binaries/src/tcoffee/t_coffee_source/define_header.h

   1 /*DEBUGGING*/
   2 /*#include "mshell.h"*/
   3 /*MEMORY MANAGEMENT*/
   4 #include <float.h>
   5 #define MY_EPS 1000*DBL_EPSILON
   6 //Maximum number of tries for interactibve things
   7 #define MAX_N_TRIES 3
   8
   9 //Maximum CACHE and Temporary file size and age (Mb and days, 0: unlimited)
  10 #define TMP_MAX_SIZE  0
  11 #define TMP_MAX_KEEP  10
  12 #define CACHE_MAX_SIZE  2000
  13 #define CACHE_MAX_KEEP  180
  14 #define MAX_N_PID       65536
  15 //Importnat Values Affecting the Program Behavior
  16 #define SCORE_K          10
  17 #define NORM_F           1000
  18 #define PAVIE_MAT_FACTOR 1000
  19 #define MAXID            100
  20 #define CLEAN_FUNCTION   NULL
  21 #define MINSIM_4_TCOFFEE 25 //The minimum similarity between a sequence and its PDB template
  22 #define MINCOV_4_TCOFFEE 25 //The minimum similarity between a sequence and its PDB template
  23
  24
  25 #define TRACE_TYPE       int
  26 #define MAX_LEN_FOR_DP   600
  27
  28
  29 #define GIVE_MEMORY_BACK 0
  30 #define MEMSET0   1
  31 #define NO_MEMSET0 0
  32 /*OUTPUT DEFINITIONS*/
  33 #define  NO_COLOR_RESIDUE 127
  34 #define  NO_COLOR_GAP 126
  35 #define  CLOSE_HTML_SPAN -1
  36 /*SPECIAL_CODES*/
  37 #define GAP_CODE 60
  38 /*TYPE DEFINITIONS*/
  39
  40 //Formats
  41 #define BLAST_XML 100
  42 #define BLAST_TXT 101
  43
  44 /*SWITCHES*/
  45
  46
  47 #define USED 1
  48 #define UNUSED 2
  49
  50
  51 #define TEMPLATES 1
  52 #define NOTEMPLATES 0
  53
  54 #define EXTEND 1
  55 #define RESIZE 2
  56
  57 #define SEN                0
  58 #define SPE                1
  59 #define REC                2
  60 #define SEN2              2
  61
  62 #define ALL               1
  63 #define SEGMENTS          2
  64 #define DIAGONALS         3
  65
  66 #define START_STATE       0
  67 #define END_STATE         1
  68
  69 #define KEEP_CASE         2 /*Hard set in several places*/
  70 #define LOWER_CASE        0
  71 #define UPPER_CASE        1
  72 #define CHANGE_CASE       3
  73 #define KEEP_GAP          0
  74 #define RM_GAP            1
  75
  76 #define KEEP_NAME         1
  77
  78 #define CHECK             0
  79 #define NO_CHECK          1
  80 #define FORCE             2
  81 #define STORE             3
  82 #define FLUSH             4
  83
  84
  85 #define ON                8
  86 #define OFF               9
  87 #define LOCKED_ON         10
  88 #define LOCKED_OFF        11
  89
  90 #define YES               12
  91 #define NO                13
  92 #define MAYBE             14
  93
  94 #define NEVER             15
  95 #define ALWAYS            16
  96 #define SOMETIMES         17
  97
  98 #define UPPER             18
  99 #define LOWER             19
 100 #define DELETE            20
 101 #define SWITCHCASE        21
 102
 103 #define VECTOR            22
 104 #define NON_VECTOR        23
 105 #define NON_PROFILE       24
 106 #define BOOTSTRAP         25
 107
 108 #define HEADER            26
 109 #define NO_HEADER         27
 110
 111 #define VERY_VERBOSE      28
 112 #define VERBOSE           29
 113 #define SHORT             30
 114 #define VERY_SHORT        31
 115
 116 #define OVERLAP           32
 117 #define NO_OVERLAP        33
 118
 119 #define PRINT             34
 120 #define NO_PRINT          35
 121
 122 #define FREE_ALN              36
 123 #define DECLARE_ALN           37
 124 #define EXTRACT_ALN           38
 125 #define CLEAN                 39
