binaries/src/mafft/extensions/mxscarna_src/Makefile

   1 ################################################################################
   2 # Makefile for probcons
   3 ################################################################################
   4
   5 ################################################################################
   6 # 1) Choose C++ compiler.
   7 ################################################################################
   8
   9 CXX = g++
  10
  11 ################################################################################
  12 # 2) Set C++ flags.
  13 #    a) DEBUG mode -- no optimizations, enable SafeVector checking, no inlining
  14 #    b) PROFILE mode -- for gprof
  15 #    c) RELEASE mode
  16 ################################################################################
  17 BIG_INLINE_LIMIT = 20000
  18
  19 PROBCONS = ./probconsRNA
  20 VIENNA   = ./vienna
  21
  22 # no -Wall option for warning
  23 CXXFLAGS = -O3 -funroll-loops -finline-limit=$(BIG_INLINE_LIMIT)
  24 OFLAGS = -DNDEBUG -DNumInsertStates=1 -DVERSION="2.0" $(CXXFLAGS) $(CFLAGS1)
  25 LIBS = -L$(PROBCONS)  -L./
  26 INCL = -I$(PROBCONS) -I$(VIENNA) -I./
  27
  28 ################################################################################
  29 # 3) Dependencies
  30 ################################################################################
  31
  32 TARGETS = mxscarna
  33
  34 OBJS = Main.o McCaskill.o vienna/energy_param.o seq2scs.o Globaldp.o postProcessings.o AlifoldMEA.o
  35
  36 .PHONY : all
  37 all : $(TARGETS)
  38
  39 mxscarna : $(OBJS)
  40         $(CXX) $(LIBS) $(OFLAGS) -lm -o $@ $(OBJS)
  41
  42 rfold:
  43         cd $(RFOLD); \
  44         make; \
  45         cd .. \
  46         cd ..
  47 probcons:
  48         cd $(PROBCONS); \
  49         make; \
  50         cd ..
  51
  52 #probcons : MultiSequence.h ProbabilisticModel.h ScoreType.h Sequence.h FileBuffer.h SparseMatrix.h EvolutionaryTree.h Defaults.h SafeVector.h Main.cc
  53 #       $(CXX) -lm -o probcons $(OBJS)
  54 #Main.cc
  55
  56 Main.o :  $(PROBCONS)/SafeVector.h $(PROBCONS)/FileBuffer.h $(PROBCONS)/Sequence.h $(PROBCONS)/MultiSequence.h $(PROBCONS)/EvolutionaryTree.h scarna.hpp BPPMatrix.hpp StemCandidate.hpp Globaldp.hpp AlifoldMEA.h Main.cc
  57         $(CXX) $(INCL) $(OFLAGS) -c Main.cc -o Main.o
  58 McCaskill.o: McCaskill.hpp $(VIENNA)/energy_param.hpp Util.hpp Beta.hpp ScoreType.hpp McCaskill.cpp
  59         $(CXX) $(INCL) $(OFLAGS) -c McCaskill.cpp -o McCaskill.o
  60 $(VIENNA)/energy_param.o: $(VIENNA)/energy_param.hpp $(VIENNA)/energy_param.cpp
  61         $(CXX) $(INCL) $(OFLAGS) -c $(VIENNA)/energy_param.cpp -o $(VIENNA)/energy_param.o
  62 seq2scs.o: $(PROBCONS)/SafeVector.h StemCandidate.hpp $(PROBCONS)/Sequence.h $(PROBCONS)/MultiSequence.h BPPMatrix.hpp nrutil.h seq2scs.cpp
  63         $(CXX) $(INCL) $(OFLAGS) -c seq2scs.cpp -o seq2scs.o
  64 Globaldp.o: Globaldp.hpp nrutil.h Util.hpp Beta.hpp scarna.hpp StemCandidate.hpp $(PROBCONS)/MultiSequence.h $(PROBCONS)/Sequence.h BPPMatrix.hpp
  65         $(CXX) $(INCL) $(OFLAGS) -c Globaldp.cpp -o Globaldp.o
  66 GlobalParameters.o: scarna.hpp
  67         $(CXX) $(INCL) $(OFLAGS) -c GlobalParameters.cpp -o GlobalParameters.o
  68 postProcessings.o: StemCandidate.hpp scarna.hpp
  69         $(CXX) $(INCL) $(OFLAGS) -c postProcessings.cpp -o postProcessings.o
  70 AlifoldMEA.o: nrutil.h Util.hpp Beta.hpp BPPMatrix.hpp $(PROBCONS)/MultiSequence.h $(PROBCONS)/Sequence.h $(PROBCONS)/SafeVector.h
  71         $(CXX) $(INCL) $(OFLAGS) -c AlifoldMEA.cpp -o AlifoldMEA.o
  72
  73 .PHONY : clean
  74 clean:
  75         rm -f $(TARGETS) *.o *.h~ *.hpp~ *.cpp~ *.cc~ $(VIENNA)/*.o
  76         $(MAKE) -C $(PROBCONS) clean