binaries/src/muscle/glbalign.cpp

   1 #include "muscle.h"\r
   2 #include "pwpath.h"\r
   3 #include "timing.h"\r
   4 #include "textfile.h"\r
   5 #include "msa.h"\r
   6 #include "profile.h"\r
   7 \r
   8 #if     !VER_3_52\r
   9 \r
  10 #define COMPARE_SIMPLE  0\r
  11 \r
  12 #if     TIMING\r
  13 TICKS g_ticksDP = 0;\r
  14 #endif\r
  15 \r
  16 #if     1\r
  17 extern bool g_bKeepSimpleDP;\r
  18 SCORE NWSmall(const ProfPos *PA, unsigned uLengthA, const ProfPos *PB,\r
  19   unsigned uLengthB, PWPath &Path);\r
  20 SCORE NWDASmall(const ProfPos *PA, unsigned uLengthA, const ProfPos *PB,\r
  21   unsigned uLengthB, PWPath &Path);\r
  22 SCORE NWDASimple(const ProfPos *PA, unsigned uLengthA, const ProfPos *PB,\r
  23   unsigned uLengthB, PWPath &Path);\r
  24 SCORE NWDASimple2(const ProfPos *PA, unsigned uLengthA, const ProfPos *PB,\r
  25   unsigned uLengthB, PWPath &Path);\r
  26 SCORE GlobalAlignSimple(const ProfPos *PA, unsigned uLengthA, const ProfPos *PB,\r
  27   unsigned uLengthB, PWPath &Path);\r
  28 \r
  29 SCORE GlobalAlignNoDiags(const ProfPos *PA, unsigned uLengthA, const ProfPos *PB,\r
  30   unsigned uLengthB, PWPath &Path)\r
  31         {\r
  32         return GlobalAlign(PA, uLengthA, PB, uLengthB, Path);\r
  33         }\r
  34 \r
  35 #if     COMPARE_SIMPLE\r
  36 \r
  37 SCORE GlobalAlign(const ProfPos *PA, unsigned uLengthA, const ProfPos *PB,\r
  38   unsigned uLengthB, PWPath &Path)\r
  39         {\r
  40 #if     TIMING\r
  41         TICKS t1 = GetClockTicks();\r
  42 #endif\r
  43         g_bKeepSimpleDP = true;\r
  44         PWPath SimplePath;\r
  45         GlobalAlignSimple(PA, uLengthA, PB, uLengthB, SimplePath);\r
  46 \r
  47         SCORE Score = NWSmall(PA, uLengthA, PB, uLengthB, Path);\r
  48 \r
  49         if (!Path.Equal(SimplePath))\r
  50                 {\r
  51                 Log("Simple:\n");\r
  52                 SimplePath.LogMe();\r
  53                 Log("Small:\n");\r
  54                 Path.LogMe();\r
  55                 Quit("Paths differ");\r
  56                 }\r
  57 \r
  58 #if     TIMING\r
  59         TICKS t2 = GetClockTicks();\r
  60         g_ticksDP += (t2 - t1);\r
  61 #endif\r
  62         return Score;\r
  63         }\r
  64 \r
  65 #else // COMPARE_SIMPLE\r
  66 \r
  67 SCORE GlobalAlign(const ProfPos *PA, unsigned uLengthA, const ProfPos *PB,\r
  68   unsigned uLengthB, PWPath &Path)\r
  69         {\r
  70 #if     TIMING\r
  71         TICKS t1 = GetClockTicks();\r
  72 #endif\r
  73         SCORE Score = NWSmall(PA, uLengthA, PB, uLengthB, Path);\r
  74 #if     TIMING\r
  75         TICKS t2 = GetClockTicks();\r
  76         g_ticksDP += (t2 - t1);\r
  77 #endif\r
  78         return Score;\r
  79         }\r
  80 \r
  81 #endif\r
  82 \r
  83 #else // 1\r
  84 \r
  85 static void AllInserts(PWPath &Path, unsigned uLengthB)\r
  86         {\r
  87         Path.Clear();\r
  88         PWEdge Edge;\r
  89         Edge.cType = 'I';\r
  90         Edge.uPrefixLengthA = 0;\r
  91         for (unsigned uPrefixLengthB = 1; uPrefixLengthB <= uLengthB; ++uPrefixLengthB)\r
  92                 {\r
  93                 Edge.uPrefixLengthB = uPrefixLengthB;\r
  94                 Path.AppendEdge(Edge);\r
  95                 }\r
  96         }\r
  97 \r
  98 static void AllDeletes(PWPath &Path, unsigned uLengthA)\r
  99         {\r
 100         Path.Clear();\r
 101         PWEdge Edge;\r
 102         Edge.cType = 'D';\r
 103         Edge.uPrefixLengthB = 0;\r
 104         for (unsigned uPrefixLengthA = 1; uPrefixLengthA <= uLengthA; ++uPrefixLengthA)\r
 105                 {\r
 106                 Edge.uPrefixLengthA = uPrefixLengthA;\r
 107                 Path.AppendEdge(Edge);\r
 108                 }\r
 109         }\r
 110 \r
 111 SCORE GlobalAlign(const ProfPos *PA, unsigned uLengthA, const ProfPos *PB,\r
 112   unsigned uLengthB, PWPath &Path)\r
 113         {\r
 114 #if     TIMING\r
 115         TICKS t1 = GetClockTicks();\r
 116 #endif\r
 117         if (0 == uLengthA)\r
 118                 {\r
 119                 AllInserts(Path, uLengthB);\r
 120                 return 0;\r
 121                 }\r
 122         else if (0 == uLengthB)\r
 123                 {\r
 124                 AllDeletes(Path, uLengthA);\r
 125                 return 0;\r
 126                 }\r
 127 \r
 128         SCORE Score = 0;\r
 129         if (g_bDiags)\r
 130                 Score = GlobalAlignDiags(PA, uLengthA, PB, uLengthB, Path);\r
 131         else\r
 132                 Score = GlobalAlignNoDiags(PA, uLengthA, PB, uLengthB, Path);\r
 133 #if     TIMING\r
 134         TICKS t2 = GetClockTicks();\r
 135         g_ticksDP += (t2 - t1);\r
 136 #endif\r
 137         return Score;\r
 138         }\r
 139 \r
 140 SCORE GlobalAlignNoDiags(const ProfPos *PA, unsigned uLengthA, const ProfPos *PB,\r
 141   unsigned uLengthB, PWPath &Path)\r
 142         {\r
 143         if (g_bDimer)\r
 144                 return GlobalAlignDimer(PA, uLengthA, PB, uLengthB, Path);\r
 145 \r
 146         switch (g_PPScore)\r
 147                 {\r
 148         case PPSCORE_LE:\r
 149                 return GlobalAlignLE(PA, uLengthA, PB, uLengthB, Path);\r
 150 \r
 151         case PPSCORE_SP:\r
 152         case PPSCORE_SV:\r
 153                 return GlobalAlignSP(PA, uLengthA, PB, uLengthB, Path);\r
 154 \r
 155         case PPSCORE_SPN:\r
 156                 return GlobalAlignSPN(PA, uLengthA, PB, uLengthB, Path);\r
 157                 }\r
 158 \r
 159         Quit("Invalid PP score (GlobalAlignNoDiags)");\r
 160         return 0;\r
 161         }\r
 162 \r
 163 #endif\r
 164 \r
 165 #endif  // !VER_3_52\r