binaries/src/mafft/core/x

   1 PREFIX = /usr/local
   2 LIBDIR = $(PREFIX)/lib/mafft
   3 BINDIR = $(PREFIX)/bin
   4 MANDIR = $(PREFIX)/man/man1
   5
   6 #MNO_CYGWIN = -mno-cygwin
   7
   8 CC = gcc
   9
  10 CFLAGS =  -O0  -pedantic -Wall -std=c99 -g -pg -DMALLOC_CHECK_=3
  11 #CFLAGS = -O3 $(MNO_CYGWIN)
  12 #CFLAGS =  -mno-cygwin -O3 # for cygwin
  13 #CFLAGS =  -fast -static      # for icc on Intel
  14 #CFLAGS =  -O3 -ipo -static   # for icc on AMD
  15 #CFLAGS =  -fast
  16 #CFLAGS =  -g -O0 -pg
  17 #CFLAGS =   -ansi -pedantic
  18 LIBS = -lm
  19
  20 INSTALL = install
  21
  22 PROGS = dvtditr dndfast7 dndblast sextet5 mafft-distance pairlocalalign \
  23                 pair2hat3s multi2hat3s rnatest pairash \
  24         splittbfast disttbfast tbfast mafft-profile f2cl mccaskillwrap contrafoldwrap countlen \
  25                 seq2regtable regtable2seq score getlag dndpre dndpre2 setcore
  26 SCRIPTS = mafft mafft-homologs.rb
  27 OBJREGTABLE2SEQ = mtxutl.o io.o regtable2seq.o defs.o mltaln9.o
  28 OBJSEQ2REGTABLE = mtxutl.o io.o seq2regtable.o defs.o
  29 OBJCOUNTLEN = mtxutl.o io.o countlen.o defs.o
  30 OBJF2CL = mtxutl.o io.o f2cl.o constants.o defs.o
  31 OBJMCCASKILLWRAP = mtxutl.o io.o mccaskillwrap.o constants.o defs.o mltaln9.o
  32 OBJCONTRAFOLDWRAP = mtxutl.o io.o contrafoldwrap.o constants.o defs.o mltaln9.o
  33 OBJMULTI2HAT3S = mtxutl.o io.o mltaln9.o tddis.o constants.o \
  34                                  multi2hat3s.o defs.o fft.o fftFunctions.o
  35 OBJPAIR2HAT3S = mtxutl.o io.o mltaln9.o tddis.o constants.o \
  36                                 pair2hat3s.o defs.o fft.o fftFunctions.o
  37 OBJRNATEST = mtxutl.o io.o mltaln9.o tddis.o constants.o Lalignmm.o \
  38                          rna.o rnatest.o defs.o fft.o fftFunctions.o
  39 OBJPAIRASH = mtxutl.o io.o mltaln9.o tddis.o constants.o partQalignmm.o partSalignmm.o Lalignmm.o rna.o Salignmm.o Ralignmm.o Qalignmm.o Halignmm.o \
  40                          Falign.o MSalignmm.o Galign11.o MSalign11.o suboptalign11.o genGalign11.o genalign11.o Lalign11.o SAalignmm.o \
  41                          Calignm1.o pairash.o defs.o fft.o fftFunctions.o
  42 OBJPAIRLOCALALIGN = mtxutl.o io.o mltaln9.o tddis.o constants.o partQalignmm.o partSalignmm.o Lalignmm.o rna.o Salignmm.o Ralignmm.o Qalignmm.o Halignmm.o \
  43                             Falign.o MSalignmm.o Galign11.o MSalign11.o suboptalign11.o genGalign11.o genalign11.o Lalign11.o SAalignmm.o \
  44                                         Calignm1.o pairlocalalign.o defs.o fft.o fftFunctions.o
  45 OBJDUMMY = mtxutl.o io.o mltaln9.o tddis.o constants.o partQalignmm.o partSalignmm.o Lalignmm.o rna.o Salignmm.o Ralignmm.o Qalignmm.o Halignmm.o \
  46                     Falign.o Falign_localhom.o Galign11.o SAalignmm.o Calignm1.o MSalignmm.o \
