binaries/src/mafft/extensions/mxscarna_src/probconsRNA/Defaults.h_backup

   1 /////////////////////////////////////////////////////////////////
   2 // Defaults.h
   3 //
   4 // Default constants for use in PROBCONS.  The emission
   5 // probabilities were computed using the program used to build
   6 // the BLOSUM62 matrix from the BLOCKS 5.0 dataset.  Transition
   7 // parameters were obtained via unsupervised EM training on the
   8 // BALIBASE 2.0 benchmark alignment database.
   9 /////////////////////////////////////////////////////////////////
  10
  11 #ifndef DEFAULTS_H
  12 #define DEFAULTS_H
  13
  14 #include <string>
  15
  16 using namespace std;
  17
  18 float initDistrib1Default[] = { 0.9588437676f, 0.0205782652f, 0.0205782652f };
  19 float gapOpen1Default[] = { 0.0190259293f, 0.0190259293f };
  20 float gapExtend1Default[] = { 0.3269913495f, 0.3269913495f };
  21
  22 float initDistrib2Default[] = { 0.9615409374f, 0.0000004538f, 0.0000004538f, 0.0192291681f, 0.0192291681f };
  23 float gapOpen2Default[] = { 0.0082473317f, 0.0082473317f, 0.0107844425f, 0.0107844425f };
  24 float gapExtend2Default[] = { 0.3210460842f, 0.3210460842f, 0.3298229277f, 0.3298229277f };
  25
  26 string alphabetDefault = "ACGUTN";
  27
  28 //float emitSingleDefault[6] = {
  29 //   0.2174750715, 0.2573366761, 0.3005372882, 0.2233072966, 0.2233072966, 0.0004049665
  30 //};
  31
  32 float emitSingleDefault[6] = {
  33   0.2270790040f, 0.2422080040f, 0.2839320004f, 0.2464679927f, 0.2464679927f, 0.0003124650f
  34 };
  35
  36 /* ACGUTN */
  37
  38 float emitPairsDefault[6][6] = {
  39   { 0.1487240046f, 0.0184142999f, 0.0361397006f, 0.0238473993f, 0.0238473993f, 0.0000375308f },
  40   { 0.0184142999f, 0.1583919972f, 0.0275536999f, 0.0389291011f, 0.0389291011f, 0.0000815823f },
  41   { 0.0361397006f, 0.0275536999f, 0.1979320049f, 0.0244289003f, 0.0244289003f, 0.0000824765f },
  42   { 0.0238473993f, 0.0389291011f, 0.0244289003f, 0.1557479948f, 0.1557479948f, 0.0000743985f },
  43   { 0.0238473993f, 0.0389291011f, 0.0244289003f, 0.1557479948f, 0.1557479948f, 0.0000743985f },
  44   { 0.0000375308f, 0.0000815823f, 0.0000824765f, 0.0000743985f, 0.0000743985f, 0.0000263252f }
  45 };
  46
  47   /*
  48 float emitPairsDefault[6][6] = {
  49     {0.1731323451, 0.0378843173, 0.0656677559, 0.0450690985, 0.0450690985, 0.0000215275},
  50     {0.0378843173, 0.1611578614, 0.0492933467, 0.0651549697, 0.0651549697, 0.0000362353},
  51     {0.0656677559, 0.0492933467, 0.1937607974, 0.0464556068, 0.0464556068, 0.0000293904},
  52     {0.0450690985, 0.0651549697, 0.0464556068, 0.1622997671, 0.1622997671, 0.0000352637},
  53     {0.0450690985, 0.0651549697, 0.0464556068, 0.1622997671, 0.1622997671, 0.0000352637},
  54     {0.0000215275, 0.0000362353, 0.0000293904, 0.0000352637, 0.0000352637, 0.0000000000}
  55 };
  56   */
  57 #endif