binaries/src/muscle/aligntwoprofs.cpp

   1 #include "muscle.h"\r
   2 #include "msa.h"\r
   3 #include "profile.h"\r
   4 #include "pwpath.h"\r
   5 \r
   6 SCORE GlobalAlign4(ProfPos *PA, unsigned uLengthA, ProfPos *PB,\r
   7   unsigned uLengthB, PWPath &Path);\r
   8 \r
   9 SCORE AlignTwoProfs(\r
  10   const ProfPos *PA, unsigned uLengthA, WEIGHT wA,\r
  11   const ProfPos *PB, unsigned uLengthB, WEIGHT wB,\r
  12   PWPath &Path, ProfPos **ptrPout, unsigned *ptruLengthOut)\r
  13         {\r
  14         assert(uLengthA < 100000);\r
  15         assert(uLengthB < 100000);\r
  16 \r
  17         float r = (float) uLengthA/ (float) (uLengthB + 1); // +1 to prevent div 0\r
  18         if (r < 1)\r
  19                 r = 1/r;\r
  20 \r
  21         SCORE Score = GlobalAlign(PA, uLengthA, PB, uLengthB, Path);\r
  22 \r
  23         AlignTwoProfsGivenPath(Path, PA, uLengthB, wA/(wA + wB), PB, uLengthB, wB/(wA + wB),\r
  24           ptrPout, ptruLengthOut);\r
  25 \r
  26 #if     HYDRO\r
  27         if (ALPHA_Amino == g_Alpha)\r
  28                 Hydro(*ptrPout, *ptruLengthOut);\r
  29 #endif\r
  30         return Score;\r
  31         }\r