binaries/src/mafft/core/mltaln.h

   1 #define USE_XCED 0
   2
   3 #if USE_XCED
   4 #include "config.h"
   5 #include "share.h"
   6 #else
   7 #endif
   8
   9 #include <stdio.h>
  10 #include <stdlib.h>
  11 #include <stddef.h>
  12 #include <sys/types.h>
  13 #include <string.h>
  14 #include <unistd.h>
  15 #include <math.h>
  16 #include <ctype.h>
  17 #include "mtxutl.h"
  18 #include <float.h>
  19
  20 #define VERSION "6.713b"
  21 #define SHOWVERSION fprintf( stderr, "%s (%s) Version " VERSION " alg=%c, model=%s\n", progName( argv[0] ), (dorp=='d')?"nuc":"aa", alg, modelname )
  22
  23 #define FFT_THRESHOLD  80
  24 #define FFT_WINSIZE_P   20
  25 #define FFT_WINSIZE_D   100
  26 #define DISPSEQF  60
  27 #define DISPSITEI    0
  28 #define MAXITERATION 500
  29 #define M   50000       /* njob no saidaiti */
  30 #define N 5000000       /* nlen no saidaiti */
  31 #define MAXSEG 100000
  32 #define B     256
  33 #define C     60       /*  1 gyou no mojisuu */
  34 #define D      6
  35 #define rnd() ( ( 1.0 / ( RAND_MAX + 1.0 ) ) * rand() )
  36 #define MAX(X,Y)    ( ((X)>(Y))?(X):(Y) )
  37 #define MIN(X,Y)    ( ((X)<(Y))?(X):(Y) )
  38 #define G(X)        ( ((X)>(0))?(X):(0) )
  39 #define BEFF   1.0   /* 0.6 ni suruto zureru */
  40 #define WIN   3
  41 #define SGAPP -1000
  42 #define GETA2 0.001
  43 #define GETA3 0.001
  44 #define NOTSPECIFIED  100009
  45 #define SUEFF   0.1  /* upg/(spg+upg)  -> sueff.sed */
  46 #define DIVLOCAL 0
  47 #define INTMTXSCALE 1000000.0
  48 #define JTT 201
  49 #define TM  202
  50
  51 extern char modelname[100];
  52 extern int njob, nlenmax;
  53 extern int amino_n[0x80];
  54 extern char amino_grp[0x80];
  55 extern int amino_dis[0x80][0x80];
  56 extern int amino_disLN[0x80][0x80];
  57 extern double amino_dis_consweight_multi[0x80][0x80];
  58 extern int n_dis[26][26];
  59 extern int n_disFFT[26][26];
  60 extern float n_dis_consweight_multi[26][26];
  61 extern char amino[26];
  62 extern double polarity[20];
  63 extern double volume[20];
  64 extern int ribosumdis[37][37];
  65
  66 extern int ppid;
  67 extern double thrinter;
  68 extern double fastathreshold;
  69 extern int pslocal, ppslocal;
  70 extern int constraint;
  71 extern int divpairscore;
  72 extern int fmodel; // 1-> fmodel 0->default -1->raw
  73 extern int nblosum; // 45, 50, 62, 80
  74 extern int kobetsubunkatsu;
  75 extern int bunkatsu;
  76 extern int dorp;
  77 extern int niter;
  78 extern int contin;
  79 extern int calledByXced;
  80 extern int devide;
  81 extern int scmtd;
  82 extern int weight;
  83 extern int utree;
  84 extern int tbutree;
  85 extern int refine;
  86 extern int check;
  87 extern double cut;
  88 extern int cooling;
  89 extern int penalty, ppenalty, penaltyLN;
  90 extern int RNApenalty, RNAppenalty;
  91 extern int RNApenalty_ex, RNAppenalty_ex;
  92 extern int penalty_ex, ppenalty_ex, penalty_exLN;
  93 extern int penalty_EX, ppenalty_EX;
  94 extern int penalty_OP, ppenalty_OP;
  95 extern int offset, poffset, offsetLN, offsetFFT;
  96 extern int RNAthr, RNApthr;
  97 extern int scoremtx;
  98 extern int TMorJTT;
  99 extern char use_fft;
 100 extern char force_fft;
 101 extern int nevermemsave;
 102 extern int fftscore;
 103 extern int fftWinSize;
 104 extern int fftThreshold;
 105 extern int fftRepeatStop;
 106 extern int fftNoAnchStop;
 107 extern int divWinSize;
 108 extern int divThreshold;
 109 extern int disp;
 110 extern int outgap;
 111 extern char alg;
 112 extern int cnst;
 113 extern int mix;
 114 extern int tbitr;
 115 extern int tbweight;
 116 extern int tbrweight;
 117 extern int disopt;
 118 extern int pamN;
 119 extern int checkC;
 120 extern float geta2;
 121 extern int treemethod;
 122 extern int kimuraR;
 123 extern char *swopt;
 124 extern int fftkeika;
