binaries/src/muscle/clustsetdf.h

   1 #ifndef ClustSetDF_h\r
   2 #define ClustSetDF_h\r
   3 \r
   4 class MSA;\r
   5 class Clust;\r
   6 \r
   7 #include "clustset.h"\r
   8 #include "distfunc.h"\r
   9 #include "msa.h"\r
  10 \r
  11 class ClustSetDF : public ClustSet\r
  12         {\r
  13 public:\r
  14         ClustSetDF(const DistFunc &DF) :\r
  15                 m_ptrDF(&DF)\r
  16                 {\r
  17                 }\r
  18 \r
  19 public:\r
  20         virtual unsigned GetLeafCount()\r
  21                 {\r
  22                 return m_ptrDF->GetCount();\r
  23                 }\r
  24         virtual const char *GetLeafName(unsigned uNodeIndex)\r
  25                 {\r
  26                 return m_ptrDF->GetName(uNodeIndex);\r
  27                 }\r
  28         virtual unsigned GetLeafId(unsigned uNodeIndex)\r
  29                 {\r
  30                 return m_ptrDF->GetId(uNodeIndex);\r
  31                 }\r
  32         virtual void JoinNodes(const Clust &C, unsigned uLeftNodeIndex,\r
  33           unsigned uRightNodeIndex, unsigned uJoinedNodeIndex,\r
  34           double *ptrdLeftLength, double *ptrdRightLength)\r
  35                 {\r
  36                 Quit("ClustSetDF::JoinNodes, should never be called");\r
  37                 }\r
  38         virtual double ComputeDist(const Clust &C, unsigned uNodeIndex1,\r
  39           unsigned uNodeIndex2)\r
  40                 {\r
  41                 return m_ptrDF->GetDist(uNodeIndex1, uNodeIndex2);\r
  42                 }\r
  43 \r
  44 private:\r
  45         const DistFunc *m_ptrDF;\r
  46         };\r
  47 \r
  48 #endif  // ClustSetDF_h\r