binaries/src/muscle/objscore.h

   1 #ifndef ObjScore_h\r
   2 #define ObjScore_h\r
   3 \r
   4 SCORE ScoreSeqPairGaps(const MSA &msa1, unsigned uSeqIndex1,\r
   5   const MSA &msa2, unsigned uSeqIndex2);\r
   6 SCORE ScoreSeqPairLetters(const MSA &msa1, unsigned uSeqIndex1,\r
   7   const MSA &msa2, unsigned uSeqIndex2);\r
   8 SCORE ScoreGaps(const MSA &msa, const unsigned Cols[], unsigned ColCount);\r
   9 \r
  10 SCORE ObjScore(const MSA &msa, const unsigned SeqIndexes1[],\r
  11   unsigned uSeqCount1, const unsigned SeqIndexes2[], unsigned uSeqCount2);\r
  12 \r
  13 SCORE ObjScoreIds(const MSA &msa, const unsigned Ids1[],\r
  14   unsigned uCount1, const unsigned Ids2[], unsigned uCount2);\r
  15 \r
  16 void GetLetterScores(const MSA &msa, SCORE LetterScores[]);\r
  17 \r
  18 SCORE ObjScoreDP(const MSA &msa1, const MSA &msa2, SCORE MatchScore[] = 0);\r
  19 SCORE ObjScorePS(const MSA &msa, SCORE MatchScore[] = 0);\r
  20 SCORE ObjScoreSP(const MSA &msa, SCORE MatchScore[] = 0);\r
  21 SCORE ObjScoreXP(const MSA &msa, const MSA &msa2);\r
  22 SCORE ObjScoreSPDimer(const MSA &msa);\r
  23 SCORE ObjScoreDP_Profs(const ProfPos *PA, const ProfPos *PB, unsigned uColCount,\r
  24   SCORE MatchScore[] = 0);\r
  25 \r
  26 SCORE DiffObjScore(\r
  27   const MSA &msa1, const PWPath &Path1, const unsigned Edges1[], unsigned uEdgeCount1, \r
  28   const MSA &msa2, const PWPath &Path2, const unsigned Edges2[], unsigned uEdgeCount2);\r
  29 \r
  30 #endif // ObjScore_h\r