binaries/src/fasta34/upam.h

   1 /* Concurrent read version */
   2 /*      20-June-1986    universal pam file */
   3
   4 /* $Name: fa_34_26_5 $ - $Id: upam.h,v 1.19 2006/02/07 17:58:19 wrp Exp $ */
   5
   6 /* modified to accomodate both lower and upper case amino acid numbers
   7    as a result MAXSQ = 50
   8 */
   9
  10 #ifndef UPAM_GBL_DEF
  11 #define UPAM_GBL_DEF
  12
  13 #define EOSEQ 0
  14 #define MAXSQ 50
  15 #define MAXUC 24
  16 #define MAXLC 48
  17
  18 #define MAXHASH 32
  19 #define NMAP MAXHASH+1
  20
  21 #ifndef XTERNAL
  22
  23 int pamoff=0;
  24
  25 /*extern int gdelval, ggapval;*/
  26
  27 /* char sqnam[]="aa"; */
  28 /* char sqtype[]="protein"; */
  29
  30 char aa[MAXSQ+1]  = {"\0ARNDCQEGHILKMFPSTWYVBZX*ARNDCQEGHILKMFPSTWYVBZX*\0"};
  31 char aax[MAXSQ+1] = {"\0ARNDCQEGHILKMFPSTWYVBZX*arndcqeghilkmfpstwyvbzx*\0"};
  32
  33 int naa = 24;   /* this should be calculated from aa[] */
  34 int naax = 48;
  35
  36 /* haa[] used to map all valid amino acid codes into a hash value;
  37    now, there is an additional hash value - not-mapped - NM */
  38
  39 /* this has been expanded to accomodate '*' */
  40 int haa[MAXSQ+1] = {
  41   NMAP,1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,3,7,NMAP,NMAP,
  42        1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,3,7,NMAP,NMAP};
  43
  44 int haax[MAXSQ+1] = {
  45   NMAP,1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,3,7,NMAP,
  46   NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,
  47   NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,
  48   NMAP};
  49
  50 /*
  51   PAM 250 substitution matrix, scale = ln(2)/3 = 0.231049
  52   Expected score = -0.844, Entropy = 0.354 bits
  53   Lowest score = -8, Highest score = 17
  54 */
  55 int apam250[450] = {
  56  2,
  57 -2, 6,
  58  0, 0, 2,
  59  0,-1, 2, 4,
  60 -2,-4,-4,-5,12,
  61  0, 1, 1, 2,-5, 4,
  62  0,-1, 1, 3,-5, 2, 4,
  63  1,-3, 0, 1,-3,-1, 0, 5,
  64 -1, 2, 2, 1,-3, 3, 1,-2, 6,
  65 -1,-2,-2,-2,-2,-2,-2,-3,-2, 5,
  66 -2,-3,-3,-4,-6,-2,-3,-4,-2, 2, 6,
  67 -1, 3, 1, 0,-5, 1, 0,-2, 0,-2,-3, 5,
  68 -1, 0,-2,-3,-5,-1,-2,-3,-2, 2, 4, 0, 6,
  69 -4,-4,-4,-6,-4,-5,-5,-5,-2, 1, 2,-5, 0, 9,
