binaries/src/muscle/globals.cpp

   1 #if     WIN32\r
   2 #include <windows.h>\r
   3 #include <share.h>\r
   4 #endif\r
   5 \r
   6 #include "muscle.h"\r
   7 #include <stdio.h>\r
   8 #include <stdlib.h>\r
   9 #include <stdarg.h>\r
  10 #include <string.h>\r
  11 #include <math.h>\r
  12 #include <assert.h>\r
  13 #include <time.h>\r
  14 #include <errno.h>\r
  15 \r
  16 #ifndef MAX_PATH\r
  17 #define MAX_PATH        260\r
  18 #endif\r
  19 \r
  20 static char g_strListFileName[MAX_PATH];\r
  21 static bool g_bListFileAppend = false;\r
  22 \r
  23 static SEQWEIGHT g_SeqWeight = SEQWEIGHT_Undefined;\r
  24 \r
  25 void SetSeqWeightMethod(SEQWEIGHT Method)\r
  26         {\r
  27         g_SeqWeight = Method;\r
  28         }\r
  29 \r
  30 SEQWEIGHT GetSeqWeightMethod()\r
  31         {\r
  32         return g_SeqWeight;\r
  33         }\r
  34 \r
  35 void SetListFileName(const char *ptrListFileName, bool bAppend)\r
  36         {\r
  37         assert(strlen(ptrListFileName) < MAX_PATH);\r
  38         strcpy(g_strListFileName, ptrListFileName);\r
  39         g_bListFileAppend = bAppend;\r
  40         }\r
  41 \r
  42 void Log(const char szFormat[], ...)\r
  43         {\r
  44         if (0 == g_strListFileName[0])\r
  45                 return;\r
  46 \r
  47         static FILE *f = NULL;\r
  48         char *mode;\r
  49         if (g_bListFileAppend)\r
  50                 mode = "a";\r
  51         else\r
  52                 mode = "w";\r
  53         if (NULL == f)\r
  54                 f = _fsopen(g_strListFileName, mode, _SH_DENYNO);\r
  55         if (NULL == f)\r
  56                 {\r
  57                 perror(g_strListFileName);\r
  58                 exit(EXIT_NotStarted);\r
  59                 }\r
  60 \r
  61         char szStr[4096];\r
  62         va_list ArgList;\r
  63         va_start(ArgList, szFormat);\r
  64         vsprintf(szStr, szFormat, ArgList);\r
  65         fprintf(f, "%s", szStr);\r
  66         fflush(f);\r
  67         }\r
  68 \r
  69 const char *GetTimeAsStr()\r
  70         {\r
  71         static char szStr[32];\r
  72         time_t t;\r
  73         time(&t);\r
  74         struct tm *ptmCurrentTime = localtime(&t);\r
  75         strcpy(szStr, asctime(ptmCurrentTime));\r
  76         assert('\n' == szStr[24]);\r
  77         szStr[24] = 0;\r
  78         return szStr;\r
  79         }\r
  80 \r
  81 // Exit immediately with error message, printf-style.\r
  82 void Quit(const char szFormat[], ...)\r
  83         {\r
  84         va_list ArgList;\r
  85         char szStr[4096];\r
  86 \r
  87         va_start(ArgList, szFormat);\r
  88         vsprintf(szStr, szFormat, ArgList);\r
  89 \r
  90         fprintf(stderr, "\n*** ERROR ***  %s\n", szStr);\r
  91 \r
  92         Log("\n*** FATAL ERROR ***  ");\r
  93         Log("%s\n", szStr);\r
  94         Log("Stopped %s\n", GetTimeAsStr());\r
  95 \r
  96 #ifdef WIN32\r
  97         if (IsDebuggerPresent())\r
  98                 {\r
  99                 int iBtn = MessageBox(NULL, szStr, "muscle", MB_ICONERROR | MB_OKCANCEL);\r
 100                 if (IDCANCEL == iBtn)\r
 101                         Break();\r
 102                 }\r
 103 #endif\r
 104         exit(EXIT_FatalError);\r
 105         }\r
 106 \r
 107 void Warning(const char szFormat[], ...)\r
 108         {\r
 109         va_list ArgList;\r
 110         char szStr[4096];\r
 111 \r
 112         va_start(ArgList, szFormat);\r
 113         vsprintf(szStr, szFormat, ArgList);\r
 114 \r
 115         fprintf(stderr, "\n*** WARNING *** %s\n", szStr);\r
 116         Log("\n*** WARNING ***  %s\n", szStr);\r
 117         }\r
 118 \r
 119 // Remove leading and trailing blanks from string\r
 120 void TrimBlanks(char szStr[])\r
 121         {\r
 122         TrimLeadingBlanks(szStr);\r
 123         TrimTrailingBlanks(szStr);\r
 124         }\r
 125 \r
 126 void TrimLeadingBlanks(char szStr[])\r
 127         {\r
 128         size_t n = strlen(szStr);\r
 129         while (szStr[0] == ' ')\r
 130                 {\r
 131                 memmove(szStr, szStr+1, n);\r
 132                 szStr[--n] = 0;\r
 133                 }\r
 134         }\r
 135 \r
 136 void TrimTrailingBlanks(char szStr[])\r
 137         {\r
 138         size_t n = strlen(szStr);\r
 139         while (n > 0 && szStr[n-1] == ' ')\r
 140                 szStr[--n] = 0;\r
 141         }\r
 142 \r
 143 bool Verbose()\r
 144         {\r
 145         return true;\r
 146         }\r
 147 \r
 148 SCORE StrToScore(const char *pszStr)\r
 149         {\r
 150         return (SCORE) atof(pszStr);\r
 151         }\r
 152 \r
 153 void StripWhitespace(char szStr[])\r
 154         {\r
 155         unsigned uOutPos = 0;\r
 156         unsigned uInPos = 0;\r
