binaries/src/muscle/types.h

   1 #ifndef types_h\r
   2 #define types_h\r
   3 \r
   4 typedef unsigned char byte;\r
   5 typedef unsigned short ushort;\r
   6 \r
   7 typedef float SCOREMATRIX[32][32];\r
   8 typedef SCOREMATRIX *PTR_SCOREMATRIX;\r
   9 \r
  10 class MSA;\r
  11 class Seq;\r
  12 class ClusterTree;\r
  13 class DistFunc;\r
  14 class TextFile;\r
  15 class PWPath;\r
  16 class Tree;\r
  17 class SeqVect;\r
  18 class DistCalc;\r
  19 \r
  20 struct ProgNode;\r
  21 struct ProfPos;\r
  22 \r
  23 #if     SINGLE_AFFINE\r
  24 // Compress M, D and I trace-back matrices into 4 bits\r
  25 enum\r
  26         {\r
  27         BIT_MM = 0x00,\r
  28         BIT_DM = 0x01,\r
  29         BIT_IM = 0x02,\r
  30         BIT_xM = 0x03,\r
  31 \r
  32         BIT_DD = 0x00,\r
  33         BIT_MD = 0x04,\r
  34         //  ID not allowed\r
  35         BIT_xD = 0x04,\r
  36 \r
  37         BIT_II = 0x00,\r
  38         BIT_MI = 0x08,\r
  39         //  DI not allowed\r
  40         BIT_xI = 0x08,\r
  41         };\r
  42 \r
  43 #endif\r
  44 \r
  45 #if     DOUBLE_AFFINE\r
  46 // Compress M, D, E, I and J trace-back matrices into 7 bits\r
  47 enum\r
  48         {\r
  49         BIT_MM = 0x00,\r
  50         BIT_DM = 0x01,\r
  51         BIT_EM = 0x02,\r
  52         BIT_IM = 0x03,\r
  53         BIT_JM = 0x04,\r
  54         BIT_xM = 0x07,\r
  55 \r
  56         BIT_DD = 0x00,\r
  57         BIT_MD = 0x08,\r
  58         // [EIJ]D not sallowed\r
  59         BIT_xD = 0x08,\r
  60 \r
  61         BIT_EE = 0x00,\r
  62         BIT_ME = 0x10,\r
  63         //  [DDJ]E not allowed\r
  64         BIT_xE = 0x10,\r
  65 \r
  66         BIT_II = 0x00,\r
  67         BIT_MI = 0x20,\r
  68         //  [EDJ]I not allowed\r
  69         BIT_xI = 0x20,\r
  70 \r
  71         BIT_JJ = 0x00,\r
  72         BIT_MJ = 0x40,\r
  73         //  [EDI]J not allowed\r
  74         BIT_xJ = 0x40,\r
  75         };\r
  76 #endif\r
  77 \r
  78 enum EXIT\r
  79         {\r
  80         EXIT_Success = 0,\r
  81         EXIT_NotStarted = 1,\r
  82         EXIT_FatalError = 2,\r
  83         EXIT_Except = 3,\r
  84         };\r
  85 \r
  86 enum NODECMP\r
  87         {\r
  88         NODECMP_Undefined = 0,\r
  89         NODECMP_Same = 0,               // equivalent to node in old tree\r
  90         NODECMP_Diff = 1,               // equivalent & parent is changed\r
  91         NODECMP_Changed = 2             // no equivalent node in old tree\r
  92         };\r
  93 \r
  94 // Declare enums using macro hacks (see enums.h).\r
  95 #define s(t)    enum t { t##_Undefined = 0,\r
  96 #define c(t, x) t##_##x,\r
  97 #define e(t)    };\r
  98 #include "enums.h"\r
  99 \r
 100 // Declare conversion function XXXToStr(XXX x)\r
 101 // for each enum type XXX.\r
 102 #define s(t)    const char *t##ToStr(t x);\r
 103 #define c(t, x) /* empty */\r
 104 #define e(t)    /* empty */\r
 105 #include "enums.h"\r
 106 \r
 107 // Declare conversion function StrToXXX(const char *Str)\r
 108 // for each enum type XXX.\r
 109 #define s(t)    t StrTo##t(const char *Str);\r
 110 #define c(t, x) /* empty */\r
 111 #define e(t)    /* empty */\r
 112 #include "enums.h"\r
 113 \r
 114 const char *BoolToStr(bool b);\r
 115 const char *SecsToStr(unsigned long Secs);\r
 116 \r
 117 #endif // types_h\r