binaries/src/muscle/glbalign352.cpp

   1 #include "muscle.h"\r
   2 #include "pwpath.h"\r
   3 #include "timing.h"\r
   4 #include "textfile.h"\r
   5 #include "msa.h"\r
   6 #include "profile.h"\r
   7 \r
   8 #if     VER_3_52\r
   9 \r
  10 #if     TIMING\r
  11 TICKS g_ticksDP = 0;\r
  12 #endif\r
  13 \r
  14 SCORE GlobalAlign(const ProfPos *PA, unsigned uLengthA, const ProfPos *PB,\r
  15   unsigned uLengthB, PWPath &Path)\r
  16         {\r
  17 #if     TIMING\r
  18         TICKS t1 = GetClockTicks();\r
  19 #endif\r
  20         SCORE Score = 0;\r
  21         if (g_bDiags)\r
  22                 Score = GlobalAlignDiags(PA, uLengthA, PB, uLengthB, Path);\r
  23         else\r
  24                 Score = GlobalAlignNoDiags(PA, uLengthA, PB, uLengthB, Path);\r
  25 #if     TIMING\r
  26         TICKS t2 = GetClockTicks();\r
  27         g_ticksDP += (t2 - t1);\r
  28 #endif\r
  29         return Score;\r
  30         }\r
  31 \r
  32 SCORE GlobalAlignNoDiags(const ProfPos *PA, unsigned uLengthA, const ProfPos *PB,\r
  33   unsigned uLengthB, PWPath &Path)\r
  34         {\r
  35         if (g_bDimer)\r
  36                 return GlobalAlignDimer(PA, uLengthA, PB, uLengthB, Path);\r
  37 \r
  38         switch (g_PPScore)\r
  39                 {\r
  40         case PPSCORE_LE:\r
  41                 return GlobalAlignLE(PA, uLengthA, PB, uLengthB, Path);\r
  42 \r
  43         case PPSCORE_SP:\r
  44         case PPSCORE_SV:\r
  45                 return GlobalAlignSP(PA, uLengthA, PB, uLengthB, Path);\r
  46 \r
  47         case PPSCORE_SPN:\r
  48                 return GlobalAlignSPN(PA, uLengthA, PB, uLengthB, Path);\r
  49                 }\r
  50 \r
  51         Quit("Invalid PP score (GlobalAlignNoDiags)");\r
  52         return 0;\r
  53         }\r
  54 \r
  55 #endif  // VER_3_52\r