binaries/src/muscle/nucmx.cpp

   1 #include "muscle.h"\r
   2 \r
   3 // BLASTZ default parameters\r
   4 // open 400, extend 30, matrix as below\r
   5 \r
   6 const float NUC_EXTEND = 30;\r
   7 const float NUC_SP_CENTER = 2*NUC_EXTEND;\r
   8 \r
   9 #define v(x)    ((float) x + NUC_SP_CENTER)\r
  10 #define ROW(A, C, G, T) \\r
  11         { v(A), v(C), v(G), v(T) },\r
  12 \r
  13 float NUC_SP[32][32] =\r
  14         {\r
  15 //         A        C        G        T\r
  16 ROW(      91,    -114,     -31,    -123) // A\r
  17 \r
  18 ROW(    -114,     100,    -125,     -31) // C\r
  19 \r
  20 ROW(     -31,    -125,     100,    -114) // G\r
  21 \r
  22 ROW(    -123,     -31,    -114,      91) // T\r
  23         };\r