 125 extern int score_check;
 126 extern char *inputfile;
 127 extern float consweight_multi;
 128 extern float consweight_rna;
 129 extern char RNAscoremtx;
 130
 131 extern char *signalSM;
 132 extern FILE *prep_g;
 133 extern FILE *trap_g;
 134 extern char **seq_g;
 135 extern char **res_g;
 136 extern int rnakozo;
 137 extern char rnaprediction;
 138
 139 /* sengen no ichi ha koko dake de ha nai */
 140 extern void constants();
 141 extern char **Calignm1();
 142 extern char **Dalignm1();
 143 extern char **align0();
 144 extern double Cscore_m_1( char **, int, int, double ** );
 145 extern double score_m_1(  char **, int, int, double ** );
 146 extern double score_calc0( char **, int, double **, int );
 147 extern char seqcheck( char ** );
 148 extern float substitution( char *, char * );
 149 extern float substitution_score( char *, char * );
 150 extern float substitution_nid( char *, char * );
 151 extern float substitution_hosei( char *, char * );
 152 extern double ipower( double, int );
 153 extern float translate_and_Calign();
 154 extern float A__align();
 155 extern float A__align11();
 156 extern float A__align_gapmap();
 157 extern float partA__align();
 158 extern float L__align11();
 159 extern float G__align11();
 160 extern float Falign();
 161 extern float Falign_localhom();
 162 extern float Conalign();
 163 extern float Aalign();
 164 extern float imp_match_out_sc( int, int );
 165 extern float part_imp_match_out_sc( int, int );
 166 extern void ErrorExit();
 167 extern void cpmx_calc();
 168 extern void intergroup_score( char **, char **, double *, double *, int, int, int, double * );
 169 extern int conjuctionfortbfast();
 170 extern int fastconjuction();
 171 extern char seqcheck( char ** );
 172
 173 typedef struct _LocalHom
 174 {
 175         int nokori;
 176         struct _LocalHom *next;
 177         struct _LocalHom *last;
 178         int start1;
 179         int end1;
 180         int start2;
 181         int end2;
 182         double opt;
 183         int overlapaa;
 184         int extended;
 185         double importance;
 186         float fimportance;
 187         double wimportance;
 188         char korh;
 189 } LocalHom;
 190
 191 typedef struct _NodeInCub
 192 {
 193         int step;
 194         int LorR;
 195 } NodeInCub;
 196
 197 typedef struct _Node
 198 {
 199         struct _Node *children[3];
 200         int tmpChildren[3];
 201         double length[3];
 202         double *weightptr[3];
 203         int top[3];
 204         int *members[3];
 205 } Node;
 206
 207 typedef struct _Segment
 208 {
 209         int start;
 210         int end;
 211         int center;
 212         double score;
 213         int skipForeward;
 214         int skipBackward;
 215         struct _Segment *pair;
 216         int  number;
 217 } Segment;
 218
 219 typedef struct _Segments
 220 {
 221         Segment group1;
 222         Segment group2;
 223         int number1;
 224         int number2;
 225 } Segments;
 226
 227 typedef struct _Bchain
 228 {
 229         struct _Bchain *next;
 230         struct _Bchain *prev;
 231         int pos;
 232 } Bchain;
 233
 234 typedef struct _Achain
 235 {
 236         int next;
 237         int prev;
 238 //      int curr;
 239 } Achain;
 240
 241
 242 typedef struct _Fukusosuu
 243 {
 244     double R;
 245     double I;
 246 } Fukusosuu;
 247
 248 typedef struct _Gappattern
 249 {
 250         int len;
 251         float freq;
 252 } Gappat;
 253
 254 typedef struct _RNApair
 255 {
 256         int uppos;
 257         float upscore;
 258         int downpos;
 259         float downscore;
 260         int bestpos;
 261         float bestscore;
 262 } RNApair;
 263
 264
 265 #include "fft.h"
 266 #include "dp.h"
 267 #include "functions.h"
 268