  70  1, 0,-1,-1,-3, 0,-1,-1, 0,-2,-3,-1,-2,-5, 6,
  71  1, 0, 1, 0, 0,-1, 0, 1,-1,-1,-3, 0,-2,-3, 1, 2,
  72  1,-1, 0, 0,-2,-1, 0, 0,-1, 0,-2, 0,-1,-3, 0, 1, 3,
  73 -6, 2,-4,-7,-8,-5,-7,-7,-3,-5,-2,-3,-4, 0,-6,-2,-5,17,
  74 -3,-4,-2,-4, 0,-4,-4,-5, 0,-1,-1,-4,-2, 7,-5,-3,-3, 0,10,
  75  0,-2,-2,-2,-2,-2,-2,-1,-2, 4, 2,-2, 2,-1,-1,-1, 0,-6,-2, 4,
  76  0,-1, 2, 3,-4, 1, 2, 0, 1,-2,-3, 1,-2,-5,-1, 0, 0,-5,-3,-2, 2,
  77  0, 0, 1, 3,-5, 3, 3,-1, 2,-2,-3, 0,-2,-5, 0, 0,-1,-6,-4,-2, 2, 3,
  78  0,-1, 0,-1,-3,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-2,-1, 0, 0,-4,-2,-1,-1,-1,-1,
  79  0,-1, 0,-1,-3,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-2,-1, 0, 0,-4,-2,-1,-1,-1,-1, 8};
  80
  81 /*
  82  This matrix was produced by "pam" Version 1.0.6 [28-Jul-93]
  83  PAM 120 substitution matrix, scale = ln(2)/2 = 0.346574
  84  Expected score = -1.64, Entropy = 0.979 bits
  85  Lowest score = -8, Highest score = 12
  86 */
  87 int apam120[450] = {
  88   3,
  89  -3, 6,
  90   0,-1, 4,
  91   0,-3, 2, 5,
  92  -3,-4,-5,-7, 9,
  93  -1, 1, 0, 1,-7, 6,
  94   0,-3, 1, 3,-7, 2, 5,
  95   1,-4, 0, 0,-5,-3,-1, 5,
  96  -3, 1, 2, 0,-4, 3,-1,-4, 7,
  97  -1,-2,-2,-3,-3,-3,-3,-4,-4, 6,
  98  -3,-4,-4,-5,-7,-2,-4,-5,-3, 1, 5,
  99  -2, 2, 1,-1,-7, 0,-1,-3,-2,-2,-4, 5,
 100  -2,-1,-3,-4,-6,-1,-4,-4,-4, 1, 3, 0, 8,
 101  -4,-4,-4,-7,-6,-6,-6,-5,-2, 0, 0,-6,-1, 8,
 102   1,-1,-2,-2,-3, 0,-1,-2,-1,-3,-3,-2,-3,-5, 6,
 103   1,-1, 1, 0,-1,-2,-1, 1,-2,-2,-4,-1,-2,-3, 1, 3,
 104   1,-2, 0,-1,-3,-2,-2,-1,-3, 0,-3,-1,-1,-4,-1, 2, 4,
 105  -7, 1,-5,-8,-8,-6,-8,-8,-5,-7,-5,-5,-7,-1,-7,-2,-6, 12,
 106  -4,-6,-2,-5,-1,-5,-4,-6,-1,-2,-3,-6,-4, 4,-6,-3,-3,-1, 8,
 107   0,-3,-3,-3,-2,-3,-3,-2,-3, 3, 1,-4, 1,-3,-2,-2, 0,-8,-3, 5,
 108   0,-2, 3, 4,-6, 0, 3, 0, 1,-3,-4, 0,-4,-5,-2, 0, 0,-6,-3,-3, 4,
 109  -1,-1, 0, 3,-7, 4, 4,-2, 1,-3,-3,-1,-2,-6,-1,-1,-2,-7,-5,-3, 2, 4,
 110  -1,-2,-1,-2,-4,-1,-1,-2,-2,-1,-2,-2,-2,-3,-2,-1,-1,-5,-3,-1,-1,-1,-2,
 111  -1,-2,-1,-2,-4,-1,-1,-2,-2,-1,-2,-2,-2,-3,-2,-1,-1,-5,-3,-1,-1,-1,-2, 6};
 112
 113 /*
 114 #     VTML160
 115 #
 116 # This matrix was produced with scripts written by
 117 # Tobias Mueller and Sven Rahmann [June-2001].