  47                         disttbfast_dummy.o dummy.o defs.o fft.o fftFunctions.o
  48 OBJSPLITFROMALN = mtxutl.o io.o mltaln9.o tddis.o constants.o partQalignmm.o partSalignmm.o Lalignmm.o rna.o Salignmm.o Ralignmm.o Qalignmm.o Halignmm.o \
  49                     Falign.o Falign_localhom.o Galign11.o SAalignmm.o Calignm1.o MSalignmm.o \
  50                         Lalign11.o splitfromaln.o defs.o fft.o fftFunctions.o
  51 OBJSPLITTBFAST = mtxutl.o io.o mltaln9.o tddis.o constants.o partQalignmm.o partSalignmm.o Lalignmm.o rna.o Salignmm.o Ralignmm.o Qalignmm.o Halignmm.o \
  52                     Falign.o Falign_localhom.o Galign11.o SAalignmm.o Calignm1.o MSalignmm.o \
  53                         Lalign11.o splittbfast.o defs.o fft.o fftFunctions.o
  54 OBJSPLITTBFAST2 = mtxutl.o io.o mltaln9.o tddis.o constants.o partQalignmm.o partSalignmm.o Lalignmm.o rna.o Salignmm.o Ralignmm.o Qalignmm.o Halignmm.o \
  55                     Falign.o Falign_localhom.o Galign11.o SAalignmm.o Calignm1.o MSalignmm.o \
  56                         Lalign11.o splittbfast2.o defs.o fft.o fftFunctions.o
  57 OBJSPLITTBFASTP = mtxutl.o io.o mltaln9.o tddis.o constants.o partQalignmm.o partSalignmm.o Lalignmm.o rna.o Salignmm.o Ralignmm.o Qalignmm.o Halignmm.o \
  58                     Falign.o Falign_localhom.o Galign11.o SAalignmm.o Calignm1.o MSalignmm.o \
  59                         Lalign11.o defs.o fft.o fftFunctions.o
  60 OBJDISTTBFAST = mtxutl.o io.o mltaln9.o tddis.o constants.o partQalignmm.o partSalignmm.o Lalignmm.o rna.o Salignmm.o Ralignmm.o Qalignmm.o Halignmm.o \
  61                     Falign.o Falign_localhom.o Galign11.o SAalignmm.o Calignm1.o MSalignmm.o \
  62                         disttbfast.o defs.o fft.o fftFunctions.o
  63 OBJTBFAST = mtxutl.o io.o mltaln9.o tddis.o constants.o MSalignmm.o partQalignmm.o partSalignmm.o Lalignmm.o rna.o Salignmm.o Ralignmm.o Qalignmm.o Halignmm.o \
  64                     Falign.o Falign_localhom.o Galign11.o SAalignmm.o Calignm1.o  \
  65                         tbfast.o defs.o fft.o fftFunctions.o
  66 OBJTBFAST2 = mtxutl.o io.o mltaln9.o tddis.o constants.o partQalignmm.o partSalignmm.o Lalignmm.o rna.o Salignmm.o Ralignmm.o Qalignmm.o Halignmm.o MSalignmm.o \
  67                     Falign.o Falign_localhom.o Galign11.o SAalignmm.o Calignm1.o \
  68                         tbfast2.o defs.o fft.o fftFunctions.o
  69 OBJSETCORE = mtxutl.o io.o mltaln9.o tddis.o constants.o partQalignmm.o partSalignmm.o Lalignmm.o rna.o Salignmm.o Ralignmm.o Qalignmm.o Halignmm.o \
  70                     Falign.o Falign_localhom.o Galign11.o SAalignmm.o Calignm1.o MSalignmm.o \
  71                         setcore.o defs.o fft.o fftFunctions.o