 126 #define INTERACTIVE           40
 127 #define NON_INTERACTIVE       41
 128 #define PAD                   42
 129 #define NO_PAD                43
 130
 131 #define SET               44
 132 #define UNSET             45
 133 #define RESET             48
 134 #define ISSET             49
 135 #define GET               50
 136
 137 #define ENV               52
 138
 139 #define GOP               0
 140 #define GCP               1
 141 #define GEP               2
 142
 143 #define BOTTOM             0
 144 #define TOP                1
 145
 146 #define FORWARD            -1
 147 #define BACKWARD            1
 148
 149 #define GO_LEFT            -1
 150 #define GO_RIGHT            1
 151
 152 #define LOCAL            1
 153 #define GLOBAL           2
 154 #define LALIGN           3
 155 #define MOCCA            4
 156
 157 #define TRUE             1
 158 #define FALSE            0
 159
 160 #define NEW              1
 161 #define OLD              0
 162
 163 #define RANDOM           0
 164 #define DETERMINISTIC    1
 165
 166 #define GREEDY           1
 167 #define NON_GREEDY       0
 168
 169 #define IS_FATAL         1
 170 #define IS_NOT_FATAL     0
 171 #define NO_REPORT        2
 172 #define INSTALL          3
 173 #define INSTALL_OR_DIE   4
 174
 175 #define OPTIONAL         1
 176 #define NON_OPTIONAL     0
 177
 178 #define GV_MAXIMISE      1
 179 #define GV_MINIMISE      0
 180
 181 #define MAXIMISE      1
 182 #define MINIMISE      0
 183
 184 #define ALLOWED          0
 185 #define FORBIDEN         -99999999
 186 #define END_ARRAY        -99999990
 187 #define SOFT_COPY 1
 188 #define HARD_COPY 2
 189
 190 #define VERY_SLOW 0
 191 #define SLOW 1
 192 #define FAST 2
 193 #define VERY_FAST 3
 194 #define SUPER_FAST 4
 195 #define ULTRA_FAST 5
 196
 197 #define CODE 1
 198 #define DECODE 2
 199 #define CODELIST 3
 200
 201 /*Identity measure*/
 202 #define UNGAPED_POSITIONS 1
 203 #define ALIGNED_POSITIONS 2
 204 #define AVERAGE_POSITIONS 3
 205 #define NOMATRIX         NULL
 206 #define NOGROUP          NULL
 207 #define NOALN            NULL
 208
 209 /*SIZE DEFINITIONS*/
 210 #define SIZE_OF_INT      10
 211 #define UNDEFINED        FORBIDEN
 212 #define UNDEFINED_INT    UNDEFINED
 213 #define UNDEFINED_FLOAT  UNDEFINED
 214 #define UNDEFINED_DOUBLE UNDEFINED
 215 #define UNDEFINED_CHAR   125
 216 #define UNDEFINED_SHORT  -125
 217 #define UNDEFINED_2      0
 218 #define UNDEFINED_RESIDUE '>'
 219
 220
 221
 222 #define FACTOR           1
 223 #define MAX_N_SEQ        1
 224 #define MAX_N_ALN        1
 225 #define MAX_LEN_ALN      1
 226 #define MAX_N_LIST       100
 227
 228 #define COMMENT_SIZE     1000
 229 #define MAXNAMES         100
 230 #define FILENAMELEN      500            /* Max. file name length */
 231 #define MAX_N_PARAM      2000
 232 #define MAX_PARAM_LEN    200
 233 #define MAX_LINE_LENGTH  10000
 234 #define ALN_LINE_LENGTH  60
 235 #define SHORT_STRING     10
 236 #define STRING           300
 237 #define LONG_STRING      1000
 238 #define VERY_LONG_STRING 10000
 239
 240 #define AA_ALPHABET            "acdefghiklmnpqrstvwy-ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY"
 241 #define DNA_ALPHABET           "AGCTUNRYMKSWHBVD-agctunrymkswhbvd"
 242 #define RNAONLY_ALPHABET       "Uu"
 243 #define BLAST_AA_ALPHABET      "arndcqeghilkmfpstwyvbzx*"
 244 #define NAMES_ALPHABET         "1234567890ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZabcdefghijklmnopqrstuvwxyz_|�-!%@&#-+=."
