binaries/src/mafft/extensions/mxscarna_src/StemCandidate.hpp

   1 /////////////////////////////////////////////////////////////
   2 // StemCandidate.hpp
   3 // Profile Stem Candidate calcurated by profile base pairing
   4 // probability matrix
   5 ////////////////////////////////////////////////////////////
   6
   7 #ifndef __STEMCANDIDATE_HPP__
   8 #define __STEMCANDIDATE_HPP__
   9
  10 #include <string>
  11 #include <vector>
  12
  13 using namespace std;
  14
  15 namespace MXSCARNA {
  16 class StemCandidate {
  17 private:
  18     int numSeq;                      /* the number of sequences in the profile */
  19     int length;                      /* length of profile stem candidate of fixed length */
  20     int position;                    /* 5' start position of SC in profile */
  21     int distance;
  22     std::vector<std::string> substr; /* profile base string of SC */
  23     std::vector<std::string> rvstr;  /* profile base string of stem partner of SC */
  24     int rvposition;                  /* 3' end position of stem partner of SC */
  25     int rvscnumber;                  /* SC number of stem partner */
  26     int contPos;                     /* previous stem that corresponds continuous stem and has position -1. */
  27     int beforePos;                   /* most recent stem that doesn't overlap to SC and has position -len. */
  28     float score;                     /* score of the sum of base pairing probability matrix */
  29     std::vector<float> baseScore;
  30     float stacking;                  /* the mean of stacking energy */
  31     float stemStacking;              /* the mean of 1-continuous stacking energy */
  32
  33 public:
  34     StemCandidate() : numSeq(0), length(0), position(0), distance(0),
  35                       rvposition(0), rvscnumber(0), contPos(-1), beforePos(0),
  36                       score(0), stacking(0), stemStacking(0) {}
  37     StemCandidate(int numSeq, int length) : numSeq(numSeq), length(length),
  38                                             substr(numSeq), rvstr(numSeq),
  39                                             contPos(-1) { }
  40
  41     void SetNumSeq(int num) { numSeq = num; }
  42     void SetLength(int len) { length = len; }
  43     void SetNumSubstr(int num) {
  44         substr.resize(num);
  45         for(int i = 0; i < num; i++) {
  46             string &tmpStr = substr[i];
  47             tmpStr = "";
  48             substr[i] = tmpStr;
  49         }
  50     }
  51     void SetNumRvstr(int num) {
  52         rvstr.resize(num);
  53
  54         for(int i = 0; i < num; i++) {
  55             string &tmpStr = rvstr[i];
  56             tmpStr = "";
  57             rvstr[i] = tmpStr;
  58         }
  59     }
  60     void SetPosition(int pos) { position = pos; }
  61
  62     void AddSubstr(int num, char word) {
  63         std::string &tmpStr = substr[num];
  64         tmpStr += word;
  65         substr[num] = tmpStr;
  66     }
  67
  68     void AddRvstr(int num, char word) {
  69         std::string &tmpStr = rvstr[num];
  70         tmpStr += word;
  71         rvstr[num] = tmpStr;
  72     }
  73
  74     void AddBaseScore(float score) {
  75         baseScore.push_back(score);
  76     }
  77
  78     void SetRvposition(int pos) { rvposition = pos; }
  79     void SetRvscnumber(int num) { rvscnumber = num; }
  80     void SetContPos(int pos) { contPos = pos; }
  81     void SetBeforePos(int pos) { beforePos = pos; }
  82     void SetDistance(int d) { distance = d; }
  83     void SetScore(float s) { score = s; }
  84     void AddScore(float s) { score += s; }
  85     void SetStacking(float s) { stacking = s; }
  86     void AddStacking(float s) { stacking += s; }
  87     void SetStemStacking(float s) { stemStacking = s; }
  88     int  GetNumSeq() const { return numSeq; }
  89     int  GetLength() const { return length; }
  90     int  GetPosition() const { return position; }
  91
  92     string GetSubstr(int num) const {
  93         const std::string &tmpStr = substr[num];
  94         return tmpStr;
  95     }
  96     string GetRvstr(int num) const {
  97         const std::string &tmpStr = rvstr[num];
  98         return tmpStr;
  99     }
 100     float GetBaseScore(int i) const  {
 101         return baseScore[i];
 102     }
 103     int GetRvposition() const {
 104         return rvposition;
 105     }
 106     int GetRvscnumber() const {
 107         return rvscnumber;
 108     }
 109     int GetContPos() const {
 110         return contPos;
 111     }
 112     int GetBeforePos() const {
 113         return beforePos;
 114     }
 115     int GetDistance() const {
 116         return distance;
 117     }
 118     float GetScore() const {
 119         return score;
 120     }
 121     float GetStacking() const  {
 122         return stacking;
 123     }
 124     float GetStemStacking() const {
 125         return stemStacking;
 126     }
 127 };
 128 }
 129 #endif // __STEMCANDIDATE_HPP__