  72 OBJTDITR = mtxutl.o io.o mltaln9.o tddis.o constants.o nj.o  partQalignmm.o partSalignmm.o Lalignmm.o rna.o Salignmm.o Ralignmm.o Qalignmm.o Halignmm.o \
  73                    Calignm1.o Falign.o Falign_localhom.o Galign11.o fftFunctions.o fft.o  \
  74                    tditeration.o tditr.o defs.o SAalignmm.o treeOperation.o
  75 OBJDVTDITR = mtxutl.o io.o mltaln9.o tddis.o constants.o nj.o  partQalignmm.o partSalignmm.o Lalignmm.o rna.o Salignmm.o Ralignmm.o Qalignmm.o Halignmm.o \
  76                         Calignm1.o Falign.o Falign_localhom.o Galign11.o MSalignmm.o fftFunctions.o fft.o  \
  77                         tditeration.o dvtditr.o defs.o SAalignmm.o treeOperation.o
  78 OBJGETLAG = mtxutl.o io.o mltaln9.o tddis.o constants.o partQalignmm.o partSalignmm.o Lalignmm.o rna.o Salignmm.o Ralignmm.o Qalignmm.o Halignmm.o \
  79                     Falign.o Falign_localhom.o Galign11.o SAalignmm.o Calignm1.o MSalignmm.o \
  80                         getlag.o defs.o fft.o fftFunctions.o
  81 OBJGAPFILL = mtxutl.o io.o constants.o gapfill.o defs.o
  82 OBJDNDFAST5 = dndfast5.o io.o constants.o mtxutl.o mltaln9.o tddis.o defs.o
  83 OBJDNDBLAST = dndblast.o io.o constants.o mtxutl.o mltaln9.o tddis.o defs.o
  84 OBJDNDFAST7 = dndfast7.o io.o constants.o mtxutl.o mltaln9.o tddis.o defs.o
  85 OBJDNDFAST6 = dndfast6.o io.o constants.o mtxutl.o mltaln9.o tddis.o defs.o
  86 OBJDNDFAST4 = dndfast4.o io.o constants.o mtxutl.o mltaln9.o tddis.o defs.o
  87 OBJDNDFAST6 = dndfast6.o io.o constants.o mtxutl.o mltaln9.o tddis.o defs.o
  88 OBJSEXTET5 = io.o constants.o mtxutl.o mltaln9.o tddis.o sextet5.o defs.o
  89 OBJDISTANCE = io.o constants.o mtxutl.o mltaln9.o tddis.o mafft-distance.o defs.o
  90 OBJTRIPLET6 = io.o constants.o mtxutl.o mltaln9.o tddis.o triplet6.o defs.o
  91 OBJTRIPLET5 = io.o constants.o mtxutl.o mltaln9.o tddis.o triplet5.o defs.o
  92 OBJOCTET4 = io.o constants.o mtxutl.o mltaln9.o tddis.o octet4.o defs.o
  93 OBJDNDPRE = dndpre.o io.o constants.o mtxutl.o mltaln9.o defs.o
  94 OBJDNDPRESCORE = dndpre2.o io.o constants.o mtxutl.o mltaln9.o defs.o
  95 OBJGALN = io.o mtxutl.o mltaln9.o tddis.o constants.o partQalignmm.o partSalignmm.o MSalignmm.o Lalignmm.o rna.o Salignmm.o Ralignmm.o Qalignmm.o Halignmm.o \
  96           Calignm1.o SAalignmm.o Galign11.o Falign.o Falign_localhom.o fftFunctions.o fft.o mafft-profile.o defs.o
  97 OBJSCORE = io.o mtxutl.o mltaln9.o score.o constants.o defs.o
  98
  99 HEADER = mltaln.h mtxutl.h
 100 DPHEADER = dp.h
 101 FFTHEADER = fft.h
 102
 103 MANPAGES = mafft.1 mafft-homologs.1
 104
 105
 106
 107 all : $(PROGS) $(SCRIPTS)
 108         cp $(SCRIPTS) ../scripts
 109         chmod 755 ../scripts/*
 110         cp $(PROGS) $(MANPAGES) ../binaries
 111         chmod 755 ../binaries/*
 112         @echo done.