 245
 246 #define SIZEOF_AA_MAT   60
 247 #define GAP_LIST         "-.#*~"
 248 #define SSPACE           "   "
 249
 250 #define MATCH            1
 251 #define UNALIGNED        2
 252 #define GAP              3
 253
 254 #define MNE 3
 255 #define CODE4PROTEINS  10
 256 #define CODE4DNA       20
 257
 258 #define STOCKHOLM_CHAR 'z'
 259 #define STOCKHOLM_STRING "z"
 260
 261
 262 /*CODE SHORT CUTS*/
 263
 264 /*1-COMMAND LINE PROCESSING*/
 265 #define GET_COMMAND_LINE_INFO ((strncmp ( argv[1], "-h",2)==0)||(strncmp ( argv[1], "-man",4)==0)||(strncmp ( argv[1], "-",1)!=0))
 266 #define NEXT_ARG_IS_FLAG ((argc<=(a+1)) ||(( argv[a+1][0]=='-') && !(is_number(argv[a+1]))))
 267
 268
 269 /*UTIL MACROS*/
 270 #define BORDER(p1,l1,p2,l2) ((p1==0 || p2==0 || p1==l1 || p2==l2)?1:0)
 271 #define GET_CASE(f,c) ((f==UPPER_CASE)?toupper(c):((f==LOWER_CASE)?tolower(c):c))
 272
 273 #define SWAP(x,y) {x=x+y;y=x+y; x=y-x; y=y-2*x;}
 274 #define SWAPP(x,y,tp) {tp=y;y=x;x=tp;}
 275
 276 #define MAX(x, y) (((x) >(y)) ? (x):(y))
 277 #define MAX2(x, y) (((x) >(y)) ? (x):(y))
 278 #define MAX3(x,y,z) (MAX(MAX(x,y),z))
 279 #define MAX4(a,b,c,d) (MAX(MAX(a,b),MAX(c,d)))
 280 #define MAX5(a,b,c,d,e) (MAX2((MAX3(a,b,c)),(MAX2(d,e))))
 281 #define MAX6(a,b,c,d,e,f) (MAX2((MAX3(a,b,c)),(MAX3(c,d,e))))
 282
 283 #define MIN(x, y) (((x) <(y)) ? (x):(y))
 284 #define FABS(x) ((x<0)?(-x):(x))
 285 #define is_defined(x) ((x==UNDEFINED)?0:1)
 286 #define a_better_than_b(x,y,m) ((m==1)?(((x)>(y))?1:0):(((x)<(y))?1:0))
 287 #define is_in_range(x,min,max) ((x>=min && x<=max)?1:0)
 288 /*#define bod_a_b(x,y,m)   ((m==1)?(MAX((x),(y))):(MIN((x),(y))))
 289 #define bo_a_b(x,y,m)    ((x==UNEFINED)?y:((y==UNDEFINED)?x:bod_a_b(y,y,m)))
 290 #define best_of_a_b(x,y,m)   ((x==UNDEFINED && y==UNDEFINED)?(UNDEFINED):(bo_a_b(x,y,m)))
 291 */
 292
 293
 294 #define DIE(x)  HERE(x);exit(0);
 295 #define best_of_a_b(x,y,m) ((m==1)?(MAX((x),(y))):(MIN((x),(y))))
 296
 297 #define strm(x,y)            ((vstrcmp((x),(y))==0)?1:0)
 298 #define strnm(x,y,n)           ((vstrncmp((x),(y),(n))==0)?1:0)
 299 #define strm2(a,b,c)         (strm(a,b) || strm(a,c))
 300 #define strm3(a,b,c,d)       (strm2(a,b,c) || strm(a,d))
 301 #define strm4(a,b,c,d,e)     (strm2(a,b,c) || strm2(a,d,e))
 302 #define strm5(a,b,c,d,e,f)   (strm2(a,b,c) || strm3(a,d,e,f))
 303 #define strm6(a,b,c,d,e,f,g) (strm3(a,b,c,d) || strm3(a,e,f,g))
 304 #define declare_name(x) (x=vcalloc (MAX(FILENAMELEN,L_tmpnam)+1, sizeof (char)))
 305 #define is_parameter(x) (x[0]=='-' && !isdigit(x[1]))
 306
 307 /*Freing functions*/
 308 #define free_2(a, b)            free(a);free(b)
 309 #define free_1(a)               free(a)
 310 #define free_3(a, b, c)         free_2(a,b);free_1(c)
 311 #define free_4(a, b, c,d)       free_2(a,b);free_2(c,d)
 312 #define free_5(a, b, c,d,e)     free_3(a,b,e);free_2(c,d)
 313 #define free_6(a, b, c,d,e,f)   free_3(a,b,e);free_3(c,d,f)
 314 #define free_7(a, b, c,d,e,f,g) free_3(a,b,e);free_4(c,d,f,g)
 315 /*2-FILE PARSING*/
 316 #define SEPARATORS "\n \t,;"
 317 #define LINE_SEPARATOR "\n#TC_LINE_SEPARATOR\n"
 318 #define TC_REC_SEPARATOR "#### TC REC SEPARATOR ###"
 319
 320 /*END 1-*/
 321
 322
 323 /*WIDOWS/UNIX DISTINCTIONS
 324 #if defined(_WIN32) || defined(__WIN32__) ||  defined(__WINDOWS__) || defined(__MSDOS__) || defined(__DOS__) || defined(__NT__) || defined(__WIN32__)
 325 #define WIN32
 326 #define TO_NULL_DEVICE " >nul"
 327 #define    NULL_DEVICE "nul"
 328 #define CWF "/"
 329 #else
 330 #define TO_NULL_DEVICE " >/dev/null 2>&1"
 331 #define    NULL_DEVICE "/dev/null"
 332 */
 333