 157         while (char c = szStr[uInPos++])\r
 158                 if (' ' != c && '\t' != c && '\n' != c && '\r' != c)\r
 159                         szStr[uOutPos++] = c;\r
 160         szStr[uOutPos] = 0;\r
 161         }\r
 162 \r
 163 void StripGaps(char szStr[])\r
 164         {\r
 165         unsigned uOutPos = 0;\r
 166         unsigned uInPos = 0;\r
 167         while (char c = szStr[uInPos++])\r
 168                 if ('-' != c)\r
 169                         szStr[uOutPos++] = c;\r
 170         szStr[uOutPos] = 0;\r
 171         }\r
 172 \r
 173 bool IsValidSignedInteger(const char *Str)\r
 174         {\r
 175         if (0 == strlen(Str))\r
 176                 return false;\r
 177         if ('+' == *Str || '-' == *Str)\r
 178                 ++Str;\r
 179         while (char c = *Str++)\r
 180                 if (!isdigit(c))\r
 181                         return false;\r
 182         return true;\r
 183         }\r
 184 \r
 185 bool IsValidInteger(const char *Str)\r
 186         {\r
 187         if (0 == strlen(Str))\r
 188                 return false;\r
 189         while (char c = *Str++)\r
 190                 if (!isdigit(c))\r
 191                         return false;\r
 192         return true;\r
 193         }\r
 194 \r
 195 // Is c valid as first character in an identifier?\r
 196 bool isidentf(char c)\r
 197         {\r
 198         return isalpha(c) || '_' == c;\r
 199         }\r
 200 \r
 201 // Is c valid character in an identifier?\r
 202 bool isident(char c)\r
 203         {\r
 204         return isalpha(c) || isdigit(c) || '_' == c;\r
 205         }\r
 206 \r
 207 bool IsValidIdentifier(const char *Str)\r
 208         {\r
 209         if (!isidentf(Str[0]))\r
 210                 return false;\r
 211         while (char c = *Str++)\r
 212                 if (!isident(c))\r
 213                         return false;\r
 214         return true;\r
 215         }\r
 216 \r
 217 void SetLogFile()\r
 218         {\r
 219         const char *strFileName = ValueOpt("loga");\r
 220         if (0 != strFileName)\r
 221                 g_bListFileAppend = true;\r
 222         else\r
 223                 strFileName = ValueOpt("log");\r
 224         if (0 == strFileName)\r
 225                 return;\r
 226         strcpy(g_strListFileName, strFileName);\r
 227         }\r
 228 \r
 229 // Get filename, stripping any extension and directory parts.\r
 230 void NameFromPath(const char szPath[], char szName[], unsigned uBytes)\r
 231         {\r
 232         if (0 == uBytes)\r
 233                 return;\r
 234         const char *pstrLastSlash = strrchr(szPath, '/');\r
 235         const char *pstrLastBackslash = strrchr(szPath, '\\');\r
 236         const char *pstrLastDot = strrchr(szPath, '.');\r
 237         const char *pstrLastSep = pstrLastSlash > pstrLastBackslash ?\r
 238           pstrLastSlash : pstrLastBackslash;\r
 239         const char *pstrBegin = pstrLastSep ? pstrLastSep + 1 : szPath;\r
 240         const char *pstrEnd = pstrLastDot ? pstrLastDot - 1 : szPath + strlen(szPath);\r
 241         unsigned uNameLength = (unsigned) (pstrEnd - pstrBegin + 1);\r
 242         if (uNameLength > uBytes - 1)\r
 243                 uNameLength = uBytes - 1;\r
 244         memcpy(szName, pstrBegin, uNameLength);\r
 245         szName[uNameLength] = 0;\r
 246         }\r
 247 \r
 248 char *strsave(const char *s)\r
 249         {\r
 250         char *ptrCopy = strdup(s);\r
 251         if (0 == ptrCopy)\r
 252                 Quit("Out of memory");\r
 253         return ptrCopy;\r
 254         }\r
 255 \r
 256 bool IsValidFloatChar(char c)\r
 257         {\r
 258         return isdigit(c) || '.' == c || 'e' == c || 'E' == c || 'd' == c ||\r
 259           'D' == c || '.' == c || '+' == c || '-' == c;\r
 260         }\r
 261 \r
 262 void Call_MY_ASSERT(const char *file, int line, bool b, const char *msg)\r
 263         {\r
 264         if (b)\r
 265                 return;\r
 266         Quit("%s(%d): MY_ASSERT(%s)", file, line, msg);\r
 267         }\r
 268 \r
 269 static size_t g_MemTotal;\r
 270 \r
 271 void MemPlus(size_t Bytes, char *Where)\r
 272         {\r
 273         g_MemTotal += Bytes;\r
 274         Log("+%10u  %6u  %6u  %s\n",\r
 275           (unsigned) Bytes,\r
 276           (unsigned) GetMemUseMB(),\r
 277           (unsigned) (g_MemTotal/1000000),\r
 278           Where);\r
 279         }\r
 280 \r
 281 void MemMinus(size_t Bytes, char *Where)\r
 282         {\r
 283         g_MemTotal -= Bytes;\r
 284         Log("-%10u  %6u  %6u  %s\n",\r
 285           (unsigned) Bytes,\r
 286           (unsigned) GetMemUseMB(),\r
 287           (unsigned) (g_MemTotal/1000000),\r
 288           Where);\r
 289         }\r