 118 #
 119 # VTML160 substitution matrix, Units = Third-Bits
 120 # Expected Score = -1.297840 Third-Bits
 121 # Lowest Score = -7, Highest Score = 16
 122 #
 123 # Entropy H = 0.562489 Bits
 124 #
 125 # 30-Jun-2001
 126 */
 127 int avt160[450] = {
 128   5,
 129   -2,  7,
 130   -1,  0,  7,
 131   -1, -3,  3,  7,
 132   1, -3, -3, -5, 13,
 133   -1,  2,  0,  1, -4,  6,
 134   -1, -1,  0,  3, -5,  2,  6,
 135   0, -3,  0, -1, -2, -3, -2,  8,
 136   -2,  1,  1,  0, -2,  2, -1, -3,  9,
 137   -1, -4, -4, -6, -1, -4, -5, -7, -4,  6,
 138   -2, -3, -4, -6, -4, -2, -4, -6, -3,  3,  6,
 139   -1,  4,  0,  0, -4,  2,  1, -2,  0, -4, -3,  5,
 140   -1, -2, -3, -5, -1, -1, -3, -5, -3,  2,  4, -2,  8,
 141   -3, -5, -5, -7, -4, -4, -6, -6,  0,  0,  2, -5,  1,  9,
 142   0, -2, -2, -1, -3, -1, -1, -3, -2, -4, -3, -1, -4, -5,  9,
 143   1, -1,  1,  0,  1,  0,  0,  0, -1, -3, -3, -1, -3, -3,  0,  4,
 144   1, -1,  0, -1,  0, -1, -1, -2, -1, -1, -2, -1, -1, -3, -1,  2,  5,
 145   -5, -4, -5, -7, -7, -6, -7, -5, -1, -2, -1, -5, -4,  3, -5, -4, -6, 16,
 146   -3, -3, -2, -5, -1, -4, -3, -5,  3, -2, -1, -3, -2,  6, -6, -2, -3,  4, 10,
 147   0, -4, -4, -4,  1, -3, -3, -5, -3,  4,  2, -3,  1, -1, -3, -2,  0, -5, -3,  5,
 148   -1, -2,  5,  6, -4,  0,  2, -1,  0, -5, -5,  0, -4, -6, -2,  1,  0, -6, -3, -4,  5,
 149   -1,  0,  0,  3, -5,  4,  5, -2,  0, -4, -3,  2, -3, -5, -1,  0, -1, -7, -4, -3,  2,  5,
 150   0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,
 151   -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7,  6};
 152
 153 /*
 154   Matrix made by matblas from blosum50.iij
 155   BLOSUM Clustered Scoring Matrix in 1/3 Bit Units
 156   Blocks Database = /data/blocks_5.0/blocks.dat
 157   Cluster Percentage: >= 50
 158   Entropy =   0.4808, Expected =  -0.3573
 159 */
 160 int abl50[450] = {
 161   5,
 162  -2, 7,
 163  -1,-1, 7,
 164  -2,-2, 2, 8,
 165  -1,-4,-2,-4,13,
 166  -1, 1, 0, 0,-3, 7,
 167  -1, 0, 0, 2,-3, 2, 6,
 168   0,-3, 0,-1,-3,-2,-3, 8,
 169  -2, 0, 1,-1,-3, 1, 0,-2,10,
 170  -1,-4,-3,-4,-2,-3,-4,-4,-4, 5,
 171  -2,-3,-4,-4,-2,-2,-3,-4,-3, 2, 5,
 172  -1, 3, 0,-1,-3, 2, 1,-2, 0,-3,-3, 6,
 173  -1,-2,-2,-4,-2, 0,-2,-3,-1, 2, 3,-2, 7,
 174  -3,-3,-4,-5,-2,-4,-3,-4,-1, 0, 1,-4, 0, 8,
 175  -1,-3,-2,-1,-4,-1,-1,-2,-2,-3,-4,-1,-3,-4,10,
 176   1,-1, 1, 0,-1, 0,-1, 0,-1,-3,-3, 0,-2,-3,-1, 5,
 177   0,-1, 0,-1,-1,-1,-1,-2,-2,-1,-1,-1,-1,-2,-1, 2, 5,