 334 #if defined(_WIN32) || defined(__WIN32__) ||  defined(__WINDOWS__) || defined(__MSDOS__) || defined(__DOS__) || defined(__NT__) || defined(__WIN32__)
 335 #define WIN32
 336 #define TO_NULL_DEVICE " >>t_coffee.log"
 337 #define    NULL_DEVICE "t_coffee.log"
 338 #define CWF "/" /*ClustalW Flag*/
 339 #else
 340 #define TO_NULL_DEVICE " >>/dev/null 2>&1"
 341 #define    NULL_DEVICE "/dev/null"
 342
 343
 344 #define CWF "-" /*ClustaW Flag*/
 345 #endif
 346
 347 /*Generic Data*/
 348 #define EMAIL "cedric.notredame@europe.com"
 349 #define URL "http://www.tcoffee.org"
 350
 351 #define PERL_HEADER "#!/usr/bin/env perl"
 352
 353 //Optimize the Score Computation in DP
 354 #define TC_SCORE_2(x,y) (SCORE_K*CL->M[Aln->seq_al[l_s[0][0]][x]-'A'][Aln->seq_al[l_s[1][0]][y]-'A']-SCORE_K*CL->nomatch)
 355 #define TC_SCORE_N(x,y) ((CL->get_dp_cost)(Aln, pos, ns[0], l_s[0], x, pos, ns[1], l_s[1], y, CL))
 356 #define TC_SCORE(x,y)  ((CL->get_dp_cost==slow_get_dp_cost && CL->evaluate_residue_pair==evaluate_matrix_score && ns[0]+ns[1]==2 && x>=0 && j>=0)? (TC_SCORE_2(x,y)):(TC_SCORE_N(x,y)))
 357
 358 #define NULL_2 NULL,NULL
 359 #define NULL_3 NULL_2,NULL
 360 #define NULL_4 NULL_2,NULL_2
 361 #define NULL_5 NULL_3,NULL_2
 362 #define NULL_6 NULL_4,NULL_2
 363 #define NULL_7 NULL_5,NULL_2
 364 /*               PROGRAM PATH                  */
 365
 366 #define ADDRESS_BUILT_IN "built_in"
 367 #define PROGRAM_BUILT_IN "t_coffee"
 368 #define TEST_WWWSITE_4_TCOFFEE "www.google.com"
 369 #define TCOFFEE_4_TCOFFEE "t_coffee"
 370 #define TCOFFEE_type "sequence_multiple_aligner"
 371 #define TCOFFEE_ADDRESS "http://www.tcoffee.org"
 372 #define TCOFFEE_language "C"
 373 #define TCOFFEE_language2 "C"
 374 #define TCOFFEE_source "http://www.tcoffee.org/Packages/T-COFFEE_distribution.tar.gz"
 375 #define TCOFFEE_update_action "always"
 376 #define TCOFFEE_mode "tcoffee,mcoffee,rcoffee,expresso,3dcoffee"
 377 #define CLUSTALW2_4_TCOFFEE "clustalw2"
 378 #define CLUSTALW2_type "sequence_multiple_aligner"
 379 #define CLUSTALW2_ADDRESS "http://www.clustal.org"
 380 #define CLUSTALW2_language "C++"
 381 #define CLUSTALW2_language2 "CXX"
 382 #define CLUSTALW2_source "http://www.clustal.org/download/2.0.10/clustalw-2.0.10-src.tar.gz"
 383 #define CLUSTALW2_mode "mcoffee,rcoffee"
 384 #define CLUSTALW_4_TCOFFEE "clustalw"
 385 #define CLUSTALW_type "sequence_multiple_aligner"
 386 #define CLUSTALW_ADDRESS "http://www.clustal.org"
 387 #define CLUSTALW_language "C"
 388 #define CLUSTALW_language2 "C"
 389 #define CLUSTALW_source "http://www.clustal.org/download/1.X/ftp-igbmc.u-strasbg.fr/pub/ClustalW/clustalw1.82.UNIX.tar.gz"
 390 #define CLUSTALW_mode "mcoffee,rcoffee"
 391 #define DIALIGNT_4_TCOFFEE "dialign-t"
 392 #define DIALIGNT_type "sequence_multiple_aligner"
 393 #define DIALIGNT_ADDRESS "http://dialign-tx.gobics.de/"
 394 #define DIALIGNT_DIR "/usr/share/dialign-tx/"
 395 #define DIALIGNT_language "C"
 396 #define DIALIGNT_language2 "C"
 397 #define DIALIGNT_source "http://dialign-tx.gobics.de/DIALIGN-TX_1.0.1.tar.gz"
 398 #define DIALIGNT_mode "mcoffee"
 399 #define DIALIGNT_binary "dialign-t"
 400 #define DIALIGNTX_4_TCOFFEE "dialign-tx"
 401 #define DIALIGNTX_type "sequence_multiple_aligner"
 402 #define DIALIGNTX_ADDRESS "http://dialign-tx.gobics.de/"
 403 #define DIALIGNTX_DIR "/usr/share/dialign-tx/"
 404 #define DIALIGNTX_language "C"
 405 #define DIALIGNTX_language2 "C"
 406 #define DIALIGNTX_source "http://dialign-tx.gobics.de/DIALIGN-TX_1.0.1.tar.gz"
 407 #define DIALIGNTX_mode "mcoffee"
 408 #define DIALIGNTX_binary "dialign-tx"
 409 #define POA_4_TCOFFEE "poa"