 113
 114 univscript: univscript.tmpl Makefile
 115         sed "s:_PROGS:$(PROGS):" univscript.tmpl  > univscript
 116
 117 mafft: mafft.tmpl
 118         sed "s:_LIBDIR:$(LIBDIR):" mafft.tmpl  > mafft
 119
 120 mafft-homologs.rb: mafft-homologs.tmpl
 121 #       cp mafft-homologs.tmpl mafft-homologs.rb
 122         sed "s:_BINDIR:$(BINDIR):" mafft-homologs.tmpl  > mafft-homologs.rb
 123
 124 mltaln.h : functions.h
 125         touch mltaln.h
 126
 127 ord : $(OBJORD)
 128         $(CC) -o $@ $(OBJORD) $(CFLAGS) $(LIBS)
 129
 130 tbfast : $(OBJTBFAST)
 131         $(CC) -o $@ $(OBJTBFAST) $(CFLAGS) $(LIBS)
 132
 133 tbfast2 : $(OBJTBFAST2)
 134         $(CC) -o $@ $(OBJTBFAST2) $(CFLAGS) $(LIBS)
 135
 136 disttbfast : $(OBJDISTTBFAST)
 137         $(CC) -o $@ $(OBJDISTTBFAST) $(CFLAGS) $(LIBS)
 138
 139 splittbfast : $(OBJSPLITTBFAST)
 140         $(CC) -o $@ $(OBJSPLITTBFAST) $(CFLAGS) $(LIBS)
 141
 142 splitfromaln : $(OBJSPLITFROMALN)
 143         $(CC) -o $@ $(OBJSPLITFROMALN) $(CFLAGS) $(LIBS)
 144
 145 splittbfast2 : $(OBJSPLITTBFAST2)
 146         $(CC) -o $@ $(OBJSPLITTBFAST2) $(CFLAGS) $(LIBS)
 147
 148 dummy : $(OBJDUMMY)
 149         $(CC) -o $@ $(OBJDUMMY) $(CFLAGS) $(LIBS)
 150
 151 setcore : $(OBJSETCORE)
 152         $(CC) -o $@ $(OBJSETCORE) $(CFLAGS) $(LIBS)
 153
 154 countlen : $(OBJCOUNTLEN)
 155         $(CC) -o $@ $(OBJCOUNTLEN) $(CFLAGS) $(LIBS)
 156
 157 seq2regtable : $(OBJSEQ2REGTABLE)
 158         $(CC) -o $@ $(OBJSEQ2REGTABLE) $(CFLAGS) $(LIBS)
 159
 160 regtable2seq : $(OBJREGTABLE2SEQ)
 161         $(CC) -o $@ $(OBJREGTABLE2SEQ) $(CFLAGS) $(LIBS)
 162
 163 f2cl : $(OBJF2CL)
 164         $(CC) -o $@ $(OBJF2CL) $(CFLAGS) $(LIBS)
 165
 166 mccaskillwrap : $(OBJMCCASKILLWRAP)
 167         $(CC) -o $@ $(OBJMCCASKILLWRAP) $(CFLAGS) $(LIBS)
 168
 169 contrafoldwrap : $(OBJCONTRAFOLDWRAP)
 170         $(CC) -o $@ $(OBJCONTRAFOLDWRAP) $(CFLAGS) $(LIBS)
 171
 172 pairlocalalign : $(OBJPAIRLOCALALIGN)
 173         $(CC) -o $@ $(OBJPAIRLOCALALIGN) $(CFLAGS) $(LIBS)
 174
 175 pairash : $(OBJPAIRASH)
 176         $(CC) -o $@ $(OBJPAIRASH) $(CFLAGS) $(LIBS)
 177
 178 rnatest : $(OBJRNATEST)
 179         $(CC) -o $@ $(OBJRNATEST) $(CFLAGS) $(LIBS)
 180
 181 pair2hat3s : $(OBJPAIR2HAT3S)
 182         $(CC) -o $@ $(OBJPAIR2HAT3S) $(CFLAGS) $(LIBS)
 183
 184 multi2hat3s : $(OBJMULTI2HAT3S)
 185         $(CC) -o $@ $(OBJMULTI2HAT3S) $(CFLAGS) $(LIBS)
 186
 187 getlag : $(OBJGETLAG)
 188         $(CC) -o $@ $(OBJGETLAG) $(CFLAGS) $(LIBS)
 189
 190 tditr : $(OBJTDITR)
 191         $(CC) -o $@ $(OBJTDITR) $(CFLAGS) $(LIBS)
 192
 193 dvtditr : $(OBJDVTDITR)
