binaries/src/muscle/distcalc.h

   1 #ifndef DistCalc_h\r
   2 #define DistCalc_h\r
   3 \r
   4 typedef float dist_t;\r
   5 const dist_t BIG_DIST = (dist_t) 1e29;\r
   6 \r
   7 class DistFunc;\r
   8 \r
   9 class DistCalc\r
  10         {\r
  11 public:\r
  12         virtual void CalcDistRange(unsigned i, dist_t Dist[]) const = 0;\r
  13         virtual unsigned GetCount() const = 0;\r
  14         virtual unsigned GetId(unsigned i) const = 0;\r
  15         virtual const char *GetName(unsigned i) const = 0;\r
  16         };\r
  17 \r
  18 class DistCalcDF : public DistCalc\r
  19         {\r
  20 public:\r
  21         void Init(const DistFunc &DF);\r
  22         virtual void CalcDistRange(unsigned i, dist_t Dist[]) const;\r
  23         virtual unsigned GetCount() const;\r
  24         virtual unsigned GetId(unsigned i) const;\r
  25         virtual const char *GetName(unsigned i) const;\r
  26 \r
  27 private:\r
  28         const DistFunc *m_ptrDF;\r
  29         };\r
  30 \r
  31 class DistCalcMSA : public DistCalc\r
  32         {\r
  33 public:\r
  34         void Init(const MSA &msa, DISTANCE Distance);\r
  35         virtual void CalcDistRange(unsigned i, dist_t Dist[]) const;\r
  36         virtual unsigned GetCount() const;\r
  37         virtual unsigned GetId(unsigned i) const;\r
  38         virtual const char *GetName(unsigned i) const;\r
  39 \r
  40 private:\r
  41         const MSA *m_ptrMSA;\r
  42         DISTANCE m_Distance;\r
  43         };\r
  44 \r
  45 #endif  // DistCalc_h\r