binaries/src/tcoffee/t_coffee_source/dp_lib_header.h

   1 struct CL_node
   2     {
   3
   4       int copy_mode;
   5       struct CL_node *c;
   6       struct CL_node *p;
   7       struct CL_node *l;
   8       struct CL_node *r;
   9       int seq;
  10       int res;
  11       int free;
  12 };
  13
  14 typedef struct CL_node CL_node;
  15 Alignment * add_constraint2aln ( Alignment *A, int s1, int r1, int s2, int r2);
  16 Alignment * graph_aln (Alignment *A, Constraint_list *CL, Sequence *S);
  17 Alignment* graph2aln (Alignment *A, CL_node *G, Sequence *S);
  18 CL_node ***add_constraint2graph_aln (CL_node ***G, int s1, int r1, int s2, int r2);
  19 CL_node * shift_segment ( CL_node *S, int segL, int shiftL);
  20
  21 int  is_graph_gap_column(CL_node *S);
  22 CL_node * remove_graph_gap_column (CL_node *S);
  23 CL_node * swap_gap_in_graph ( CL_node*S, CL_node *E);
  24
  25 CL_node * declare_cl_nodes ( int len, int seq);
  26 CL_node * insert_gap_columns (CL_node *S, int d);
  27 int get_node_distance ( CL_node *S, CL_node *E);
  28 CL_node ***aln2graph (Alignment *A);
  29 CL_node *vfree_graph (CL_node *S);
  30 CL_node *vfree_cl_node ( CL_node *N);
  31
  32 int gotoh_pair_wise_lalign ( Alignment *A, int*ns, int **l_s,Constraint_list *CL);
  33 Constraint_list * undefine_sw_aln ( Alignment *A, Constraint_list *CL);
  34 Constraint_list * undefine_sw_pair ( Constraint_list *CL, int s1, int r1, int s2, int r2);
  35 int sw_pair_is_defined ( Constraint_list *CL, int s1, int r1, int s2, int r2);
  36
  37
  38 int gotoh_pair_wise_sw (Alignment *A,int*ns, int **l_s,Constraint_list *CL);
  39
  40 Alignment * get_best_local_aln ( Alignment *IN,Constraint_list *CL,int gop, int gep, int sw_t, int sw_l, int sw_z, int greedy);
  41 Alignment * get_best_nol_local_aln ( Alignment *IN, Constraint_list *CL, int gop, int gep,int sw_t,int sw_l, int sw_z, int mode);
  42 double compute_penalty   (Constraint_list *CL, char *mode, int len);
  43 double compute_scale ( Constraint_list *CL,char *mode, int len);
  44 int evaluate_penalty (Alignment *A, Constraint_list *CL, int *scale,char *scale_mode, int *penalty, char *penalty_mode, int len_seq);
  45 Alignment ** t_coffee_lalign   (Constraint_list *CL, int scale, int penalty,int maximise,Sequence *S, int sw_t, int sw_l, int sw_z,int *sw_n, int sw_io);
  46 Alignment * add_seq2aln   (Constraint_list *CL, Alignment *IN,Sequence  *S);
  47
  48
  49
  50
  51
  52
  53
  54 struct Dp_Model
  55 {
  56   int *diag;
  57
  58   int TG_MODE;
  59   int F_TG_MODE;
  60   int gop;
  61   int gep;
  62   int f_gop;
  63   int f_gep;
  64   int nstate;
  65   int START;
  66   int END;
  67
  68   char**model_comments;
  69   int **model;
  70   int **model_properties;
  71   int **bounded_model;
  72   int (***model_emission_function)(Alignment*, int **, int, int*, int, int **, int, int*, int, struct Constraint_list *);
  73
  74   int LEN_I;
  75   int LEN_J;
  76   int DELTA_I;
  77   int DELTA_J;
  78   int EMISSION;
  79   int START_EMISSION;
  80   int TERM_EMISSION;
  81
  82   int ALN_TYPE;
  83   Constraint_list *CL;
  84   /*Associated Functions*/
  85
  86   /*To Deprecate*/
  87   int UM;
  88
  89   int TYPE;
  90   int F0;
  91   int F1;
  92
  93
  94   int NON_CODING;
  95   int INSERTION;
  96   int DELETION;
  97   int CODING0;
  98   int CODING1;
