binaries/src/probcons/OPTIONS.TXT

   1 Usage:
   2        probcons [OPTION]... [MFAFILE]...
   3
   4 Description:
   5        Align sequences in MFAFILE(s) and print result to standard output
   6
   7        -clustalw
   8               use CLUSTALW output format instead of MFA
   9
  10        -c, --consistency REPS
  11               use 0 <= REPS <= 5 (default: 2) passes of consistency transformation
  12
  13        -ir, --iterative-refinement REPS
  14               use 0 <= REPS <= 1000 (default: 100) passes of iterative-refinement
  15
  16        -pre, --pre-training REPS
  17               use 0 <= REPS <= 20 (default: 0) rounds of pretraining
  18
  19        -pairs
  20               generate all-pairs pairwise alignments
  21
  22        -viterbi
  23               use Viterbi algorithm to generate all pairs (automatically enables -pairs)
  24
  25        -v, --verbose
  26               report progress while aligning (default: off)
  27
  28        -annot FILENAME
  29               write annotation for multiple alignment to FILENAME
  30
  31        -t, --train FILENAME
  32               compute EM transition probabilities, store in FILENAME (default: no training)
  33
  34        -e, --emissions
  35               also reestimate emission probabilities (default: off)
  36
  37        -p, --paramfile FILENAME
  38               read parameters from FILENAME (default: )
  39
  40        -a, --alignment-order
  41               print sequences in alignment order rather than input order (default: off)
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