 178  -3,-3,-4,-5,-5,-1,-3,-3,-3,-3,-2,-3,-1, 1,-4,-4,-3,15,
 179  -2,-1,-2,-3,-3,-1,-2,-3, 2,-1,-1,-2, 0, 4,-3,-2,-2, 2, 8,
 180   0,-3,-3,-4,-1,-3,-3,-4,-4, 4, 1,-3, 1,-1,-3,-2, 0,-3,-1, 5,
 181  -2,-1, 4, 5,-3, 0, 1,-1, 0,-4,-4, 0,-3,-4,-2, 0, 0,-5,-3,-4, 5,
 182  -1, 0, 0, 1,-3, 4, 5,-2, 0,-3,-3, 1,-1,-4,-1, 0,-1,-2,-2,-3, 2, 5,
 183  -1,-1,-1,-1,-2,-1,-1,-2,-1,-1,-1,-1,-1,-2,-2,-1, 0,-3,-1,-1,-1,-1,-1,
 184  -1,-1,-1,-1,-2,-1,-1,-2,-1,-1,-1,-1,-1,-2,-2,-1, 0,-3,-1,-1,-1,-1,-1, 7};
 185
 186 /*
 187   A   R   N   D   C   Q   E   G   H   I   L   K   M   F   P   S   T   W   Y   V   B   Z   X   * */
 188 int a_md10[450]= {
 189  11,    /* A */
 190 -12, 12,        /* R */
 191 -12,-13, 13,    /* N */
 192 -11,-18, -3, 12,        /* D */
 193 -13,-10,-14,-20, 17,    /* C */
 194 -13, -5,-11,-13,-19, 13,        /* Q */
 195 -10,-15,-12, -2,-22, -5, 12,    /* E */
 196  -8, -9,-11, -9,-12,-16, -9, 11,        /* G */
 197 -16, -5, -5,-10,-12, -3,-15,-16, 16,    /* H */
 198 -13,-17,-14,-19,-17,-20,-19,-21,-18, 12,        /* I */
 199 -15,-14,-19,-21,-16,-12,-20,-21,-13, -7, 10,    /* L */
 200 -14, -2, -6,-15,-21, -6, -8,-15,-13,-17,-18, 12,        /* K */
 201 -13,-14,-15,-18,-15,-14,-18,-19,-15, -4, -4,-12, 16,    /* M */
 202 -18,-22,-19,-22,-11,-22,-23,-22,-14,-11, -6,-23,-14, 14,        /* F */
 203  -7,-12,-17,-18,-18, -8,-17,-16,-10,-19,-10,-16,-17,-17, 13,    /* P */
 204  -5,-10, -4,-12, -7,-13,-15, -7,-11,-14,-13,-13,-15,-11, -6, 11,        /* S */
 205  -4,-12, -7,-14,-14,-13,-15,-14,-13, -7,-16,-10, -7,-19, -9, -4, 12,    /* T */
 206 -21, -9,-21,-21,-10,-17,-21,-13,-21,-21,-13,-21,-17,-13,-21,-15,-18, 18,        /* W */
 207 -20,-17,-12,-13, -7,-16,-21,-20, -3,-15,-16,-20,-17, -3,-20,-12,-17,-12, 15,    /* Y */
 208  -6,-17,-17,-15,-12,-17,-14,-13,-19, -1, -8,-18, -5,-12,-16,-14,-10,-16,-18, 11,        /* V */
 209 -12,-15,  5,  5,-17,-12, -7,-10, -7,-16,-20,-11,-17,-21,-17, -8,-10,-22,-13,-16, 13,    /* B */
 210 -16,-18,-17, -8,-32,  1,  9,-17,-17,-29,-26,-11,-24,-34,-21,-21,-21,-29,-29,-22, -9, 13, /* Z */
 211  -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1,
 212  -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, 9};
 213
 214 int a_md20[450] = {
 215  10,
 216 -10, 12,
 217  -9,-10, 13,
 218  -8,-14, -1, 12,
 219 -10, -7,-11,-16, 17,
 220 -10, -3, -8, -9,-16, 13,
 221  -7,-11, -9,  1,-19, -3, 11,
 222  -5, -6, -8, -6, -9,-12, -7, 11,
 223 -12, -3, -2, -7, -9,  0,-12,-13, 15,