 410 #define POA_type "sequence_multiple_aligner"
 411 #define POA_ADDRESS "http://www.bioinformatics.ucla.edu/poa/"
 412 #define POA_language "C"
 413 #define POA_language2 "C"
 414 #define POA_source "http://downloads.sourceforge.net/poamsa/poaV2.tar.gz"
 415 #define POA_DIR "/usr/share/"
 416 #define POA_FILE1 "blosum80.mat"
 417 #define POA_mode "mcoffee"
 418 #define POA_binary "poa"
 419 #define PROBCONS_4_TCOFFEE "probcons"
 420 #define PROBCONS_type "sequence_multiple_aligner"
 421 #define PROBCONS_ADDRESS "http://probcons.stanford.edu/"
 422 #define PROBCONS_language2 "CXX"
 423 #define PROBCONS_language "C++"
 424 #define PROBCONS_source "http://probcons.stanford.edu/probcons_v1_12.tar.gz"
 425 #define PROBCONS_mode "mcoffee"
 426 #define PROBCONS_binary "probcons"
 427 #define MAFFT_4_TCOFFEE "mafft"
 428 #define MAFFT_type "sequence_multiple_aligner"
 429 #define MAFFT_ADDRESS "http://align.bmr.kyushu-u.ac.jp/mafft/online/server/"
 430 #define MAFFT_language "C"
 431 #define MAFFT_language "C"
 432 #define MAFFT_source "http://align.bmr.kyushu-u.ac.jp/mafft/software/mafft-6.603-with-extensions-src.tgz"
 433 #define MAFFT_windows "http://align.bmr.kyushu-u.ac.jp/mafft/software/mafft-6.603-mingw.tar"
 434 #define MAFFT_mode "mcoffee,rcoffee"
 435 #define MAFFT_binary "mafft.tar.gz"
 436 #define MUSCLE_4_TCOFFEE "muscle"
 437 #define MUSCLE_type "sequence_multiple_aligner"
 438 #define MUSCLE_ADDRESS "http://www.drive5.com/muscle/"
 439 #define MUSCLE_language "C++"
 440 #define MUSCLE_language2 "GPP"
 441 #define MUSCLE_source "http://www.drive5.com/muscle/downloads3.6/muscle3.6_src.tar.gz"
 442 #define MUSCLE_windows "http://www.drive5.com/muscle/downloads3.6/muscle3.6_win32.zip"
 443 #define MUSCLE_linux "http://www.drive5.com/muscle/downloads3.6/muscle3.6_linux_ia32.tar.gz"
 444 #define MUSCLE_mode "mcoffee,rcoffee"
 445 #define PCMA_4_TCOFFEE "pcma"
 446 #define PCMA_type "sequence_multiple_aligner"
 447 #define PCMA_ADDRESS "ftp://iole.swmed.edu/pub/PCMA/"
 448 #define PCMA_language "C"
 449 #define PCMA_language2 "C"
 450 #define PCMA_source "ftp://iole.swmed.edu/pub/PCMA/pcma.tar.gz"
 451 #define PCMA_mode "mcoffee"
 452 #define KALIGN_4_TCOFFEE "kalign"
 453 #define KALIGN_type "sequence_multiple_aligner"
 454 #define KALIGN_ADDRESS "http://msa.cgb.ki.se"
 455 #define KALIGN_language "C"
 456 #define KALIGN_language2 "C"
 457 #define KALIGN_source "http://msa.cgb.ki.se/downloads/kalign/current.tar.gz"
 458 #define KALIGN_mode "mcoffee"
 459 #define AMAP_4_TCOFFEE "amap"
 460 #define AMAP_type "sequence_multiple_aligner"
 461 #define AMAP_ADDRESS "http://bio.math.berkeley.edu/amap/"
 462 #define AMAP_language "C++"
 463 #define AMAP_language2 "CXX"
 464 #define AMAP_source "http://baboon.math.berkeley.edu/amap/download/amap.2.2.tar.gz"
 465 #define AMAP_mode "mcoffee"
 466 #define PRODA_4_TCOFFEE "proda"
 467 #define PRODA_type "sequence_multiple_aligner"
 468 #define PRODA_ADDRESS "http://proda.stanford.edu"
 469 #define PRODA_language "C++"
 470 #define PRODA_language2 "CXX"
 471 #define PRODA_source "http://proda.stanford.edu/proda_1_0.tar.gz"
 472 #define PRODA_mode "mcoffee"
 473 #define PRANK_4_TCOFFEE "prank"
 474 #define PRANK_type "sequence_multiple_aligner"
 475 #define PRANK_ADDRESS "http://www.ebi.ac.uk/goldman-srv/prank/"
 476 #define PRANK_language "C++"
 477 #define PRANK_language2 "CXX"
 478 #define PRANK_source "http://www.ebi.ac.uk/goldman-srv/prank/src/old/prank.src.081202.tgz"
 479 #define PRANK_mode "mcoffee"
 480 #define SAP_4_TCOFFEE "sap"
 481 #define SAP_type "structure_pairwise_aligner"
 482 #define SAP_ADDRESS "http://mathbio.nimr.mrc.ac.uk/wiki/Software"
