15 #include "p_mw.h"
  16 #endif
  17
  18 #include "structs.h"
  19 #include "param.h"
  20
  21 extern double
  22 zs_to_E(double zs, int n1, int isdna, long entries,struct db_str db);
  23 extern double zs_to_bit(double zs, int n0, int n1);
  24 extern double zs_to_p(double zs);
  25
  26 extern double (*find_zp)(int score, double escore, int length, double comp, void *);
  27
  28 extern char *prog_func;
  29
  30 void showbest (FILE *fp, unsigned char **aa0, unsigned char *aa1, int maxn,
  31                struct beststr **bptr, int nbest, int qlib, struct mngmsg *m_msg,
  32                struct pstruct pst, struct db_str db,
  33                char *gstring2, void **f_str)
  34 {
  35   double zs;
  36   int score;
  37   char *rlabel;
  38   struct beststr *bbp;
  39
  40   if ((rlabel=strrchr(m_msg->label,' '))==NULL) rlabel = m_msg->label;
  41
  42   fprintf(fp,"\n %s - %d shuffles; ",prog_func,m_msg->shuff_max);
  43   if (m_msg->shuff_wid > 0)
  44     fprintf(fp," window shuffle, window size: %d\n",m_msg->shuff_wid);
  45   else
  46     fprintf(fp," uniform shuffle\n");
  47
  48   bbp = bptr[0];
  49
  50   fprintf(fp," unshuffled %s score: %d;  bits(s=%d|n_l=%d): %4.1f p(%d) < %g\n",
  51           rlabel,bbp->score[0],bbp->score[0], bbp->n1,
  52           zs_to_bit(bbp->zscore,m_msg->n0,bbp->n1),bbp->score[0],zs_to_p(bbp->zscore));
  53
  54   fprintf(fp,"For %ld sequences, a score >= %d is expected %4.4g times\n\n",
  55           pst.zdb_size,bbp->score[0],zs_to_E(bbp->zscore,bbp->n1,0l,pst.zdb_size,db));
  56 }
  57
  58 void showalign (FILE *fp, unsigned char *aa0, unsigned char *aa1, int maxn,
  59                 struct beststr **bptr, int nbest,int qlib, struct mngmsg m_msg,
  60                 struct pstruct pst, void *f_str, char *gstring2)
  61 {
  62 }
  63
  64 void
  65 aancpy(char *to, char *from, int count,
  66        struct pstruct pst)
  67 {
  68   char *tp;
  69
  70   tp=to;
  71   while (count-- && *from) {
  72     if (*from <= pst.nsq) *tp++ = pst.sq[*(from++)];
  73     else *tp++ = *from++;
  74   }
  75   *tp='\0';
  76 }