  99   int CODING2;
 100
 101
 102 };
 103 typedef struct Dp_Model Dp_Model;
 104
 105 struct Dp_Result
 106 {
 107   int *traceback;
 108   int len;
 109   int score;
 110   Dp_Model *Dp_model;
 111 };
 112 typedef struct Dp_Result Dp_Result;
 113
 114 Dp_Result * make_fast_generic_dp_pair_wise (Alignment *A, int*ns, int **l_s,Dp_Model *M);
 115
 116 Constraint_list* free_dp_model  (Dp_Model *D);
 117 Dp_Result * free_dp_result (Dp_Result *D );
 118
 119 typedef struct hseq* SeqHasch;
 120
 121 typedef struct hseq
 122 {
 123   SeqHasch hl[256];
 124   int  n;
 125   int  *l;
 126 } hseq;
 127
 128 int ** ktup_dist_mat ( char **seq, int nseq, int ktup, char *type);
 129 int ** evaluate_diagonals_for_two_sequences ( char *seq1, char *seq2,int maximise,Constraint_list *CL,int ktup);
 130 int ** evaluate_diagonals ( Alignment *A, int *ns, int **l_s, Constraint_list *CL,int maximise,int n_groups, char **group_list,int ktup);
 131 int ** evaluate_segments_with_ktup  ( Alignment *A, int *ns, int **l_s, Constraint_list *CL,int maximise,int n_groups, char **group_list,int ktup);
 132 int ** evaluate_diagonals_with_ktup ( Alignment *A, int *ns, int **l_s, Constraint_list *CL,int maximise,int n_groups, char **group_list,int ktup);
 133
 134 int ** evaluate_diagonals_with_clist ( Alignment *A, int *ns, int **l_s, Constraint_list *CL,int maximise,int n_groups, char **group_list,int ktup);
 135
 136 int * flag_diagonals (int l1, int l2, int **sorted_diag,float T, int window);
 137 int * extract_N_diag (int l1, int l2, int **sorted_diag, int n_chosen_diag, int window);
 138
 139 int hasch_seq(char *seq1, int **hs, int **lu,int ktup, char *alph);
 140 int fasta_gotoh_pair_wise (Alignment *A,int*ns, int **l_s,Constraint_list *CL);
 141 int cfasta_gotoh_pair_wise (Alignment *A,int*ns, int **l_s,Constraint_list *CL);
 142 int very_fast_gotoh_pair_wise (Alignment *A,int*ns, int **l_s,Constraint_list *CL);
 143
 144 int make_fasta_gotoh_pair_wise (Alignment *A,int*ns, int **l_s,Constraint_list *CL, int *diag);
 145 /*********************************************************************/
 146 /*                                                                   */
 147 /*                         KTUP_DP                                   */
 148 /*                                                                   */
 149 /*                                                                   */
 150 /*********************************************************************/
 151
 152 int precomputed_pair_wise (Alignment *A,int*ns, int **l_s,Constraint_list *CL);
 153 int ktup_pair_wise (Alignment *A,int*ns, int **l_s,Constraint_list *CL);
 154 int ktup_comparison ( char *seq1, char *seq2, int ktup);
 155 HaschT* hasch_sequence ( char *seq1, int ktup);
 156
 157 SeqHasch * seq2hasch (int i,char *seq, int ktup, SeqHasch *H);
 158 Constraint_list * hasch2constraint_list (Sequence*S, Constraint_list *CL);
 159 SeqHasch *cleanhasch       (SeqHasch *H);
 160 int hasch2sim        (SeqHasch *H, int nseq);
 161 int cfasta_gotoh_pair_wise_sw (Alignment *A,int*ns, int **l_s,Constraint_list *CL);
 162 int fasta_gotoh_pair_wise_sw (Alignment *A,int*ns, int **l_s,Constraint_list *CL);
 163 int make_fasta_gotoh_pair_wise_sw (Alignment *A,int*ns, int **l_s,Constraint_list *CL, int *diag);
 164
 165 /*pair wise aln implementations*/
 166