 224 -10,-14,-11,-16,-14,-16,-16,-17,-14, 12,
 225 -12,-11,-15,-18,-13, -9,-17,-18,-10, -4, 10,
 226 -11,  0, -4,-12,-17, -3, -5,-12, -9,-14,-15, 12,
 227  -9,-11,-12,-15,-12,-11,-15,-16,-12, -1, -2, -9, 15,
 228 -15,-19,-16,-19, -8,-18,-20,-19,-11, -8, -4,-19,-10, 13,
 229  -5, -9,-13,-15,-14, -5,-14,-12, -7,-15, -7,-13,-14,-14, 12,
 230  -2, -8, -1, -9, -4,-10,-12, -5, -8,-11,-10,-10,-12, -8, -3, 10,
 231  -1, -9, -4,-11,-10,-10,-12,-11,-10, -4,-12, -7, -4,-15, -7, -1, 11,
 232 -17, -6,-18,-18, -7,-14,-18,-10,-17,-17,-10,-17,-14,-10,-18,-12,-15, 18,
 233 -16,-14, -9,-11, -4,-12,-18,-17,  0,-12,-12,-17,-14,  0,-16, -9,-13, -9, 14,
 234  -3,-14,-14,-12, -9,-14,-11,-11,-15,  2, -5,-15, -2, -9,-13,-11, -7,-13,-14, 11,
 235  -9,-12,  6,  6,-14, -9, -4, -7, -4,-13,-17, -8,-13,-18,-14, -5, -7,-19,-10,-13, 12,
 236 -12,-13,-13, -4,-27,  4, 10,-13,-12,-24,-21, -6,-20,-29,-17,-17,-17,-24,-24,-18, -6, 12,
 237  -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1,
 238  -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, 9 };
 239
 240 int a_md40[450] = {
 241   9,
 242  -7, 11,
 243  -6, -6, 12,
 244  -6,-10,  1, 11,
 245  -7, -5, -8,-13, 16,
 246  -7,  0, -5, -6,-12, 12,
 247  -5, -8, -5,  3,-15,  0, 11,
 248  -3, -4, -5, -4, -7, -9, -4, 10,
 249  -9,  0,  0, -4, -6,  2, -8,-10, 14,
 250  -6,-10, -8,-12,-11,-12,-12,-13,-11, 11,
 251  -9, -9,-12,-14,-10, -6,-13,-14, -7, -1,  9,
 252  -8,  3, -1, -8,-12, -1, -3, -9, -6,-11,-12, 11,
 253  -6, -8, -9,-12, -9, -8,-11,-12, -9,  1,  1, -7, 14,
 254 -11,-15,-12,-15, -5,-14,-16,-15, -7, -5, -1,-16, -7, 13,
 255  -2, -6, -9,-11,-11, -3,-11, -9, -4,-11, -5,-10,-10,-11, 12,
 256   0, -5,  1, -6, -2, -7, -8, -2, -6, -8, -7, -7, -8, -6, -1,  9,
 257   1, -6, -2, -8, -7, -7, -8, -7, -7, -2, -9, -5, -2,-11, -4,  1, 10,
 258 -14, -4,-14,-15, -4,-11,-15, -7,-13,-13, -8,-13,-11, -7,-14, -9,-12, 18,
 259 -13,-10, -6, -8, -2, -9,-14,-13,  2, -9, -9,-13,-11,  2,-13, -7,-10, -6, 14,
 260  -1,-11,-10, -9, -7,-11, -8, -8,-12,  4, -2,-12,  0, -6, -9, -7, -4,-10,-11, 10,
 261  -6, -8,  6,  6,-10, -6, -1, -4, -2,-10,-13, -5,-10,-14,-10, -3, -5,-15, -7,-10, 11,
 262  -8, -8, -8,  0,-21,  6, 10, -8, -7,-18,-16, -3,-15,-23,-12,-12,-12,-19,-18,-14, -3, 11,
 263  -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1,
 264  -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, 9};
 265
 266 /*
 267   Matrix made by matblas from blosum62.iij
 268   * column uses minimum score