 194         $(CC) -o $@ $(OBJDVTDITR) $(CFLAGS) $(LIBS)
 195
 196 mafft-profile : $(OBJGALN)
 197         $(CC) -o $@ $(OBJGALN) $(CFLAGS) $(LIBS)
 198
 199 gapfill : $(OBJGAPFILL)
 200         $(CC) -o $@ $(OBJGAPFILL) $(CFLAGS) $(LIBS)
 201
 202 dndfast4 : $(OBJDNDFAST4)
 203         $(CC) -o $@ $(OBJDNDFAST4) $(CFLAGS) $(LIBS)
 204
 205 dndfast5 : $(OBJDNDFAST5)
 206         $(CC) -o $@ $(OBJDNDFAST5) $(CFLAGS) $(LIBS)
 207
 208 dndfast6 : $(OBJDNDFAST6)
 209         $(CC) -o $@ $(OBJDNDFAST6) $(CFLAGS) $(LIBS)
 210
 211 dndfast7 : $(OBJDNDFAST7)
 212         $(CC) -o $@ $(OBJDNDFAST7) $(CFLAGS) $(LIBS)
 213
 214 dndblast : $(OBJDNDBLAST)
 215         $(CC) -o $@ $(OBJDNDBLAST) $(CFLAGS) $(LIBS)
 216
 217 dndfast3 : $(OBJDNDFAST3)
 218         $(CC) -o $@ $(OBJDNDFAST3) $(CFLAGS) $(LIBS)
 219
 220 triplet : $(OBJTRIPLET)
 221         $(CC) -o $@ $(OBJTRIPLET) $(CFLAGS) $(LIBS)
 222
 223 triplet3 : $(OBJTRIPLET3)
 224         $(CC) -o $@ $(OBJTRIPLET3) $(CFLAGS) $(LIBS)
 225
 226 sextet3 : $(OBJSEXTET3)
 227         $(CC) -o $@ $(OBJSEXTET3) $(CFLAGS) $(LIBS)
 228
 229 sextet4 : $(OBJSEXTET4)
 230         $(CC) -o $@ $(OBJSEXTET4) $(CFLAGS) $(LIBS)
 231
 232 sextet5 : $(OBJSEXTET5)
 233         $(CC) -o $@ $(OBJSEXTET5) $(CFLAGS) $(LIBS)
 234
 235 mafft-distance : $(OBJDISTANCE)
 236         $(CC) -o $@ $(OBJDISTANCE) $(CFLAGS) $(LIBS)
 237
 238 triplet5 : $(OBJTRIPLET5)
 239         $(CC) -o $@ $(OBJTRIPLET5) $(CFLAGS) $(LIBS)
 240
 241 triplet6 : $(OBJTRIPLET6)
 242         $(CC) -o $@ $(OBJTRIPLET6) $(CFLAGS) $(LIBS)
 243
 244 octet4 : $(OBJOCTET4)
 245         $(CC) -o $@ $(OBJOCTET4) $(CFLAGS) $(LIBS)
 246
 247 dndpre : $(OBJDNDPRE)
 248         $(CC) -o $@ $(OBJDNDPRE) $(CFLAGS) $(LIBS)
 249
 250 dndpre2 : $(OBJDNDPRESCORE)
 251         $(CC) -o $@ $(OBJDNDPRESCORE) $(CFLAGS) $(LIBS)
 252
 253 score : $(OBJSCORE)
 254         $(CC) -o $@ $(OBJSCORE) $(CFLAGS) $(LIBS)
 255
 256 genMtx : $(OBJGENMTX)
 257         $(CC) -o $@ $(OBJGENMTX) $(CFLAGS) $(LIBS)
 258
 259 gapfill.o : gapfill.c $(HEADER)
 260         $(CC) $(CFLAGS) -c gapfill.c
 261
 262 mltaln9.o : mltaln9.c $(HEADER)
 263         $(CC) $(CFLAGS) -c mltaln9.c
 264
 265 tddis.o : tddis.c $(HEADER)
 266         $(CC) $(CFLAGS) -c tddis.c
 267
 268 constants.o : constants.c miyata.h miyata5.h blosum.c DNA.h JTT.c $(HEADER)
 269         $(CC) $(CFLAGS) -c constants.c
 270
 271 defs.o : defs.c
 272         $(CC) $(CFLAGS) -c defs.c
 273
 274 Calignm1.o : Calignm1.c $(HEADER) $(DPHEADER)
 275         $(CC) $(CFLAGS) -c Calignm1.c
 276
 277 #A+++alignmm.o : SA+++alignmm.c $(HEADER) $(DPHEADER)