 167 int idscore_pairseq (char *s1, char *s2, int gop, int gep, int **m, char *mode);
 168 int idscore_pair_wise (Alignment *A,int*ns, int **l_s,Constraint_list *CL);
 169 int gotoh_pair_wise    (Alignment *A,int*ns, int **l_s,Constraint_list *CL);
 170 int glocal_pair_wise ( Alignment *A, int *ns, int **l_s, Constraint_list *CL);
 171 int gotoh_pair_wise_lgp ( Alignment *A, int *ns, int **l_s, Constraint_list *CL);
 172 int test_pair_wise (Alignment *A, int *ns, int **l_s, Constraint_list *CL);
 173
 174 int glocal2_pair_wise (Alignment *A,int*ns, int **ls,Constraint_list *CL);
 175 int gotoh_pair_wise_lgp_sticky ( Alignment *A, int *ns, int **l_s, Constraint_list *CL);
 176 int linked_pair_wise ( Alignment *A, int *ns, int **l_s, Constraint_list *CL);
 177 int clinked_pair_wise ( Alignment *A, int *ns, int **l_s, Constraint_list *CL);
 178 void free_proba_pair_wise();
 179
 180 int subop1_pair_wise ( Alignment *A, int *ns, int **ls, Constraint_list *CL);
 181 int subop2_pair_wise ( Alignment *A, int *ns, int **ls, Constraint_list *CL);
 182 int proba_pair_wise ( Alignment *A, int *ns, int **ls, Constraint_list *CL);
 183 int viterbi_pair_wise ( Alignment *A, int *ns, int **ls, Constraint_list *CL);
 184 int biphasic_pair_wise ( Alignment *A, int *ns, int **l_s, Constraint_list *CL);
 185
 186
 187
 188
 189
 190
 191
 192
 193 int cfasta_cdna_pair_wise (Alignment *A,int*ns, int **l_s,Constraint_list *CL);
 194 int fasta_cdna_pair_wise (Alignment *A,int*ns, int **l_s,Constraint_list *CL);
 195 Dp_Model* initialize_dna_dp_model (Constraint_list *CL);
 196 Dp_Result * make_fast_dp_pair_wise (Alignment *A,int*ns, int **l_s, Constraint_list *CL,Dp_Model *M);
 197 int make_fasta_cdna_pair_wise (Alignment *B,Alignment *A,int*ns, int **l_s,Constraint_list *CL, int *diag);
 198
 199
 200
 201 int ** evaluate_diagonals_cdna ( Alignment *A, int *ns, int **l_s, Constraint_list *CL,int maximise,int n_groups, char **group_list, int ktup);
 202 int cfasta_cdna_pair_wise (Alignment *A,int*ns, int **l_s,Constraint_list *CL);
 203 Alignment *clean_maln ( Alignment *A, Alignment *I, int T, int n_it);
 204 Alignment *realign_segment (int seq, int start, int len,Alignment *A, Alignment *C);
 205 Dp_Model * initialize_seg2prf_model(int left_tg_mode, int right_tg_mode, Constraint_list *CL);
 206
 207 int get_gep_cost (Alignment *A, int**pos1, int ns1, int*list1, int col1, int**pos2, int ns2, int*list2, int col2, Constraint_list *CL);
 208 int get_start_gep_cost (Alignment *A, int**pos1, int ns1, int*list1, int col1, int**pos2, int ns2, int*list2, int col2, Constraint_list *CL);
 209 int get_term_gep_cost (Alignment *A, int**pos1, int ns1, int*list1, int col1, int**pos2, int ns2, int*list2, int col2, Constraint_list *CL);
 210
 211 Dp_Model * initialize_sseq_model(int left_tg_mode, int right_tg_mode, Constraint_list *CL);
 212 int ssec_pwaln_maln (Alignment *A, int *ns, int **ls, Constraint_list *CL);
 213
 214
 215 int get_turn_gep_cost       (Alignment *A, int**pos1, int ns1, int*list1, int col1, int**pos2, int ns2, int*list2, int col2, Constraint_list *CL);
 216 int get_turn_start_gep_cost (Alignment *A, int**pos1, int ns1, int*list1, int col1, int**pos2, int ns2, int*list2, int col2, Constraint_list *CL);
 217 int get_turn_term_gep_cost  (Alignment *A, int**pos1, int ns1, int*list1, int col1, int**pos2, int ns2, int*list2, int col2, Constraint_list *CL);
