binaries/src/muscle/params.h

   1 #ifndef params_h\r
   2 #define params_h\r
   3 \r
   4 extern const char *g_pstrInFileName;\r
   5 extern const char *g_pstrOutFileName;\r
   6 \r
   7 extern const char *g_pstrFASTAOutFileName;\r
   8 extern const char *g_pstrMSFOutFileName;\r
   9 extern const char *g_pstrClwOutFileName;\r
  10 extern const char *g_pstrClwStrictOutFileName;\r
  11 extern const char *g_pstrHTMLOutFileName;\r
  12 extern const char *g_pstrPHYIOutFileName;\r
  13 extern const char *g_pstrPHYSOutFileName;\r
  14 extern const char *g_pstrDistMxFileName1;\r
  15 extern const char *g_pstrDistMxFileName2;\r
  16 \r
  17 extern const char *g_pstrFileName1;\r
  18 extern const char *g_pstrFileName2;\r
  19 \r
  20 extern const char *g_pstrSPFileName;\r
  21 extern const char *g_pstrMatrixFileName;\r
  22 \r
  23 extern const char *g_pstrUseTreeFileName;\r
  24 extern bool g_bUseTreeNoWarn;\r
  25 \r
  26 extern const char *g_pstrComputeWeightsFileName;\r
  27 extern const char *g_pstrScoreFileName;\r
  28 \r
  29 extern SCORE g_scoreGapOpen;\r
  30 extern SCORE g_scoreCenter;\r
  31 extern SCORE g_scoreGapExtend;\r
  32 extern SCORE g_scoreGapAmbig;\r
  33 \r
  34 #if     DOUBLE_AFFINE\r
  35 extern SCORE g_scoreGapOpen2;\r
  36 extern SCORE g_scoreGapExtend2;\r
  37 #endif\r
  38 \r
  39 extern unsigned g_uSmoothWindowLength;\r
  40 extern unsigned g_uAnchorSpacing;\r
  41 extern unsigned g_uMaxTreeRefineIters;\r
  42 \r
  43 extern unsigned g_uMinDiagLength;\r
  44 extern unsigned g_uMaxDiagBreak;\r
  45 extern unsigned g_uDiagMargin;\r
  46 \r
  47 extern unsigned g_uRefineWindow;\r
  48 extern unsigned g_uWindowFrom;\r
  49 extern unsigned g_uWindowTo;\r
  50 extern unsigned g_uSaveWindow;\r
  51 extern unsigned g_uWindowOffset;\r
  52 \r
  53 extern unsigned g_uMaxSubFamCount;\r
  54 \r
  55 extern unsigned g_uHydrophobicRunLength;\r
  56 extern float g_dHydroFactor;\r
  57 \r
  58 extern float g_dSmoothScoreCeil;\r
  59 extern float g_dMinBestColScore;\r
  60 extern float g_dMinSmoothScore;\r
  61 extern float g_dSUEFF;\r
  62 \r
  63 extern bool g_bPrecompiledCenter;\r
  64 extern bool g_bNormalizeCounts;\r
  65 extern bool g_bDiags1;\r
  66 extern bool g_bDiags2;\r
  67 extern bool g_bDiags;\r
  68 extern bool g_bAnchors;\r
  69 extern bool g_bCatchExceptions;\r
  70 \r
  71 extern bool g_bMSF;\r
  72 extern bool g_bAln;\r
  73 extern bool g_bClwStrict;\r
  74 extern bool g_bHTML;\r
  75 extern bool g_bPHYI;\r
  76 extern bool g_bPHYS;\r
  77 \r
  78 extern bool g_bQuiet;\r
  79 extern bool g_bVerbose;\r
  80 extern bool g_bRefine;\r
  81 extern bool g_bRefineW;\r
  82 extern bool g_bRefineX;\r
  83 extern bool g_bLow;\r
  84 extern bool g_bSW;\r
  85 extern bool g_bClusterOnly;\r
  86 extern bool g_bProfile;\r
  87 extern bool g_bProfDB;\r
  88 extern bool g_bPPScore;\r
  89 extern bool g_bBrenner;\r
  90 extern bool g_bDimer;\r
  91 extern bool g_bVersion;\r
  92 extern bool g_bStable;\r
  93 extern bool g_bFASTA;\r
  94 extern bool g_bPAS;\r
  95 extern bool g_bTomHydro;\r
  96 extern bool g_bMakeTree;\r
  97 \r
  98 extern PPSCORE g_PPScore;\r
  99 extern OBJSCORE g_ObjScore;\r
 100 \r
 101 extern DISTANCE g_Distance1;\r
 102 extern CLUSTER g_Cluster1;\r
 103 extern ROOT g_Root1;\r
 104 extern SEQWEIGHT g_SeqWeight1;\r
 105 \r
 106 extern DISTANCE g_Distance2;\r
 107 extern CLUSTER g_Cluster2;\r
 108 extern ROOT g_Root2;\r
 109 extern SEQWEIGHT g_SeqWeight2;\r
 110 \r
 111 extern unsigned g_uMaxIters;\r
 112 extern unsigned long g_ulMaxSecs;\r
 113 extern unsigned g_uMaxMB;\r
 114 \r
 115 extern SEQTYPE g_SeqType;\r
 116 extern TERMGAPS g_TermGaps;\r
 117 \r
 118 #endif // params_h\r