 269   BLOSUM Clustered Scoring Matrix in 1/2 Bit Units
 270   Blocks Database = /data/blocks_5.0/blocks.dat
 271   Cluster Percentage: >= 62
 272   Entropy =   0.6979, Expected =  -0.5209
 273 */
 274
 275 int abl62[450] = {
 276   4,
 277  -1, 5,
 278  -2, 0, 6,
 279  -2,-2, 1, 6,
 280   0,-3,-3,-3, 9,
 281  -1, 1, 0, 0,-3, 5,
 282  -1, 0, 0, 2,-4, 2, 5,
 283   0,-2, 0,-1,-3,-2,-2, 6,
 284  -2, 0, 1,-1,-3, 0, 0,-2, 8,
 285  -1,-3,-3,-3,-1,-3,-3,-4,-3, 4,
 286  -1,-2,-3,-4,-1,-2,-3,-4,-3, 2, 4,
 287  -1, 2, 0,-1,-3, 1, 1,-2,-1,-3,-2, 5,
 288  -1,-1,-2,-3,-1, 0,-2,-3,-2, 1, 2,-1, 5,
 289  -2,-3,-3,-3,-2,-3,-3,-3,-1, 0, 0,-3, 0, 6,
 290  -1,-2,-2,-1,-3,-1,-1,-2,-2,-3,-3,-1,-2,-4, 7,
 291   1,-1, 1, 0,-1, 0, 0, 0,-1,-2,-2, 0,-1,-2,-1, 4,
 292   0,-1, 0,-1,-1,-1,-1,-2,-2,-1,-1,-1,-1,-2,-1, 1, 5,
 293  -3,-3,-4,-4,-2,-2,-3,-2,-2,-3,-2,-3,-1, 1,-4,-3,-2,11,
 294  -2,-2,-2,-3,-2,-1,-2,-3, 2,-1,-1,-2,-1, 3,-3,-2,-2, 2, 7,
 295   0,-3,-3,-3,-1,-2,-2,-3,-3, 3, 1,-2, 1,-1,-2,-2, 0,-3,-1, 4,
 296  -2,-1, 3, 4,-3, 0, 1,-1, 0,-3,-4, 0,-3,-3,-2, 0,-1,-4,-3,-3, 4,
 297  -1, 0, 0, 1,-3, 3, 4,-2, 0,-3,-3, 1,-1,-3,-1, 0,-1,-3,-2,-2, 1, 4,
 298   0,-1,-1,-1,-2,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-2, 0, 0,-2,-1,-1,-1,-1,-1,
 299   0,-1,-1,-1,-2,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-2, 0, 0,-2,-1,-1,-1,-1,-1, 6};
 300
 301 /* blosum80 in 1/2 bit units (previous versions had 1/3 bit units) */
 302 /*
 303   Matrix made by matblas from blosum80.iij
 304   * column uses minimum score
 305   BLOSUM Clustered Scoring Matrix in 1/2 Bit Units
 306   Blocks Database = /data/blocks_5.0/blocks.dat
 307   Cluster Percentage: >= 80
 308   Entropy =   0.9868, Expected =  -0.7442
 309 */
 310
 311 int abl80[450] = {
 312   5,
 313  -2, 6,
 314  -2,-1, 6,
 315  -2,-2, 1, 6,
 316  -1,-4,-3,-4, 9,
 317  -1, 1, 0,-1,-4, 6,
 318  -1,-1,-1, 1,-5, 2, 6,
 319   0,-3,-1,-2,-4,-2,-3, 6,
 320  -2, 0, 0,-2,-4, 1, 0,-3, 8,
 321  -2,-3,-4,-4,-2,-3,-4,-5,-4, 5,
 322  -2,-3,-4,-5,-2,-3,-4,-4,-3, 1, 4,
 323  -1, 2, 0,-1,-4, 1, 1,-2,-1,-3,-3, 5,
 324  -1,-2,-3,-4,-2, 0,-2,-4,-2, 1, 2,-2, 6,
 325  -3,-4,-4,-4,-3,-4,-4,-4,-2,-1, 0,-4, 0, 6,
 326  -1,-2,-3,-2,-4,-2,-2,-3,-3,-4,-3,-1,-3,-4, 8,
 327   1,-1, 0,-1,-2, 0, 0,-1,-1,-3,-3,-1,-2,-3,-1, 5,
 328   0,-1, 0,-1,-1,-1,-1,-2,-2,-1,-2,-1,-1,-2,-2, 1, 5,
 329  -3,-4,-4,-6,-3,-3,-4,-4,-3,-3,-2,-4,-2, 0,-5,-4,-4,11,
 330  -2,-3,-3,-4,-3,-2,-3,-4, 2,-2,-2,-3,-2, 3,-4,-2,-2, 2, 7,