 218
 219 int get_alpha_gep_cost      (Alignment *A, int**pos1, int ns1, int*list1, int col1, int**pos2, int ns2, int*list2, int col2, Constraint_list *CL);
 220 int get_alpha_start_gep_cost(Alignment *A, int**pos1, int ns1, int*list1, int col1, int**pos2, int ns2, int*list2, int col2, Constraint_list *CL);
 221 int get_alpha_term_gep_cost (Alignment *A, int**pos1, int ns1, int*list1, int col1, int**pos2, int ns2, int*list2, int col2, Constraint_list *CL);
 222
 223 int get_beta_gep_cost       (Alignment *A, int**pos1, int ns1, int*list1, int col1, int**pos2, int ns2, int*list2, int col2, Constraint_list *CL);
 224 int get_beta_start_gep_cost (Alignment *A, int**pos1, int ns1, int*list1, int col1, int**pos2, int ns2, int*list2, int col2, Constraint_list *CL);
 225 int get_beta_term_gep_cost  (Alignment *A, int**pos1, int ns1, int*list1, int col1, int**pos2, int ns2, int*list2, int col2, Constraint_list *CL);
 226
 227 int get_alpha_sub_cost (Alignment *A, int**pos1, int ns1, int*list1, int col1, int**pos2, int ns2, int*list2, int col2, Constraint_list *CL);
 228 int get_beta_sub_cost (Alignment *A, int**pos1, int ns1, int*list1, int col1, int**pos2, int ns2, int*list2, int col2, Constraint_list *CL);
 229 int get_turn_sub_cost (Alignment *A, int**pos1, int ns1, int*list1, int col1, int**pos2, int ns2, int*list2, int col2, Constraint_list *CL);
 230
 231 int get_ssec_no_cost (Alignment *A, int**pos1, int ns1, int*list1, int col1, int**pos2, int ns2, int*list2, int col2, Constraint_list *CL);
 232 int sim_pair_wise_lalign (Alignment *in_A, int *in_ns, int **in_l_s, Constraint_list *in_CL);
 233
 234 /*pair wise aln implementations*/
 235 int myers_miller_pair_wise (Alignment *A, int *ns, int **l_s,Constraint_list *CL);
 236 int diff (Alignment *A, int *ns, int **ls, int s1, int M,int s2, int N , int tb, int te, Constraint_list *CL, int **pos);
 237 int evaluate_est_order (Sequence *S, char *concat, Constraint_list *CL, int ktuple);
 238
 239 Constraint_list *prepare_cl_for_moca ( Constraint_list *CL);
 240 Alignment ** moca_aln ( Constraint_list *CL);
 241 Alignment * extract_domain ( Constraint_list *CL);
 242 Alignment * interactive_domain_extraction ( Constraint_list *CL);
 243 int print_moca_interactive_choices ();
 244
 245 Alignment * approximate_domain ( int min_start, int max_start, int step_start,int min_len, int max_len, int step_len, int *best_start, int *best_len, int *best_score, Constraint_list *CL);
 246
 247 int measure_domain_length ( Constraint_list *CL,Alignment *IN, int start, int min_size, int max_size, int step);
 248 Alignment *extract_domain_with_coordinates ( Alignment *RESULT,int start, int len, Constraint_list *CL);
 249 int get_starting_point ( Constraint_list *CL);
 250
 251 Alignment * find_domain_coordinates (Constraint_list *CL, int *start, int *len);
 252 Alignment * extend_domain ( Constraint_list *CL, int *start, int *len, int dstart, int dlen);
 253 Alignment * modify_domain ( Constraint_list *CL, Alignment *IN, int *start, int *len, int dstart, int dlen);
 254
 255 int * analyse_sequence ( Constraint_list *CL);
 256
 257 /****************************************************************************/
 258 /*                                                                          */
 259 /*                                                                          */
