binaries/src/muscle/objscore.cpp

   1 #include "muscle.h"\r
   2 #include "msa.h"\r
   3 #include "objscore.h"\r
   4 #include "profile.h"\r
   5 #include "timing.h"\r
   6 \r
   7 #if     TIMING\r
   8 TICKS g_ticksObjScore = 0;\r
   9 #endif\r
  10 \r
  11 SCORE ObjScore(const MSA &msa, const unsigned SeqIndexes1[],\r
  12   unsigned uSeqCount1, const unsigned SeqIndexes2[], unsigned uSeqCount2)\r
  13         {\r
  14 #if     TIMING\r
  15         TICKS t1 = GetClockTicks();\r
  16 #endif\r
  17         const unsigned uSeqCount = msa.GetSeqCount();\r
  18 \r
  19         OBJSCORE OS = g_ObjScore;\r
  20         if (g_ObjScore == OBJSCORE_SPM)\r
  21                 {\r
  22         if (uSeqCount <= 100)\r
  23                         OS = OBJSCORE_XP;\r
  24                 else\r
  25                         OS = OBJSCORE_SPF;\r
  26                 }\r
  27 \r
  28         MSA msa1;\r
  29         MSA msa2;\r
  30 \r
  31         switch (OS)\r
  32                 {\r
  33         case OBJSCORE_DP:\r
  34         case OBJSCORE_XP:\r
  35                 MSAFromSeqSubset(msa, SeqIndexes1, uSeqCount1, msa1);\r
  36                 MSAFromSeqSubset(msa, SeqIndexes2, uSeqCount2, msa2);\r
  37 \r
  38                 SetMSAWeightsMuscle(msa1);\r
  39                 SetMSAWeightsMuscle(msa2);\r
  40                 break;\r
  41 \r
  42         case OBJSCORE_SP:\r
  43         case OBJSCORE_SPF:\r
  44         case OBJSCORE_PS:\r
  45         // Yuck -- casting away const (design flaw)\r
  46                 SetMSAWeightsMuscle((MSA &) msa);\r
  47                 break;\r
  48                 }\r
  49 \r
  50         SCORE Score = 0;\r
  51         switch (OS)\r
  52                 {\r
  53         case OBJSCORE_SP:\r
  54                 Score = ObjScoreSP(msa);\r
  55                 break;\r
  56 \r
  57         case OBJSCORE_DP:\r
  58                 Score = ObjScoreDP(msa1, msa2);\r
  59                 break;\r
  60 \r
  61         case OBJSCORE_XP:\r
  62                 Score = ObjScoreXP(msa1, msa2);\r
  63                 break;\r
  64 \r
  65         case OBJSCORE_PS:\r
  66                 Score = ObjScorePS(msa);\r
  67                 break;\r
  68 \r
  69         case OBJSCORE_SPF:\r
  70                 Score = ObjScoreSPDimer(msa);\r
  71                 break;\r
  72         \r
  73         default:\r
  74                 Quit("Invalid g_ObjScore=%d", g_ObjScore);\r
  75                 }\r
  76 #if     TIMING\r
  77         TICKS t2 = GetClockTicks();\r
  78         g_ticksObjScore += (t2 - t1);\r
  79 #endif\r
  80         return Score;\r
  81         }\r
  82 \r
  83 SCORE ObjScoreIds(const MSA &msa, const unsigned Ids1[],\r
  84   unsigned uCount1, const unsigned Ids2[], unsigned uCount2)\r
  85         {\r
  86 #if     TIMING\r
  87         TICKS t1 = GetClockTicks();\r
  88 #endif\r
  89         unsigned *SeqIndexes1 = new unsigned[uCount1];\r
  90         unsigned *SeqIndexes2 = new unsigned[uCount2];\r
  91 \r
  92         for (unsigned n = 0; n < uCount1; ++n)\r
  93                 SeqIndexes1[n] = msa.GetSeqIndex(Ids1[n]);\r
  94 \r
  95         for (unsigned n = 0; n < uCount2; ++n)\r
  96                 SeqIndexes2[n] = msa.GetSeqIndex(Ids2[n]);\r
  97 \r
  98 #if DOUBLE_AFFINE\r
  99         extern SCORE ObjScoreDA(const MSA &msa, SCORE *ptrLetters, SCORE *ptrGaps);\r
 100         SCORE Letters, Gaps;\r
 101         SCORE dObjScore = ObjScoreDA(msa, &Letters, &Gaps);\r
 102 \r
 103         delete[] SeqIndexes1;\r
 104         delete[] SeqIndexes2;\r
 105 #else\r
 106         SCORE dObjScore = ObjScore(msa, SeqIndexes1, uCount1, SeqIndexes2, uCount2);\r
 107 #endif\r
 108 #if     TIMING\r
 109         TICKS t2 = GetClockTicks();\r
 110         g_ticksObjScore += (t2 - t1);\r
 111 #endif\r
 112         return dObjScore;\r
 113         }\r