 331   0,-3,-4,-4,-1,-3,-3,-4,-4, 3, 1,-3, 1,-1,-3,-2, 0,-3,-2, 4,
 332  -2,-2, 4, 4,-4, 0, 1,-1,-1,-4,-4,-1,-3,-4,-2, 0,-1,-5,-3,-4, 4,
 333  -1, 0, 0, 1,-4, 3, 4,-3, 0,-4,-3, 1,-2,-4,-2, 0,-1,-4,-3,-3, 0, 4,
 334  -1,-1,-1,-2,-3,-1,-1,-2,-2,-2,-2,-1,-1,-2,-2,-1,-1,-3,-2,-1,-2,-1,-1,
 335  -1,-1,-1,-2,-3,-1,-1,-2,-2,-2,-2,-1,-1,-2,-2,-1,-1,-3,-2,-1,-2,-1,-1, 6};
 336
 337 /*      DNA alphabet
 338
 339         A, C, G, T, U   1-4, 5
 340         R, Y            6, 7
 341         M (A or C)      8
 342         W (A or T)      9
 343         S (C or G)      10
 344         K (G or T)      11
 345         D (not C)       12
 346         H (not G)       13
 347         V (not T)       14
 348         B (not A)       15
 349         N               16
 350         X               17
 351 */
 352
 353 char nt[MAXSQ+1] ={"\0ACGTURYMWSKDHVBNXACGTURYMWSKDHVBNX\0"};
 354 char ntx[MAXSQ+1]={"\0ACGTURYMWSKDHVBNXacgturymwskdhvbnx\0"};
 355 char ntc[MAXSQ+1]={"\0TGCAAYRKWSMHDBVNXtgcaayrkwsmhdbvnx\0"};
 356
 357 /* nt complement to encoding */
 358                      /* A:T C:G G:C T:A U:A */
 359 int gc_nt[MAXSQ+1]={ 0,  4,  3,  2,  1,  1,
 360                      /* R:Y Y:R M:K W:W */
 361                          7,  6, 11,  9,
 362                      /* S:S K:M D:H H:D */
 363                         10,  8, 13, 12,
 364                      /* B:V V:B N:N X:X */
 365                         15, 14, 16, 16};
 366
 367 int nnt = 17;
 368 int nntx = 34;
 369
 370 int hnt[MAXSQ+1] = {
 371   NMAP,0,1,2,3,3,0,1,0,0,1,2,0,0,0,1,NMAP,
 372   NMAP,0,1,2,3,3,0,1,0,0,1,2,0,0,0,1,NMAP,NMAP};
 373 int hntx[MAXSQ+1] = {
 374   NMAP,0,1,2,3,3,0,1,0,0,1,2,0,0,0,1,NMAP,
 375   NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,
 376   NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP};
 377
 378 int npam[450] = {
 379 /*       A  C  G  T  U  R  Y  M  W  S  K  D  H  V  B  N  X  */
 380          5,                                             /* A */
 381         -4, 5,                                          /* C */
 382         -4,-4, 5,                                       /* G */
 383         -4,-4,-4, 5,                                    /* T */
 384         -4,-4,-4, 5, 5,                                 /* U */
 385          2,-1, 2,-1,-1, 2,                              /* R (A G)*/
 386         -1, 2,-1, 2, 2,-2, 2,                           /* Y (C T)*/
