binaries/src/fasta34/w_mw.h

   1
   2 /* $Name: fa_34_26_5 $ - $Id: w_mw.h,v 1.17 2006/04/12 18:00:02 wrp Exp $ */
   3
   4 /* 21-July-2000 - changes for p2_complib/p2_workcomp:
   5    there are now two sequence numbers; the old (worker) seqnm,
   6    and a new manager (master) sequence number, m_seqnm
   7 */
   8
   9 #ifndef BFR
  10 #define BFR     300
  11 #endif
  12 #ifndef BFR2
  13 #define BFR2    100
  14 #endif
  15
  16 #define MAXSQL  125000
  17 #define MMAXSQL 2000000
  18 #ifndef MAXWRKR
  19 #define MAXWRKR 64
  20 #endif
  21 #define MAXLSEQ 50000
  22 #define DESLIN  60
  23 #define NDES    100
  24
  25 struct qmng_str
  26 {
  27   int n0;       /* query sequence length */
  28   int nm0;      /* number of segments */
  29   int escore_flg;       /* use escores */
  30   int qshuffle;         /* query shuffle */
  31   int pam_pssm; /* flag for pssm/profile search */
  32   int s_func;   /* for p_workcomp: func==0>simple comparison, ==1>alignments */
  33   int slist;    /* number of alignments to do */
  34   int seqnm;    /* query sequence number - used for identity searches */
  35   char libstr[MAX_FN];
  36 };
  37
  38 struct comstr
  39 {
  40   int m_seqnm;          /* sequence number */
  41   int seqnm;            /* sequence number */
  42   int score[3];         /* score */
  43   double escore;
  44   float comp;
  45   float H;
  46   int segnum;
  47   int seglen;
  48   int frame;
  49   int r_score, qr_score;
  50   double r_escore, qr_escore;
  51 };
  52
  53 struct comstr2
  54 {
  55   int m_seqnm;          /* sequence number */
  56   int seqnm;            /* sequence number */
  57   int score[3];         /* score */
  58   double escore;
  59   int segnum;
  60   int seglen;
  61   int sw_score;
  62
  63   /* int a_len; */      /* consensus alignment length */
  64   /* int min0, max0, min1, max1;
  65   int nident, ngap_q, ngap_l; */ /* number of identities, gaps in q, l */
  66
  67   struct a_struct aln_d;
  68   float percent, gpercent;
  69   int aln_code_n;
  70 };
  71
  72 /* The message structure */
  73
  74 struct wrkmsg
  75 {
  76     char lname [80];    /* name of the library */
  77     char libenv[80];    /* directory in which library resides */
  78     int lb_off;         /* offset in the library */
  79     int lb_stop;        /* stop position in library */
  80     int lb_code;        /* continue code */
  81     int lb_size;        /* library size */
  82     int p_size;         /* parcel size */
  83     int libfn;          /* current library being searched */
  84     int stage;          /* current stage number */
  85 };
  86
  87 struct sql
  88 {
  89   int n1;
  90   int *n1tot_p;
  91   int sfnum[10];        /* superfamily number */
  92   int nsfnum;
  93 #ifndef USE_FSEEKO
  94   long lseek;           /* location of sequence in file */
  95 #else
  96   off_t lseek;
  97 #endif
  98   long loffset;         /* offset from the beginning of the sequence */
  99   int wrkr;             /* worker that has sequence */
 100   int cont;
 101   char *bline;  /* descriptive line */
 102 };
 103
 104 struct sqs
 105 {
 106   int n1;               /* size of library sequence */
 107   unsigned char *aa1;   /* sequence data */
 108 };
 109
 110 #include "aln_structs.h"
 111
 112 struct sqs2
 113 {
 114   int n1;               /* size of library sequence */
 115   int m_seqnm;          /* location in master list */
 116   unsigned char *aa1;
 117   int walign_dflg[2];
 118   int sw_score[2];
 119   struct a_res_str a_res[2];    /* need a_res for each frame */
 120 };
 121
 122 struct stage2_str {
 123   int m_seqnm;  /* manager sequence number */
 124   int seqnm;    /* worker sequence number */
 125   int frame;    /* query frame */
 126 };