binaries/src/mafft/core/mltaln.h.save

   1 #define USE_XCED 0
   2
   3 #if USE_XCED
   4 #include "config.h"
   5 #include "share.h"
   6 #else
   7 #endif
   8
   9 #include <stdio.h>
  10 #include <stdlib.h>
  11 #include <stddef.h>
  12 #include <sys/types.h>
  13 #include <string.h>
  14 #include <unistd.h>
  15 #include <math.h>
  16 #include <ctype.h>
  17 #include "mtxutl.h"
  18
  19 #define SHOWVERSION fprintf( stderr, "%s (%s) Version 5.571, model=%s\n", progName( argv[0] ), (dorp=='d')?"nuc":"aa", modelname )
  20
  21 #define FFT_THRESHOLD  70
  22 #define FFT_WINSIZE_P   20
  23 #define FFT_WINSIZE_D   100
  24 #define DISPSEQF  60
  25 #define DISPSITEI    0
  26 #define MAXITERATION 500
  27 #define M   10000       /* njob no saidaiti */
  28 #define N  500000       /* nlen no saidaiti */
  29 #define MAXSEG 100000
  30 #define B     256
  31 #define C     60       /*  1 gyou no mojisuu */
  32 #define D      6
  33 #define rnd() ( ( 1.0 / ( RAND_MAX + 1.0 ) ) * rand() )
  34 #define MAX(X,Y)    ( ((X)>(Y))?(X):(Y) )
  35 #define MIN(X,Y)    ( ((X)<(Y))?(X):(Y) )
  36 #define G(X)        ( ((X)>(0))?(X):(0) )
  37 #define BEFF   1.0   /* 0.6 ni suruto zureru */
  38 #define WIN   3
  39 #define SGAPP -1000
  40 #define GETA2 0.001
  41 #define GETA3 0.001
  42 #define NOTSPECIFIED  100009
  43 #define SUEFF   0.1  /* upg/(spg+upg)  -> sueff.sed */
  44 #define DIVLOCAL 0
  45 #define INTMTXSCALE 1000000.0
  46 #define JTT 201
  47 #define TM  202
  48
  49 char modelname[100];
  50 int njob, nlenmax;
  51 int amino_n[0x80];
  52 char amino_grp[0x80];
  53 int amino_dis[0x80][0x80];
  54 int n_dis[26][26];
  55 char amino[26];
  56 double polarity[20];
  57 double volume[20];
  58
  59 int ppid;
  60 double fastathreshold;
  61 int pslocal, ppslocal;
  62 int constraint;
  63 int divpairscore;
  64 int fmodel; // 1-> fmodel 0->default -1->raw
  65 int nblosum; // 45, 50, 62, 80
  66 int kobetsubunkatsu;
  67 int dorp;
  68 int niter;
  69 int contin;
  70 int calledByXced;
  71 int devide;
  72 int scmtd;
  73 int weight;
  74 int utree;
  75 int tbutree;
  76 int refine;
  77 int check;
  78 double cut;
  79 int cooling;
  80 int penalty, ppenalty;
  81 int penalty_ex, ppenalty_ex;
  82 int offset, poffset;
  83 int scoremtx;
  84 int TMorJTT;
  85 char use_fft;
  86 int fftscore;
  87 int fftWinSize;
  88 int fftThreshold;
  89 int fftRepeatStop;
  90 int fftNoAnchStop;
  91 int divWinSize;
  92 int divThreshold;
  93 int disp;
  94 int outgap;
  95 char alg;
  96 int cnst;
  97 int mix;
  98 int tbitr;
  99 int tbweight;
 100 int tbrweight;
 101 int disopt;
 102 int pamN;
 103 int checkC;
 104 float geta2;
 105 int treemethod;
 106 int kimuraR;
 107 char *swopt;
 108 int fftkeika;
 109 int score_check;
 110 int makedistmtx;
 111 char *inputfile;
 112
 113 char *signalSM;
 114 FILE *prep_g;
 115 FILE *trap_g;
 116
 117 /* sengen no ichi ha koko dake de ha nai */
 118 extern void constants();
 119 extern char **Calignm1();
 120 extern char **Dalignm1();
 121 extern char **align0();
 122 extern double Cscore_m_1( char **, int, int, double ** );
 123 extern double score_m_1(  char **, int, int, double ** );
 124 extern double score_calc0( char **, int, double **, int );
 125 extern char seqcheck( char ** );
 126 extern float substitution( char *, char * );
 127 extern float substitution_score( char *, char * );
 128 extern float substitution_nid( char *, char * );
 129 extern float substitution_hosei( char *, char * );
 130 extern double ipower( double, int );
 131 extern float translate_and_Calign();
 132 extern float A__align();
 133 extern float A__align11();
 134 extern float A__align_gapmap();
 135 extern float partA__align();
 136 extern float L__align11();
 137 extern float G__align11();
 138 extern float Falign();
 139 extern float Falign_localhom();
 140 extern float Conalign();
 141 extern float Aalign();
 142 extern float imp_match_out_sc( int, int );
 143 extern float part_imp_match_out_sc( int, int );
 144 extern void ErrorExit();
 145 extern void cpmx_calc();
 146 extern void intergroup_score( char **, char **, double *, double *, int, int, int, double * );
 147 extern int conjuctionfortbfast();
 148 extern int fastconjuction();
 149 extern char seqcheck( char ** );
 150
 151 typedef struct _LocalHom
 152 {
 153         struct _LocalHom *next;
 154         int start1;
 155         int end1;
 156         int start2;
 157         int end2;
 158         double opt;
 159         int overlapaa;
 160         double importance;
 161         double wimportance;
 162 } LocalHom;
 163
 164 typedef struct _NodeInCub
 165 {
 166         int step;
 167         int LorR;
 168 } NodeInCub;
 169
 170 typedef struct _Node
 171 {
 172         struct _Node *children[3];
 173         int tmpChildren[3];
 174         double length[3];
 175         double *weightptr[3];
 176         int top[3];
 177         int *members[3];
 178 } Node;
 179
 180 typedef struct _Segment
 181 {
 182         int start;
 183         int end;
 184         int center;
 185         double score;
 186         int skipForeward;
 187         int skipBackward;
 188         struct _Segment *pair;
 189         int  number;
 190 } Segment;
 191
 192 typedef struct _Segments
 193 {
 194         Segment group1;
 195         Segment group2;
 196         int number1;
 197         int number2;
 198 } Segments;
 199
 200 typedef struct _Achain
 201 {
 202         int next;
 203         int prev;
 204 //      int curr;
 205 } Achain;
 206
 207 char **seq_g;
 208 char **res_g;
 209
 210 typedef struct _Fukusosuu
 211 {
 212     double R;
 213     double I;
 214 } Fukusosuu;
 215
 216 #include "fft.h"
 217 #include "functions.h"