 278 #       $(CC) $(CFLAGS) -c SA+++alignmm.c -o A+++alignmm.o
 279
 280 Salignmm.o : Salignmm.c $(HEADER) $(DPHEADER)
 281         $(CC) $(CFLAGS) -c Salignmm.c
 282
 283 Halignmm.o : Halignmm.c $(HEADER) $(DPHEADER)
 284         $(CC) $(CFLAGS) -c Halignmm.c
 285
 286 Ralignmm.o : Ralignmm.c $(HEADER) $(DPHEADER)
 287         $(CC) $(CFLAGS) -c Ralignmm.c
 288
 289 Qalignmm.o : Qalignmm.c $(HEADER) $(DPHEADER)
 290         $(CC) $(CFLAGS) -c Qalignmm.c
 291
 292 MSalignmm.o : MSalignmm.c $(HEADER) $(DPHEADER)
 293         $(CC) $(CFLAGS) -c MSalignmm.c
 294
 295 partSalignmm.o : partSalignmm.c $(HEADER) $(DPHEADER)
 296         $(CC) $(CFLAGS) -c partSalignmm.c
 297
 298 partQalignmm.o : partQalignmm.c $(HEADER) $(DPHEADER)
 299         $(CC) $(CFLAGS) -c partQalignmm.c
 300
 301 Lalign11.o : Lalign11.c $(HEADER) $(DPHEADER)
 302         $(CC) $(CFLAGS) -c Lalign11.c
 303
 304 genalign11.o : genalign11.c $(HEADER) $(DPHEADER)
 305         $(CC) $(CFLAGS) -c genalign11.c
 306
 307 genGalign11.o : genGalign11.c $(HEADER) $(DPHEADER)
 308         $(CC) $(CFLAGS) -c genGalign11.c
 309
 310 suboptalign11.o : suboptalign11.c $(HEADER) $(DPHEADER)
 311         $(CC) $(CFLAGS) -c suboptalign11.c
 312
 313 Galign11.o : Galign11.c $(HEADER) $(DPHEADER)
 314         $(CC) $(CFLAGS) -c Galign11.c
 315
 316 MSalign11.o : MSalign11.c $(HEADER) $(DPHEADER)
 317         $(CC) $(CFLAGS) -c MSalign11.c
 318
 319 SAalignmm.o : SAalignmm.c $(HEADER) $(DPHEADER)
 320         $(CC) $(CFLAGS) -c SAalignmm.c -o SAalignmm.o
 321
 322 Lalignmm.o : Lalignmm.c $(HEADER) $(DPHEADER)
 323         $(CC) $(CFLAGS) -c Lalignmm.c
 324
 325 rna.o : rna.c $(HEADER) $(DPHEADER)
 326         $(CC) $(CFLAGS) -c rna.c
 327
 328 ord.o : ord.c $(HEADER)
 329         $(CC) $(CFLAGS) -c ord.c
 330
 331 1itr.o : 1itr.c $(HEADER)
 332         $(CC) $(CFLAGS) -c 1itr.c
 333
 334 tb.o : tb.c $(HEADER)
 335         $(CC) $(CFLAGS) -c tb.c
 336
 337 disttbfast.o : disttbfast.c $(HEADER) $(FFTHEADER)
 338         $(CC) $(CFLAGS) -c disttbfast.c
 339
 340 splitfromaln.o : splitfromaln.c $(HEADER) $(FFTHEADER)
 341         $(CC) $(CFLAGS) -c splitfromaln.c
 342
 343 splittbfast.o : splittbfast.c $(HEADER) $(FFTHEADER)
 344         $(CC) $(CFLAGS) -c splittbfast.c
 345
 346 splittbfast2.o : splittbfast2.c $(HEADER) $(FFTHEADER)
 347         $(CC) $(CFLAGS) -c splittbfast2.c
 348
 349 disttbfast_dummy.o : disttbfast_dummy.c $(HEADER) $(FFTHEADER)
 350         $(CC) $(CFLAGS) -c disttbfast_dummy.c
 351
 352 dummy.o : dummy.c $(HEADER) $(FFTHEADER)
 353         $(CC) $(CFLAGS) -c dummy.c
 354
