binaries/src/muscle/stabilize.cpp

   1 #include "muscle.h"\r
   2 #include "msa.h"\r
   3 \r
   4 void Stabilize(const MSA &msa, MSA &msaStable)\r
   5         {\r
   6         const unsigned uSeqCount = msa.GetSeqCount();\r
   7         const unsigned uColCount = msa.GetColCount();\r
   8 \r
   9         msaStable.SetSize(uSeqCount, uColCount);\r
  10         for (unsigned uId = 0; uId < uSeqCount; ++uId)\r
  11                 {\r
  12                 const unsigned uSeqIndex = msa.GetSeqIndex(uId);\r
  13                 msaStable.SetSeqName(uId, msa.GetSeqName(uSeqIndex));\r
  14                 msaStable.SetSeqId(uSeqIndex, uId);\r
  15                 for (unsigned uColIndex = 0; uColIndex < uColCount; ++uColIndex)\r
  16                         {\r
  17                         const char c = msa.GetChar(uSeqIndex, uColIndex);\r
  18                         msaStable.SetChar(uId, uColIndex, c);\r
  19                         }\r
  20                 }\r
  21         }\r