 483 #define SAP_language "C"
 484 #define SAP_language2 "C"
 485 #define SAP_source "http://www.tcoffee.org/Packages/sap_distribution_TCC_0.6.tar.gz"
 486 #define SAP_mode "expresso,3dcoffee"
 487 #define TMALIGN_4_TCOFFEE "TMalign"
 488 #define TMALIGN_type "structure_pairwise_aligner"
 489 #define TMALIGN_ADDRESS "http://zhang.bioinformatics.ku.edu/TM-align/TMalign.f"
 490 #define TMALIGN_language "Fortran"
 491 #define TMALIGN_language2 "Fortran"
 492 #define TMALIGN_source "http://zhang.bioinformatics.ku.edu/TM-align/TMalign.f"
 493 #define TMALIGN_linux "http://zhang.bioinformatics.ku.edu/TM-align/TMalign_32.gz"
 494 #define TMALIGN_mode "expresso,3dcoffee"
 495 #define MUSTANG_4_TCOFFEE "mustang"
 496 #define MUSTANG_type "structure_pairwise_aligner"
 497 #define MUSTANG_ADDRESS "http://www.cs.mu.oz.au/~arun/mustang"
 498 #define MUSTANG_language "C++"
 499 #define MUSTANG_language2 "CXX"
 500 #define MUSTANG_source "http://www.cs.mu.oz.au/~arun/mustang/mustang_v.3.tgz"
 501 #define MUSTANG_mode "expresso,3dcoffee"
 502 #define LSQMAN_4_TCOFFEE "lsqman"
 503 #define LSQMAN_type "structure_pairwise_aligner"
 504 #define LSQMAN_ADDRESS "empty"
 505 #define LSQMAN_language "empty"
 506 #define LSQMAN_language2 "empty"
 507 #define LSQMAN_source "empty"
 508 #define LSQMAN_update_action "never"
 509 #define LSQMAN_mode "expresso,3dcoffee"
 510 #define ALIGN_PDB_4_TCOFFEE "align_pdb"
 511 #define ALIGN_PDB_type "structure_pairwise_aligner"
 512 #define ALIGN_PDB_ADDRESS "empty"
 513 #define ALIGN_PDB_language "empty"
 514 #define ALIGN_PDB_language2 "empty"
 515 #define ALIGN_PDB_source "empty"
 516 #define ALIGN_PDB_update_action "never"
 517 #define ALIGN_PDB_mode "expresso,3dcoffee"
 518 #define FUGUE_4_TCOFFEE "fugueali"
 519 #define FUGUE_type "structure_pairwise_aligner"
 520 #define FUGUE_ADDRESS "http://www-cryst.bioc.cam.ac.uk/fugue/download.html"
 521 #define FUGUE_language "empty"
 522 #define FUGUE_language2 "empty"
 523 #define FUGUE_source "empty"
 524 #define FUGUE_update_action "never"
 525 #define FUGUE_mode "expresso,3dcoffee"
 526 #define DALILITEc_4_TCOFFEE "dalilite.pl"
 527 #define DALILITEc_type "structure_pairwise_aligner"
 528 #define DALILITEc_ADDRESS "built_in"
 529 #define DALILITEc_ADDRESS2 "http://www.ebi.ac.uk/Tools/webservices/services/dalilite"
 530 #define DALILITEc_language "Perl"
 531 #define DALILITEc_language2 "Perl"
 532 #define DALILITEc_source "empty"
 533 #define DALILITEc_update_action "never"
 534 #define DALILITEc_mode "expresso,3dcoffee"
 535 #define PROBCONSRNA_4_TCOFFEE "probconsRNA"
 536 #define PROBCONSRNA_type "RNA_multiple_aligner"
 537 #define PROBCONSRNA_ADDRESS "http://probcons.stanford.edu/"
 538 #define PROBCONSRNA_language "C++"
 539 #define PROBCONSRNA_language2 "CXX"
 540 #define PROBCONSRNA_source "http://probcons.stanford.edu/probconsRNA.tar.gz"
 541 #define PROBCONSRNA_mode "mcoffee,rcoffee"
 542 #define CONSAN_4_TCOFFEE "sfold"
 543 #define CONSAN_type "RNA_pairwise_aligner"
 544 #define CONSAN_ADDRESS "http://selab.janelia.org/software/consan/"
 545 #define CONSAN_language "empty"
 546 #define CONSAN_language2 "empty"
 547 #define CONSAN_source "empty"
 548 #define CONSAN_update_action "never"
 549 #define CONSAN_mode "rcoffee"
 550 #define RNAPLFOLD_4_TCOFFEE "RNAplfold"
 551 #define RNAPLFOLD_type "RNA_secondarystructure_predictor"
 552 #define RNAPLFOLD_ADDRESS "http://www.tbi.univie.ac.at/~ivo/RNA/"
 553 #define RNAPLFOLD_language "C"
 554 #define RNAPLFOLD_language2 "C"
 555 #define RNAPLFOLD_source "http://www.tbi.univie.ac.at/~ivo/RNA/ViennaRNA-1.7.2.tar.gz"