 260 /*            Alignment Methods                                             */
 261 /*                                                                          */
 262 /*                                                                          */
 263 /****************************************************************************/
 264 Alignment * sorted_aln (Alignment *A, Constraint_list *CL);
 265 Alignment * sorted_aln_seq (int seq, Alignment *A, Constraint_list *CL);
 266 Alignment * full_sorted_aln (Alignment *A, Constraint_list *CL);
 267
 268 /******************************************************************/
 269 /*                   MAIN DRIVER                                  */
 270 /*                                                                */
 271 /*                                                                */
 272 /******************************************************************/
 273
 274 Constraint_list *profile2list     ( Job_TC *job,int nprf);
 275 Constraint_list *seq2list     (Job_TC *Job);
 276 Constraint_list *method2pw_cl (TC_method *M, Constraint_list *CL);
 277 int method_uses_structure(TC_method *M);
 278 int method_uses_profile(TC_method *M);
 279
 280 /******************************************************************/
 281 /*                   MULTIPLE ALIGNMENTS                          */
 282 /*                                                                */
 283 /*                                                                */
 284 /******************************************************************/
 285 Alignment * compute_prrp_aln (Alignment *A, Constraint_list *CL);
 286 Alignment * compute_clustalw_aln (Alignment *A, Constraint_list *CL);
 287 Alignment * compute_tcoffee_aln_quick (Alignment *A, Constraint_list *CL);
 288 Alignment * seq2clustalw_aln (Sequence *S);
 289 Alignment * aln2clustalw_aln (Alignment *A, Constraint_list *CL);
 290 Alignment * realign_block ( Alignment *A, int col1, int col2, char *pg);
 291 /******************************************************************/
 292 /*                  DNA                                           */
 293 /*                                                                */
 294 /*                                                                */
 295 /******************************************************************/
 296 Constraint_list * align_coding_nucleotides (char *seq, char *method, char *weight, char *mem_mode, Constraint_list *CL);
 297 /******************************************************************/
 298 /*                   STRUCTURES                                   */
 299 /*                                                                */
 300 /*                                                                */
 301 /******************************************************************/
 302 Constraint_list * seq_msa (TC_method *M , char *in_seq, Constraint_list *CL);
 303
 304 Constraint_list *align_pdb_pair   (char *seq_in, char *dp_mode,char *evaluate_mode, char *file, Constraint_list *CL, Job_TC *job);
 305 Constraint_list * align_pdb_pair_2 (char *seq, Constraint_list *CL);
 306
 307 Constraint_list * pdb_pair  ( TC_method*M,char *seq, Constraint_list *CL);
 308 Constraint_list * pdbid_pair  ( TC_method*M,char *seq, Constraint_list *CL);
