binaries/src/fasta34/vtml160.mat

   1 #
   2 #     VTML160
   3 #
   4 # This matrix was produced with scripts written by
   5 # Tobias Mueller and Sven Rahmann [June-2001].
   6 #
   7 # VTML160 substitution matrix, Units = Third-Bits
   8 # Expected Score = -1.297840 Third-Bits
   9 # Lowest Score = -7, Highest Score = 16
  10 #
  11 # Entropy H = 0.562489 Bits
  12 #
  13 # 30-Jun-2001
  14     A   R   N   D   C   Q   E   G   H   I   L   K   M   F   P   S   T   W   Y   V   B   Z   X   *
  15 A   5  -2  -1  -1   1  -1  -1   0  -2  -1  -2  -1  -1  -3   0   1   1  -5  -3   0  -1  -1   0  -7
  16 R  -2   7   0  -3  -3   2  -1  -3   1  -4  -3   4  -2  -5  -2  -1  -1  -4  -3  -4  -2   0   0  -7
  17 N  -1   0   7   3  -3   0   0   0   1  -4  -4   0  -3  -5  -2   1   0  -5  -2  -4   5   0   0  -7
  18 D  -1  -3   3   7  -5   1   3  -1   0  -6  -6   0  -5  -7  -1   0  -1  -7  -5  -4   6   3   0  -7
  19 C   1  -3  -3  -5  13  -4  -5  -2  -2  -1  -4  -4  -1  -4  -3   1   0  -7  -1   1  -4  -5   0  -7
  20 Q  -1   2   0   1  -4   6   2  -3   2  -4  -2   2  -1  -4  -1   0  -1  -6  -4  -3   0   4   0  -7
  21 E  -1  -1   0   3  -5   2   6  -2  -1  -5  -4   1  -3  -6  -1   0  -1  -7  -3  -3   2   5   0  -7
  22 G   0  -3   0  -1  -2  -3  -2   8  -3  -7  -6  -2  -5  -6  -3   0  -2  -5  -5  -5  -1  -2   0  -7
  23 H  -2   1   1   0  -2   2  -1  -3   9  -4  -3   0  -3   0  -2  -1  -1  -1   3  -3   0   0   0  -7
  24 I  -1  -4  -4  -6  -1  -4  -5  -7  -4   6   3  -4   2   0  -4  -3  -1  -2  -2   4  -5  -4   0  -7
  25 L  -2  -3  -4  -6  -4  -2  -4  -6  -3   3   6  -3   4   2  -3  -3  -2  -1  -1   2  -5  -3   0  -7
  26 K  -1   4   0   0  -4   2   1  -2   0  -4  -3   5  -2  -5  -1  -1  -1  -5  -3  -3   0   2   0  -7
  27 M  -1  -2  -3  -5  -1  -1  -3  -5  -3   2   4  -2   8   1  -4  -3  -1  -4  -2   1  -4  -3   0  -7
  28 F  -3  -5  -5  -7  -4  -4  -6  -6   0   0   2  -5   1   9  -5  -3  -3   3   6  -1  -6  -5   0  -7
  29 P   0  -2  -2  -1  -3  -1  -1  -3  -2  -4  -3  -1  -4  -5   9   0  -1  -5  -6  -3  -2  -1   0  -7
  30 S   1  -1   1   0   1   0   0   0  -1  -3  -3  -1  -3  -3   0   4   2  -4  -2  -2   1   0   0  -7
  31 T   1  -1   0  -1   0  -1  -1  -2  -1  -1  -2  -1  -1  -3  -1   2   5  -6  -3   0   0  -1   0  -7
  32 W  -5  -4  -5  -7  -7  -6  -7  -5  -1  -2  -1  -5  -4   3  -5  -4  -6  16   4  -5  -6  -7   0  -7
  33 Y  -3  -3  -2  -5  -1  -4  -3  -5   3  -2  -1  -3  -2   6  -6  -2  -3   4  10  -3  -3  -4   0  -7
  34 V   0  -4  -4  -4   1  -3  -3  -5  -3   4   2  -3   1  -1  -3  -2   0  -5  -3   5  -4  -3   0  -7
  35 B  -1  -2   5   6  -4   0   2  -1   0  -5  -5   0  -4  -6  -2   1   0  -6  -3  -4   5   2   0  -7
  36 Z  -1   0   0   3  -5   4   5  -2   0  -4  -3   2  -3  -5  -1   0  -1  -7  -4  -3   2   5   0  -7
  37 X   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0  -7
  38 *  -7  -7  -7  -7  -7  -7  -7  -7  -7  -7  -7  -7  -7  -7  -7  -7  -7  -7  -7  -7  -7  -7  -7   1