binaries/src/mafft/core/defs.c

   1 #include <stdio.h>
   2 #include "dp.h"
   3 #include "mltaln.h"
   4
   5 int commonAlloc1 = 0;
   6 int commonAlloc2 = 0;
   7 int **commonIP = NULL;
   8 int **commonJP = NULL;
   9
  10 char modelname[100];
  11 int njob, nlenmax;
  12 int amino_n[0x80];
  13 char amino_grp[0x80];
  14 int amino_dis[0x80][0x80];
  15 int amino_disLN[0x80][0x80];
  16 double amino_dis_consweight_multi[0x80][0x80];
  17 int n_dis[26][26];
  18 int n_disFFT[26][26];
  19 float n_dis_consweight_multi[26][26];
  20 char amino[26];
  21 double polarity[20];
  22 double volume[20];
  23 int ribosumdis[37][37];
  24
  25 int ppid;
  26 double thrinter;
  27 double fastathreshold;
  28 int pslocal, ppslocal;
  29 int constraint;
  30 int divpairscore;
  31 int fmodel; // 1-> fmodel 0->default -1->raw
  32 int nblosum; // 45, 50, 62, 80
  33 int kobetsubunkatsu;
  34 int bunkatsu;
  35 int dorp;
  36 int niter;
  37 int contin;
  38 int calledByXced;
  39 int devide;
  40 int scmtd;
  41 int weight;
  42 int utree;
  43 int tbutree;
  44 int refine;
  45 int check;
  46 double cut;
  47 int cooling;
  48 int penalty, ppenalty, penaltyLN;
  49 int RNApenalty, RNAppenalty;
  50 int RNApenalty_ex, RNAppenalty_ex;
  51 int penalty_ex, ppenalty_ex, penalty_exLN;
  52 int penalty_EX, ppenalty_EX;
  53 int penalty_OP, ppenalty_OP;
  54 int RNAthr, RNApthr;
  55 int offset, poffset, offsetLN, offsetFFT;
  56 int scoremtx;
  57 int TMorJTT;
  58 char use_fft;
  59 char force_fft;
  60 int nevermemsave;
  61 int fftscore;
  62 int fftWinSize;
  63 int fftThreshold;
  64 int fftRepeatStop;
  65 int fftNoAnchStop;
  66 int divWinSize;
  67 int divThreshold;
  68 int disp;
  69 int outgap;
  70 char alg;
  71 int cnst;
  72 int mix;
  73 int tbitr;
  74 int tbweight;
  75 int tbrweight;
  76 int disopt;
  77 int pamN;
  78 int checkC;
  79 float geta2;
  80 int treemethod;
  81 int kimuraR;
  82 char *swopt;
  83 int fftkeika;
  84 int score_check;
  85 int makedistmtx;
  86 char *inputfile;
  87 int rnakozo;
  88 char rnaprediction;
  89
  90 char *signalSM;
  91 FILE *prep_g;
  92 FILE *trap_g;
  93 char **seq_g;
  94 char **res_g;
  95
  96 float consweight_multi = 1.0;
  97 float consweight_rna = 0.0;
  98 char RNAscoremtx = 'n';