binaries/src/muscle/seq.h

   1 #ifndef Seq_h\r
   2 #define Seq_h\r
   3 \r
   4 #include <vector>\r
   5 \r
   6 class TextFile;\r
   7 class MSA;\r
   8 \r
   9 typedef std::vector<char> CharVect;\r
  10 \r
  11 class Seq : public CharVect\r
  12         {\r
  13 public:\r
  14         Seq()\r
  15                 {\r
  16                 m_ptrName = 0;\r
  17         // Start with moderate size to avoid\r
  18         // thrashing the heap.\r
  19                 reserve(200);\r
  20                 }\r
  21         virtual ~Seq()\r
  22                 {\r
  23                 delete[] m_ptrName;\r
  24                 }\r
  25 \r
  26 private:\r
  27 // Not implemented; prevent use of copy c'tor and assignment.\r
  28         Seq(const Seq &);\r
  29         Seq &operator=(const Seq &);\r
  30 \r
  31 public:\r
  32         void Clear()\r
  33                 {\r
  34                 clear();\r
  35                 delete[] m_ptrName;\r
  36                 m_ptrName = 0;\r
  37                 m_uId = uInsane;\r
  38                 }\r
  39         const char *GetName() const\r
  40                 {\r
  41                 return m_ptrName;\r
  42                 }\r
  43         unsigned GetId() const\r
  44                 {\r
  45                 if (uInsane == m_uId)\r
  46                         Quit("Seq::GetId, id not set");\r
  47                 return m_uId;\r
  48                 }\r
  49         void SetId(unsigned uId) { m_uId = uId; }\r
  50 \r
  51         bool FromFASTAFile(TextFile &File);\r
  52         void ToFASTAFile(TextFile &File) const;\r
  53         void ExtractUngapped(MSA &msa) const;\r
  54 \r
  55         void FromString(const char *pstrSeq, const char *pstrName);\r
  56         void Copy(const Seq &rhs);\r
  57         void CopyReversed(const Seq &rhs);\r
  58         void StripGaps();\r
  59         void StripGapsAndWhitespace();\r
  60         void ToUpper();\r
  61         void SetName(const char *ptrName);\r
  62         unsigned GetLetter(unsigned uIndex) const;\r
  63         unsigned Length() const { return (unsigned) size(); }\r
  64         bool Eq(const Seq &s) const;\r
  65         bool EqIgnoreCase(const Seq &s) const;\r
  66         bool EqIgnoreCaseAndGaps(const Seq &s) const;\r
  67         bool HasGap() const;\r
  68         unsigned GetUngappedLength() const;\r
  69         void LogMe() const;\r
  70         char GetChar(unsigned uIndex) const { return operator[](uIndex); }\r
  71         void SetChar(unsigned uIndex, char c) { operator[](uIndex) = c; }\r
  72         void AppendChar(char c) { push_back(c); }\r
  73         void FixAlpha();\r
  74 \r
  75 #ifndef _WIN32\r
  76         reference at(size_type i) { return operator[](i); }\r
  77         const_reference at(size_type i) const { return operator[](i); }\r
  78 #endif\r
  79 \r
  80 private:\r
  81         char *m_ptrName;\r
  82         unsigned m_uId;\r
  83         };\r
  84 \r
  85 #endif  // Seq.h\r