binaries/src/mafft/extensions/mxscarna_src/probconsRNA/README

   1
   2                           PROBCONS
   3                           ~~~~~~~~
   4
   5    Probabilistic consistency-based multiple sequence alignment
   6
   7 -----------------------------------------------------------------
   8
   9 PROBCONS is a novel tool for generating  multiple  alignments
  10 of protein sequences.  Using a combination  of  probabilistic
  11 modeling and consistency-based alignment techniques, PROBCONS
  12 has achieved the highest accuracy of all alignment methods to
  13 date.
  14
  15 PROBCONS was developed by Chuong B. Do in collaboration  with
  16 Michael Brudno in the research group  of  Serafim  Batzoglou,
  17 Department of Computer Science, Stanford University.
  18
  19 For more information on the algorithms, please see
  20
  21      Do, C.B., Brudno, M., and Batzoglou, S. (2004) PROBCONS:
  22      Probabilistic Consistency-based  Multiple  Alignment  of
  23      Amino Acid Sequences.  12th International Conference  on
  24      Intelligent Systems for Molecular Biology.  In press.
  25
  26 and
  27
  28      Do, C.B., Brudno, M., and Batzoglou, S. (2004) PROBCONS:
  29      Probabilistic Consistency-based  Multiple  Alignment  of
  30      Amino Acid Sequences.  The 19th National  Conference  on
  31      Artificial Intelligence (AAAI-04).  In press.
  32
  33 -----------------------------------------------------------------
  34
  35 PROBCONS has been made  freely  available  as  PUBLIC  DOMAIN
  36 software and hence is not subject to copyright in the  United
  37 States.  This system and/or any portion of  the  source  code
  38 may be used, modified, or redistributed without restrictions.
  39 PROBCONS is distributed WITHOUT WARRANTY, express or implied.
  40 The authors accept NO LEGAL LIABILITY OR  RESPONSIBILITY  for
  41 loss due to reliance on the program.
  42
  43 -----------------------------------------------------------------
  44
  45 Version History
  46
  47 1.0, 3/23/2004 (Chuong Do)
  48    -- initial release
  49
  50 1.01, 3/25/2004 (Chuong Do)
  51    -- fixed error in training procedure
  52    -- retrained default parameters for 1 and 2 pairs of insert
  53       states
  54
  55 1.02, 4/17/2004 (Chuong Do)
  56    -- replaced LOG_ADD and EXP routines
  57    -- added support for reading MSF format files
  58    -- added two extra utilities for scoring PROBCONS alignments
  59       (for benchmarking purposes)
  60       -- added the "compare" program for scoring alignments
  61          according to a reference alignment with respect to
  62          sum-of-pairs and column scores
  63       -- added the "fixref" program for adjusting PREFAB
  64          alignments to contain all letters of the input
  65          sequences; basically the main program for PROBCONS
  66          "hacked" to get the job done
  67
  68 1.03, 5/3/2004 (Chuong Do)
  69    -- added option to do all-pairs pairwise alignments instead
  70       of constructing a full multiple alignment
  71    -- added support for reading DIALIGN style files
  72    -- enabled support for using BAliBASE annotations for scoring
  73       BAliBASE alignments
  74    -- several minor bug fixes thanks to Bob Edgar
  75    -- added "project" program to project multiple alignment to
  76       pairwise alignments
  77
  78 1.04, 5/9/2004 (Chuong Do)
  79    -- switched over to default of one-insert state pair
  80    -- retrained default parameters
  81    -- added annotation scores
  82    -- small changes to model topology to make end gaps symmetrical
  83    -- added makegnuplot utility to plot annotation scores
  84
  85 1.05, 5/26/2004 (Chuong Do)
  86    -- added cutoff filtering for posterior scores
  87    -- made small corrections to recurrences for computing alignments
  88    -- added CLUSTALW output support
  89
  90 1.06, 7/13/2004 (Chuong Do)
  91    -- ProbCons is now PUBLIC DOMAIN software.
  92
  93 1.07, 8/30/2004 (Chuong Do)
  94    -- Fixed CLUSTALW output for sequence names (thanks to John Calley
  95       for pointing this out)
  96
  97 1.08, 8/31/2004 (Chuong Do)
  98    -- Added option for alignment order output (-a).
  99
 100 1.09, 9/1/2004 (Chuong Do)
 101    -- PROBCONS now allows input files with existing gaps -- these are
 102       automatically stripped before alignment.
 103
 104 1.10, 3/16/2005 (Chuong Do)
 105    -- Reduced memory consumption by
 106       -- not storing posterior matrix transposes
 107       -- restricting consistency-derived posterior matrices to original posterior matrix