 556 #define RNAPLFOLD_mode "rcoffee"
 557 #define HMMTOP_4_TCOFFEE "hmmtop"
 558 #define HMMTOP_type "protein_secondarystructure_predictor"
 559 #define HMMTOP_ADDRESS "www.enzim.hu/hmmtop/"
 560 #define HMMTOP_language "C"
 561 #define HMMTOP_language2 "C"
 562 #define HMMTOP_source "empty"
 563 #define HMMTOP_update_action "never"
 564 #define HMMTOP_mode "tcoffee"
 565 #define GOR4_4_TCOFFEE "gorIV"
 566 #define GOR4_type "protein_secondarystructure_predictor"
 567 #define GOR4_ADDRESS "http://mig.jouy.inra.fr/logiciels/gorIV/"
 568 #define GOR4_language "C"
 569 #define GOR4_language2 "C"
 570 #define GOR4_source "http://mig.jouy.inra.fr/logiciels/gorIV/GOR_IV.tar.gz"
 571 #define GOR4_update_action "never"
 572 #define GOR4_mode "tcoffee"
 573 #define EBIWUBLASTc_4_TCOFFEE "wublast.pl"
 574 #define EBIWUBLASTc_type "protein_homology_predictor"
 575 #define EBIWUBLASTc_ADDRESS "built_in"
 576 #define EBIWUBLASTc_ADDRESS2 "http://www.ebi.ac.uk/Tools/webservices/services/wublast"
 577 #define EBIWUBLASTc_language "Perl"
 578 #define EBIWUBLASTc_language2 "Perl"
 579 #define EBIWUBLASTc_source "empty"
 580 #define EBIWUBLASTc_update_action "never"
 581 #define EBIWUBLASTc_mode "psicoffee,expresso,3dcoffee"
 582 #define EBIBLASTPGPc_4_TCOFFEE "blastpgp.pl"
 583 #define EBIBLASTPGPc_type "protein_homology_predictor"
 584 #define EBIBLASTPGPc_ADDRESS "built_in"
 585 #define EBIBLASTPGPc_ADDRESS2 "http://www.ebi.ac.uk/Tools/webservices/services/blastpgp"
 586 #define EBIBLASTPGPc_language "Perl"
 587 #define EBIBLASTPGPc_language2 "Perl"
 588 #define EBIBLASTPGPc_source "empty"
 589 #define EBIBLASTPGPc_update_action "never"
 590 #define EBIBLASTPGPc_mode "psicoffee,expresso,3dcoffee"
 591 #define NCBIWEBBLAST_4_TCOFFEE "blastcl3"
 592 #define NCBIWEBBLAST_type "protein_homology_predictor"
 593 #define NCBIWEBBLAST_ADDRESS "ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/executables/LATEST"
 594 #define NCBIWEBBLAST_language "C"
 595 #define NCBIWEBBLAST_language2 "C"
 596 #define NCBIWEBBLAST_source "empty"
 597 #define NCBIWEBBLAST_update_action "never"
 598 #define NCBIWEBBLAST_mode "psicoffee,expresso,3dcoffee"
 599 #define NCBIBLAST_4_TCOFFEE "blastpgp"
 600 #define NCBIBLAST_type "protein_homology_predictor"
 601 #define NCBIBLAST_ADDRESS "ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/executables/LATEST"
 602 #define NCBIBLAST_language "C"
 603 #define NCBIBLAST_language2 "C"
 604 #define NCBIBLAST_source "empty"
 605 #define NCBIBLAST_update_action "never"
 606 #define NCBIBLAST_mode "psicoffee,expresso,3dcoffee"
 607 #define SOAPLITE_4_TCOFFEE "SOAP::Lite"
 608 #define SOAPLITE_type "library"
 609 #define SOAPLITE_ADDRESS "http://cpansearch.perl.org/src/MKUTTER/SOAP-Lite-0.710.08/Makefile.PL"
 610 #define SOAPLITE_language "Perl"
 611 #define SOAPLITE_language2 "Perl"
 612 #define SOAPLITE_source "empty"
 613 #define SOAPLITE_mode "psicoffee,expresso,3dcoffee"
 614 //TclinkdbEnd
 615 /*New Methods*/
 616 /********************************************/
 617 /*            Various Methoids              */
 618 /********************************************/
 619 #define METHODS_4_TCOFFEE  "~/.t_coffee/methods/"
 620 #define METHOD_4_MSA_WEIGHTS "petra_weight"
 621 /********************************************/
 622 /*            SEQAN LIBRARY                  */
 623 /********************************************/
 624 #define SEQAN_TCOFFEE_4_TCOFFEE "seqan_tcoffee"
 625 /********************************************/
 626 /*            REFORMATING  AND UTILITIES                 */
 627 /********************************************/