 387          2, 2,-1,-1,-1,-1,-1, 2,                        /* M (A C)*/
 388          2,-1,-1, 2, 2, 1, 1, 1, 2,                     /* W (A T)*/
 389         -1, 2, 2,-1,-1, 1, 1, 1,-1, 2,                  /* S (C G)*/
 390         -1,-1, 2, 2, 2, 1, 1,-1, 1, 1, 2,               /* K (G T)*/
 391          1,-2, 1, 1, 1, 1,-1,-1, 1,-1, 1, 1,            /* D (!C) */
 392          1, 1,-2, 1, 1,-1, 1, 1, 1,-1,-1,-1, 1,         /* H (!G) */
 393          1, 1, 1,-2,-2, 1,-1, 1,-1, 1,-1,-1,-1, 1,      /* V (!T) */
 394         -2, 1, 1, 1, 1,-1, 1,-1,-1, 1, 1,-1,-1,-1, 1,   /* B (!A) */
 395         -1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1, /* N */
 396         -1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1}; /* X */
 397 /*       A  C  G  T  U  R  Y  M  W  S  K  D  H  V  B  N  */
 398
 399 int *pam;                       /* Pam matrix- 1D */
 400 int *pam12;
 401 int *pam12x;
 402 int pamh1[MAXSQ+1];             /* used for kfact replacement */
 403
 404 /* Robinson & Robinson counts */
 405 long rrcounts[25] = {
 406   0,
 407   35155,
 408   23105,
 409   20212,
 410   24161,
 411   8669,
 412   19208,
 413   28354,
 414   33229,
 415   9906,
 416   23161,
 417   40625,
 418   25872,
 419   10101,
 420   17367,
 421   23435,
 422   32070,
 423   26311,
 424   5990,
 425   14488,
 426   29012,
 427   0, 0, 0, 0 };
 428
 429 long rrtotal = 450431;
 430 #else
 431
 432 /* extern char sqnam[]; */
 433 /* extern char sqtype[]; */
 434 /* extern int gdelval, ggapval; */
 435 extern int pamoff;
 436 extern char aa[MAXSQ+1];
 437 extern char aax[MAXSQ+1];
 438 extern char nt[MAXSQ+1];
 439 extern char ntx[MAXSQ+1];
 440 extern char ntc[MAXSQ+1];
 441 extern int gc_nt[MAXSQ+1];
 442
 443 extern  int naa;
 444 extern  int naax;
 445 extern  int nnt;
 446 extern  int nntx;
 447
 448 extern  int haa[MAXSQ+1];
 449 extern  int haax[MAXSQ+1];
 450 extern  int hnt[MAXSQ+1];
 451 extern  int hntx[MAXSQ+1];
 452 /* extern  int had[MAXSQ+1]; */
 453
 454 extern  int apam250[450];
 455 extern  int apam120[450];
 456 extern  int a_md10[450];
 457 extern  int a_md20[450];
 458 extern  int a_md40[450];
 459 extern  int abl50[450];
 460 extern  int abl62[450];
 461 extern  int abl80[450];
 462 extern  int npam[450];
 463 extern  int *pam;
 464 extern  int *pam12;
 465 extern  int *pam12x;
 466 extern  int pamh1[MAXSQ+1];
 467 extern  long rrcounts[25];
 468 extern  long rrtotal;
 469 #endif
 470 #endif