binaries/src/muscle/alpha.h

   1 #ifndef alpha_h\r
   2 #define alpha_h\r
   3 \r
   4 bool StrHasAmino(const char *Str);\r
   5 bool StrHasGap(const char *Str);\r
   6 void ClearInvalidLetterWarning();\r
   7 void InvalidLetterWarning(char c, char w);\r
   8 void ReportInvalidLetters();\r
   9 \r
  10 extern unsigned g_CharToLetter[];\r
  11 extern unsigned g_CharToLetterEx[];\r
  12 \r
  13 extern char g_LetterToChar[];\r
  14 extern char g_LetterExToChar[];\r
  15 \r
  16 extern char g_UnalignChar[];\r
  17 extern char g_AlignChar[];\r
  18 \r
  19 extern bool g_IsWildcardChar[];\r
  20 extern bool g_IsResidueChar[];\r
  21 \r
  22 #define CharToLetter(c)         (g_CharToLetter[(unsigned char) (c)])\r
  23 #define CharToLetterEx(c)       (g_CharToLetterEx[(unsigned char) (c)])\r
  24 \r
  25 #define LetterToChar(u)         (g_LetterToChar[u])\r
  26 #define LetterExToChar(u)       (g_LetterExToChar[u])\r
  27 \r
  28 #define IsResidueChar(c)        (g_IsResidueChar[(unsigned char) (c)])\r
  29 #define IsGapChar(c)            ('-' == (c) || '.' == (c))\r
  30 #define IsWildcardChar(c)       (g_IsWildcardChar[(unsigned char) (c)])\r
  31 \r
  32 #define AlignChar(c)            (g_AlignChar[(unsigned char) (c)])\r
  33 #define UnalignChar(c)          (g_UnalignChar[(unsigned char) (c)])\r
  34 \r
  35 // AX=Amino alphabet with eXtensions (B, Z and X)\r
  36 enum AX\r
  37         {\r
  38         AX_A,\r
  39         AX_C,\r
  40         AX_D,\r
  41         AX_E,\r
  42         AX_F,\r
  43         AX_G,\r
  44         AX_H,\r
  45         AX_I,\r
  46         AX_K,\r
  47         AX_L,\r
  48         AX_M,\r
  49         AX_N,\r
  50         AX_P,\r
  51         AX_Q,\r
  52         AX_R,\r
  53         AX_S,\r
  54         AX_T,\r
  55         AX_V,\r
  56         AX_W,\r
  57         AX_Y,\r
  58 \r
  59         AX_X,   // Any\r
  60 \r
  61         AX_B,   // D or N\r
  62         AX_Z,   // E or Q\r
  63 \r
  64         AX_GAP,\r
  65         };\r
  66 const unsigned AX_COUNT = AX_GAP + 1;\r
  67 \r
  68 // NX=Nucleotide alphabet with extensions\r
  69 enum NX\r
  70         {\r
  71         NX_A,\r
  72         NX_C,\r
  73         NX_G,\r
  74         NX_T,\r
  75         NX_U = NX_T,\r
  76 \r
  77     NX_M, // AC\r
  78     NX_R, // AG\r
  79     NX_W, // AT\r
  80     NX_S, // CG\r
  81     NX_Y, // CT\r
  82     NX_K, // GT\r
  83     NX_V, // ACG\r
  84     NX_H, // ACT\r
  85     NX_D, // AGT\r
  86     NX_B, // CGT\r
  87     NX_X, // GATC\r
  88     NX_N, // GATC\r
  89         NX_GAP\r
  90         };\r
  91 const unsigned NX_COUNT = NX_GAP + 1;\r
  92 \r
  93 const unsigned MAX_ALPHA = 20;\r
  94 const unsigned MAX_ALPHA_EX = AX_COUNT;\r
  95 const unsigned MAX_CHAR = 256;\r
  96 \r
  97 extern ALPHA g_Alpha;\r
  98 extern unsigned g_AlphaSize;\r
  99 \r
 100 void SetAlpha(ALPHA Alpha);\r
 101 char GetWildcardChar();\r
 102 bool IsNucleo(char c);\r
 103 bool IsDNA(char c);\r
 104 bool IsRNA(char c);\r
 105 \r
 106 #endif  // alpha_h\r