binaries/src/fasta34/url_subs.c

   1
   2 /* copyright (c) 1998, 1999 William R. Pearson and the
   3    U. of Virginia */
   4
   5 /* $Name: fa_34_26_5 $ - $Id: url_subs.c,v 1.9 2006/08/20 18:18:33 wrp Exp $ */
   6
   7 /* 30 Dec 2004 - modify REF_URL to accomodate current Entrez */
   8
   9 #include <stdio.h>
  10 #include <stdlib.h>
  11 #include <string.h>
  12
  13 #include "defs.h"
  14 #include "structs.h"
  15 #include "param.h"
  16
  17 #ifndef DEF_PROT_LIB
  18 #define DEF_PROT_LIB "q"
  19 #endif
  20
  21 #ifndef FASTA_HOST
  22 #define FASTA_HOST "your.fasta.host.here/fasta/cgi"
  23 #endif
  24
  25 void do_url1(FILE *fp, struct mngmsg m_msg, struct pstruct pst,
  26              char *l_name, int n1, struct a_struct aln, long loffset)
  27 {
  28   char my_l_name[200];
  29   char *db;
  30   char pgm[10], lib[MAX_FN];
  31   char *ref_url, *lbp=NULL;
  32   char *srch_url, *srch_url1;
  33
  34   if (m_msg.ldnaseq==SEQT_DNA) db="nucleotide";
  35   else db="Protein";
  36
  37   if (strncmp(m_msg.f_id0,"rss",3)==0) {
  38     strncpy(pgm,"fa",sizeof(pgm));
  39   }
  40   else if (strncmp(m_msg.f_id0,"rfx",3)==0) {
  41     strncpy(pgm,"fx",sizeof(pgm));
  42   }
  43   else { strncpy(pgm,m_msg.f_id0,sizeof(pgm)); }
  44
  45   if (m_msg.lname[0]!='%') {
  46     strncpy(lib,m_msg.lname,sizeof(lib));
  47   }
  48   else {
  49     strncpy(lib,"%25",sizeof(lib));
  50     strncat(lib,&m_msg.lname[1],sizeof(lib));
  51   }
  52   lib[sizeof(lib)-1]='\0';
  53
  54   strncpy(my_l_name,l_name,sizeof(my_l_name));
  55   my_l_name[sizeof(my_l_name)-1]='\0';
  56
  57   if (pgm[0]=='t' || strcmp(pgm,"fx") || strcmp(pgm,"fy")==0 ) {
  58     if ((lbp=strchr(my_l_name,':'))!=NULL) *lbp='\0';
  59     lbp = &my_l_name[strlen(my_l_name)-2];
  60     if ( *lbp == '_' ) *lbp = '\0';
  61   }
  62
  63   /* change the program name for fastx, tfastx, tfasta */
  64   /* fastx returns proteins */
  65   if (strcmp(pgm,"fx")==0 || strcmp(pgm,"fy")==0) strncpy(pgm,"fa",sizeof(pgm));
  66   else if (strcmp(pgm,"ff")==0) strncpy(pgm,"fa",sizeof(pgm));
  67   else if (pgm[0]=='t') {
  68     strncpy(pgm,"fx",sizeof(pgm));
  69     strncpy(lib,DEF_PROT_LIB,sizeof(lib));
  70   }
  71
  72   fflush(fp);
  73   if ((ref_url = getenv("REF_URL"))==NULL)
  74     fprintf(fp,"<A HREF=\"http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=%s&fcmd=Search&doptcmd1=DocSum&term=%s\">Entrez lookup</A>&nbsp;&nbsp;",
  75             db,my_l_name);
  76   else
  77     fprintf(fp,ref_url,db,my_l_name);
  78
  79   if ((srch_url = getenv("SRCH_URL"))==NULL)
  80     fprintf(fp,"<A HREF=\"http://%s/searchfa.cgi?query=%s&db=%s&lib=%s&pgm=%s&start=%ld&stop=%ld&n1=%d\">Re-search database</A>&nbsp;&nbsp;",
  81             FASTA_HOST,my_l_name,db,lib,pgm,
  82             loffset+aln.amin1+1,loffset+aln.amax1,n1);
  83   else
  84     fprintf(fp,srch_url,my_l_name,db,lib,pgm,
  85             loffset+aln.amin1+1,loffset+aln.amax1,n1);
  86
  87   if ((srch_url1 = getenv("SRCH_URL1"))==NULL)
  88     fprintf(fp,"<A HREF=\"http://%s/searchxf.cgi?query=%s&db=%s&lib=%s&pgm=%s&start=%ld&stop=%ld&n1=%d\">General re-search</A>\n<p>\n",
  89             FASTA_HOST,my_l_name,db,lib,pgm,
  90             loffset+aln.amin1+1,loffset+aln.amax1,n1);
  91   else
  92     fprintf(fp,srch_url1,my_l_name,db,lib,pgm,
  93             loffset+aln.amin1+1,loffset+aln.amax1,n1);
  94
  95   /* put back "_r"  */
  96   if (lbp!=NULL) *lbp = '_';
  97
  98   /*
  99   if ((srch_url2 = getenv("SRCH_URL2"))==NULL)
 100     fprintf(fp,"<A HREF=\"http://fasta.bioch.virginia.edu/fasta/cgi/lalignx.cgi?seq1=\"%s\"&in_seq1=\"FASTA\"&seq2=\"%s\"&in_seq2=\"Accession\"&ssr2=%ld:%ld\">lalign</A>\n<p>\n",my_l_name,db,lib,pgm,loffset+aln.amin1+1,loffset+aln.amax1,n1);
 101   else
 102     fprintf(fp,srch_url1,my_l_name,db,lib,pgm,
 103             loffset+aln.amin1+1,loffset+aln.amax1,n1);
 104   */
 105   fflush(fp);
 106
 107 }