 628 #define WGET_4_TCOFFEE "wget"
 629 #define WGET_ADDRESS "http://www.gnu.org/software/wget/"
 630
 631 #define CURL_4_TCOFFEE "curl"
 632 #define CURL_ADDRESS "http://curl.haxx.se/"
 633
 634 #define SEQ_REFORMAT_4_TCOFFEE          "seq_reformat"
 635 #define PS2PDF                          "ps2pdf"
 636 #define EXTRACT_FROM_PDB_4_TCOFFEE      "extract_from_pdb"
 637 #define BLAST_ALN2FASTA_ALN             "blast_aln2fasta_aln.pl"
 638 #define FASTA_ALN2FASTA_ALN_UNIQUE_NAME "fasta_aln2fasta_aln_unique_name.pl"
 639 #define MSF_ALN2FASTA_ALN               "msf_aln2fasta_aln.pl"
 640 #define SEQ2MSA_WEIGHT        "seq2msa_weight"
 641 /********************************************/
 642 /*            DEPRECATED DEF                */
 643 /********************************************/
 644 //Deprecated definitions
 645 #define SIB_BLAST_4_TCOFFEE "blastall.remote"
 646 #define LOCAL_BLAST_4_TCOFFEE "blastall"
 647 #define BLAST_DB_4_TCOFFEE "nr"
 648 #define NCBI_BLAST_4_TCOFFEE ""
 649 /********************************************/
 650 /*            PARAMETER_FILE                */
 651 /********************************************/
 652
 653
 654
 655
 656 /*               PARAMETER FILES               */
 657 #define COLOR_FILE         "seq_reformat.color"
 658 /*This file specifies the 10 colors available to seq_reformat.
 659 If the file is not on the system, hard coded defaults will be used.
 660 The format is as follow:
 661
 662 -------------------------------------------------------------------------------------------
 663 <Your comments (as many lines as needed >
 664 *
 665 <number in the range 0-9> <HTML code> <R value (float)> <G value (float)> <B value (float)>
 666 -------------------------------------------------------------------------------------------
 667 the RGB values are used for the post-script generation, the html code is used in html documents.
 668 */
 669 #define DATE "Tue Oct 27 10:10:30 WEST 2009"
 670 #define PROGRAM "T-COFFEE"
 671 #define VERSION "Version_8.14"
 672 #define AUTHOR "Cedric Notredame "
 673 #define DISTRIBUTION_ADDRESS "www.tcoffee.org/Packages/"
 674 /*********************************COPYRIGHT NOTICE**********************************/
 675 /*© Centro de Regulacio Genomica */
 676 /*and */
 677 /*Cedric Notredame */
 678 /*Tue Oct 27 10:12:26 WEST 2009. */
 679 /*All rights reserved.*/
 680 /*This file is part of T-COFFEE.*/
 681 /**/
 682 /*    T-COFFEE is free software; you can redistribute it and/or modify*/
 683 /*    it under the terms of the GNU General Public License as published by*/
 684 /*    the Free Software Foundation; either version 2 of the License, or*/
 685 /*    (at your option) any later version.*/
 686 /**/
 687 /*    T-COFFEE is distributed in the hope that it will be useful,*/
 688 /*    but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of*/
 689 /*    MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the*/
 690 /*    GNU General Public License for more details.*/
 691 /**/
 692 /*    You should have received a copy of the GNU General Public License*/
 693 /*    along with Foobar; if not, write to the Free Software*/
 694 /*    Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307  USA*/
 695 /*...............................................                                                                                      |*/
 696 /*  If you need some more information*/
 697 /*  cedric.notredame@europe.com*/
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 699 /**/
 700 /**/
 701 /*      */
 702 /*********************************COPYRIGHT NOTICE**********************************/