binaries/src/muscle/maketree.cpp

   1 #include "muscle.h"\r
   2 #include "msa.h"\r
   3 #include "textfile.h"\r
   4 #include "tree.h"\r
   5 \r
   6 void DoMakeTree()\r
   7         {\r
   8         if (g_pstrInFileName == 0 || g_pstrOutFileName == 0)\r
   9                 Quit("-maketree requires -in <msa> and -out <treefile>");\r
  10 \r
  11         SetStartTime();\r
  12 \r
  13         SetSeqWeightMethod(g_SeqWeight1);\r
  14 \r
  15         TextFile MSAFile(g_pstrInFileName);\r
  16 \r
  17         MSA msa;\r
  18         msa.FromFile(MSAFile);\r
  19 \r
  20         unsigned uSeqCount = msa.GetSeqCount();\r
  21         MSA::SetIdCount(uSeqCount);\r
  22 \r
  23 // Initialize sequence ids.\r
  24 // From this point on, ids must somehow propogate from here.\r
  25         for (unsigned uSeqIndex = 0; uSeqIndex < uSeqCount; ++uSeqIndex)\r
  26                 msa.SetSeqId(uSeqIndex, uSeqIndex);\r
  27         SetMuscleInputMSA(msa);\r
  28 \r
  29         Progress("%u sequences", uSeqCount);\r
  30 \r
  31         Tree tree;\r
  32         TreeFromMSA(msa, tree, g_Cluster2, g_Distance2, g_Root2);\r
  33 \r
  34         TextFile TreeFile(g_pstrOutFileName, true);\r
  35         tree.ToFile(TreeFile);\r
  36 \r
  37         Progress("Tree created");\r
  38         }\r