binaries/src/muscle/makerootmsab.cpp

   1 #include "muscle.h"\r
   2 #include "tree.h"\r
   3 #include "profile.h"\r
   4 #include "msa.h"\r
   5 #include "seqvect.h"\r
   6 #include "pwpath.h"\r
   7 \r
   8 static void DoSeq(Seq &s, unsigned uSeqIndex, const ProfPos *RootProf,\r
   9   unsigned uRootProfLength, MSA &msaOut)\r
  10         {\r
  11         MSA msaSeq;\r
  12         msaSeq.FromSeq(s);\r
  13         const unsigned uSeqLength = s.Length();\r
  14 \r
  15         MSA msaDummy;\r
  16         msaDummy.SetSize(1, uRootProfLength);\r
  17         msaDummy.SetSeqId(0, 0);\r
  18         msaDummy.SetSeqName(0, "Dummy0");\r
  19         for (unsigned uColIndex = 0; uColIndex < uRootProfLength; ++uColIndex)\r
  20                 msaDummy.SetChar(0, uColIndex, '?');\r
  21 \r
  22         ProfPos *SeqProf = ProfileFromMSA(msaSeq);\r
  23         for (unsigned uColIndex = 0; uColIndex < uSeqLength; ++uColIndex)\r
  24                 {\r
  25                 ProfPos &PP = SeqProf[uColIndex];\r
  26                 PP.m_scoreGapOpen = MINUS_INFINITY;\r
  27                 PP.m_scoreGapClose = MINUS_INFINITY;\r
  28                 }\r
  29 \r
  30         ProfPos *ProfOut;\r
  31         unsigned uLengthOut;\r
  32         PWPath Path;\r
  33         AlignTwoProfs(SeqProf, uSeqLength, 1.0, RootProf, uRootProfLength, 1.0,\r
  34           Path, &ProfOut, &uLengthOut);\r
  35         assert(uLengthOut = uRootProfLength);\r
  36         delete[] ProfOut;\r
  37 \r
  38         MSA msaCombined;\r
  39         AlignTwoMSAsGivenPath(Path, msaSeq, msaDummy, msaCombined);\r
  40 \r
  41         msaCombined.LogMe();\r
  42         msaOut.SetSeqName(uSeqIndex, s.GetName());\r
  43         msaOut.SetSeqId(uSeqIndex, s.GetId());\r
  44         for (unsigned uColIndex = 0; uColIndex < uRootProfLength; ++uColIndex)\r
  45                 msaOut.SetChar(uSeqIndex, uColIndex, msaCombined.GetChar(0, uColIndex));\r
  46         }\r
  47 \r
  48 // Steven Brenner's O(NL^2) proposal for creating a root alignment\r
  49 // Align each sequence to the profile at the root.\r
  50 // Compare the e-string solution, which is O(NL log N).\r
  51 void MakeRootMSABrenner(SeqVect &v, const Tree &GuideTree, ProgNode Nodes[],\r
  52   MSA &a)\r
  53         {\r
  54         const unsigned uSeqCount = v.Length();\r
  55         const unsigned uRootNodeIndex = GuideTree.GetRootNodeIndex();\r
  56         const ProfPos *RootProfile = Nodes[uRootNodeIndex].m_Prof;\r
  57         const unsigned uRootColCount = Nodes[uRootNodeIndex].m_uLength;\r
  58         a.SetSize(uSeqCount, uRootColCount);\r
  59 \r
  60         for (unsigned uSeqIndex = 0; uSeqIndex < uSeqCount; ++uSeqIndex)\r
  61                 DoSeq(*v[uSeqIndex], uSeqIndex, RootProfile, uRootColCount, a);\r
  62         }\r