binaries/src/muscle/profdb.cpp

   1 #include "muscle.h"\r
   2 #include "textfile.h"\r
   3 #include "seqvect.h"\r
   4 #include "distfunc.h"\r
   5 #include "msa.h"\r
   6 #include "tree.h"\r
   7 #include "clust.h"\r
   8 #include "profile.h"\r
   9 #include "clustsetmsa.h"\r
  10 \r
  11 void ProfDB()\r
  12         {\r
  13         SetOutputFileName(g_pstrOutFileName);\r
  14         SetInputFileName(g_pstrFileName2);\r
  15         SetStartTime();\r
  16 \r
  17         TextFile file1(g_pstrFileName1);\r
  18         TextFile file2(g_pstrFileName2);\r
  19 \r
  20         SetMaxIters(g_uMaxIters);\r
  21         SetSeqWeightMethod(g_SeqWeight1);\r
  22 \r
  23         TextFile fileIn(g_pstrFileName1);\r
  24         MSA msa1;\r
  25         msa1.FromFile(fileIn);\r
  26 \r
  27         const unsigned uSeqCount1 = msa1.GetSeqCount();\r
  28         if (0 == uSeqCount1)\r
  29                 Quit("No sequences in input alignment");\r
  30 \r
  31         SeqVect v;\r
  32         v.FromFASTAFile(file2);\r
  33         const unsigned uSeqCount2 = v.Length();\r
  34         if (0 == uSeqCount2)\r
  35                 Quit("No sequences in input alignment");\r
  36 \r
  37         MSA::SetIdCount(uSeqCount1 + uSeqCount2);\r
  38         SetProgressDesc("Align sequence database to profile");\r
  39         for (unsigned uSeqIndex = 0; uSeqIndex < uSeqCount2; ++uSeqIndex)\r
  40                 {\r
  41                 Progress(uSeqIndex, uSeqCount2);\r
  42                 Seq &s = *(v[uSeqIndex]);\r
  43                 s.SetId(0);\r
  44                 MSA msaTmp;\r
  45                 msaTmp.FromSeq(s);\r
  46                 MSA msaOut;\r
  47                 ProfileProfile(msa1, msaTmp, msaOut);\r
  48                 msa1.Copy(msaOut);\r
  49                 }\r
  50         ProgressStepsDone();\r
  51 \r
  52         TextFile fileOut(g_pstrOutFileName, true);\r
  53         msa1.ToFile(fileOut);\r
  54         }\r