 355 tbfast.o : tbfast.c $(HEADER) $(FFTHEADER)
 356         $(CC) $(CFLAGS) -c tbfast.c
 357
 358 tbfast2.o : tbfast2.c $(HEADER) $(FFTHEADER)
 359         $(CC) $(CFLAGS) -c tbfast2.c
 360
 361 setcore.o : setcore.c $(HEADER) $(FFTHEADER)
 362         $(CC) $(CFLAGS) -c setcore.c
 363
 364 getlag.o : getlag.c $(HEADER) $(FFTHEADER)
 365         $(CC) $(CFLAGS) -c getlag.c
 366
 367 tditr.o : tditr.c $(HEADER)
 368          $(CC) $(CFLAGS) -c tditr.c
 369
 370 dvtditr.o : dvtditr.c $(HEADER)
 371          $(CC) $(CFLAGS) -c dvtditr.c
 372
 373 tditeration.o : tditeration.c $(HEADER)
 374          $(CC) $(CFLAGS) -c tditeration.c
 375
 376 mafft-profile.o : mafft-profile.c $(HEADER) $(MTXHEADER)
 377         $(CC) $(CFLAGS) -c mafft-profile.c
 378
 379 dndfast4.o : dndfast4.c $(HEADER) $(MTXHEADER)
 380         $(CC) $(CFLAGS) -c dndfast4.c
 381
 382 dndfast5.o : dndfast5.c $(HEADER) $(MTXHEADER)
 383         $(CC) $(CFLAGS) -c dndfast5.c
 384
 385 dndfast6.o : dndfast6.c $(HEADER) $(MTXHEADER)
 386         $(CC) $(CFLAGS) -c dndfast6.c
 387
 388 dndfast7.o : dndfast7.c $(HEADER) $(MTXHEADER)
 389         $(CC) $(CFLAGS) -c dndfast7.c
 390
 391 dndblast.o : dndblast.c $(HEADER) $(MTXHEADER)
 392         $(CC) $(CFLAGS) -c dndblast.c
 393
 394 dndfast3.o : dndfast3.c $(HEADER) $(MTXHEADER)
 395         $(CC) $(CFLAGS) -c dndfast3.c
 396
 397 dndpre.o : dndpre.c $(HEADER)
 398         $(CC) $(CFLAGS) -c dndpre.c
 399
 400 countlen.o : countlen.c $(HEADER)
 401         $(CC) $(CFLAGS) -c countlen.c
 402
 403 seq2regtable.o : seq2regtable.c $(HEADER)
 404         $(CC) $(CFLAGS) -c seq2regtable.c
 405
 406 regtable2seq.o : regtable2seq.c $(HEADER)
 407         $(CC) $(CFLAGS) -c regtable2seq.c
 408
 409 f2cl.o : f2cl.c $(HEADER)
 410         $(CC) $(CFLAGS) -c f2cl.c
 411
 412 mccaskillwrap.o : mccaskillwrap.c $(HEADER)
 413         $(CC) $(CFLAGS) -c mccaskillwrap.c
 414
 415 contrafoldwrap.o : contrafoldwrap.c $(HEADER)
 416         $(CC) $(CFLAGS) -c contrafoldwrap.c
 417
 418 pairlocalalign.o : pairlocalalign.c $(HEADER) $(FFTHEADER)
 419         $(CC) $(CFLAGS) -c pairlocalalign.c
 420
 421 pairash.o : pairash.c $(HEADER) $(FFTHEADER)
 422         $(CC) $(CFLAGS) -c pairash.c
 423
 424 rnatest.o : rnatest.c $(HEADER) $(FFTHEADER)
 425         $(CC) $(CFLAGS) -c rnatest.c
 426
 427 multi2hat3s.o : multi2hat3s.c $(HEADER) $(FFTHEADER)
 428         $(CC) $(CFLAGS) -c multi2hat3s.c
 429
 430 pair2hat3s.o : pair2hat3s.c $(HEADER) $(FFTHEADER)
 431         $(CC) $(CFLAGS) -c pair2hat3s.c
 432
 433 dndpre2.o : dndpre2.c $(HEADER)
 434         $(CC) $(CFLAGS) -c dndpre2.c
 435
 436 io.o : io.c $(HEADER) $(FFTHEADER)
 437         $(CC) $(CFLAGS) -c io.c
 438
 439 nj.o : nj.c $(HEADER)
 440         $(CC) $(CFLAGS) -c nj.c
 441
 442 treeOperation.o : treeOperation.c $(HEADER)
 443         $(CC) $(CFLAGS) -c treeOperation.c
 444
 445 sextet5.o : sextet5.c $(HEADER) $(MTXHEADER)
 446         $(CC) $(CFLAGS) -c sextet5.c
 447
 448 mafft-distance.o : mafft-distance.c $(HEADER) $(MTXHEADER)
 449         $(CC) $(CFLAGS) -c mafft-distance.c
 450
 451 triplet5.o : triplet5.c $(HEADER) $(MTXHEADER)
 452         $(CC) $(CFLAGS) -c triplet5.c
 453
 454 triplet6.o : triplet6.c $(HEADER) $(MTXHEADER)
 455         $(CC) $(CFLAGS) -c triplet6.c
 456
 457 fft.o : fft.c $(HEADER) $(FFTHEADER)
 458         $(CC) $(CFLAGS) -c fft.c
 459
 460 fftFunctions.o : fftFunctions.c $(HEADER) $(FFTHEADER)
 461         $(CC) $(CFLAGS) -c fftFunctions.c
 462
 463 Falign.o : Falign.c $(HEADER) $(FFTHEADER) $(MTXHEADER)
 464         $(CC) $(CFLAGS) -c Falign.c
 465
 466 Falign_localhom.o : Falign_localhom.c $(HEADER) $(FFTHEADER) $(MTXHEADER)
 467         $(CC) $(CFLAGS) -c Falign_localhom.c
 468
 469 mtxutl.o : mtxutl.c
 470         $(CC) $(CFLAGS) -c mtxutl.c
 471
 472 score.o : score.c $(HEADER)
 473         $(CC) $(CFLAGS) -c score.c
 474
 475 clean :
 476         rm -f *.o *.a *.exe *~ $(PROGS)  $(SCRIPTS)
 477 #       rm -f ../binaries/* ../scripts/*
 478
 479 install : all
 480         mkdir -p $(LIBDIR)
 481         chmod 755 $(LIBDIR)
 482         mkdir -p $(BINDIR)
 483         chmod 755 $(BINDIR)
 484         chmod 755 $(SCRIPTS)
 485         $(INSTALL) $(SCRIPTS)  $(BINDIR)
 486         chmod 755 $(PROGS)
 487         $(INSTALL) $(PROGS) $(MANPAGES) $(LIBDIR)
 488         ( cd $(BINDIR); \
 489 rm -f linsi ginsi einsi fftns fftnsi nwns nwnsi xinsi qinsi; \
 490 rm -f mafft-linsi mafft-ginsi mafft-einsi mafft-fftns mafft-fftnsi mafft-nwns mafft-nwnsi mafft-xinsi mafft-qinsi; \
 491 ln -s mafft linsi; ln -s mafft ginsi; ln -s mafft fftns; \
 492 ln -s mafft fftnsi; ln -s mafft nwns; ln -s mafft nwnsi; \
 493 ln -s mafft einsi; \
 494 ln -s mafft mafft-linsi; ln -s mafft mafft-ginsi; ln -s mafft mafft-fftns; \
 495 ln -s mafft mafft-fftnsi; ln -s mafft mafft-nwns; ln -s mafft mafft-nwnsi; \
 496 ln -s mafft mafft-einsi; ln -s mafft mafft-xinsi; ln -s mafft mafft-qinsi;\
 497 rm -f mafft-profile mafft-profile.exe; ln -s ../lib/mafft/mafft-profile .; \
 498 rm -f mafft-distance mafft-distance.exe; ln -s ../lib/mafft/mafft-distance . )
 499
 500         mkdir -p $(MANDIR)
 501         chmod 755 $(MANDIR)
 502         $(INSTALL) $(MANPAGES) $(MANDIR)