 309 Constraint_list * profile_pair  ( TC_method*M,char *seq, Constraint_list *CL);
 310 Constraint_list * thread_pair  ( TC_method*M,char *seq, Constraint_list *CL);
 311 Constraint_list * thread_pair2 ( TC_method *M,int s1, int s2, Constraint_list *CL);
 312 Constraint_list * sap_pair (char *seq, char *weight, Constraint_list *CL);
 313 Constraint_list * lsqman_pair (char *seq, Constraint_list *CL);
 314 Constraint_list * rna_pair (TC_method *M , char *in_seq, Constraint_list *CL);
 315
 316 /******************************************************************/
 317 /*                   GENERIC PAIRWISE METHODS                     */
 318 /*                                                                */
 319 /*                                                                */
 320 /******************************************************************/
 321 Constraint_list *best_pair4prot (Job_TC *job);
 322 Constraint_list *best_pair4rna (Job_TC *job);
 323 Alignment * fast_pair      (Job_TC *job);
 324
 325 void toggle_case_in_align_two_sequences(int value);
 326 Alignment * align_two_sequences ( char *seq1, char *seq2, char *matrix, int gop, int gep, char *align_mode);
 327 Alignment * align_two_aln ( Alignment *A1, Alignment  *A2, char *in_matrix, int gop, int gep, char *in_align_mode);
 328 NT_node make_root_tree ( Alignment *A,Constraint_list *CL,int gop, int gep,Sequence *S,  char *tree_file,int maximise);
 329 NT_node ** make_tree ( Alignment *A,Constraint_list *CL,int gop, int gep,Sequence *S,  char *tree_file, int maximise);
 330 int ** get_pw_distances ( Alignment *A,Constraint_list *CL,int gop, int gep, char **out_seq, char **out_seq_name, int out_nseq, char *tree_file, char *tree_mode, int maximise);
 331 Alignment *stack_progressive_nol_aln_with_seq_coor(Constraint_list *CL,int gop, int gep,Sequence *S, int **seq_coor, int nseq);
 332 Alignment *stack_progressive_aln_with_seq_coor (Constraint_list*CL,int gop, int gep, Sequence *S, int **coor, int nseq);
 333 Alignment *stack_progressive_aln(Alignment *A, Constraint_list *CL, int gop, int gep);
 334 Alignment *est_progressive_aln(Alignment *A, Constraint_list *CL, int gop, int gep);
 335 void analyse_seq ( Alignment *A, int s);
 336
 337 char ** list_file2dpa_list_file (char **list_file, int *len,int maxnseq, Sequence *S);
 338 Alignment * seq2aln_group (Alignment *A, int T, Constraint_list *CL);
 339
 340 Alignment *profile_aln (Alignment *A, Constraint_list *CL);
 341 Alignment * iterative_tree_aln (Alignment *A,int n, Constraint_list *CL);
 342 Alignment * iterative_aln ( Alignment*A, int nseq, Constraint_list *CL);
 343 Alignment * seq_aln ( Alignment*A, int nseq, Constraint_list *CL);
 344 Alignment *tsp_aln (Alignment *A, Constraint_list *iCL, Sequence *S);
 345 Alignment *iterate_aln ( Alignment*A, int nit, Constraint_list *CL);
 346 Alignment *realign_aln ( Alignment*A, Constraint_list *CL);
 347 Alignment *very_fast_aln (Alignment*A, int nseq, Constraint_list *CL);
 348 Alignment *simple_progressive_aln (Sequence *S, NT_node **T, Constraint_list *CL, char *mat);
 349 Alignment *frame_aln (Alignment *A, int n,Constraint_list *CL);
 350 Alignment *dpa_aln (Alignment *A, Constraint_list *CL);
 351 Alignment *new_dpa_aln (Alignment *A, Constraint_list *CL);
 352 Alignment * make_delayed_tree_aln (Alignment *A,int n, Constraint_list *CL);
 353
 354 NT_node* delayed_tree_aln ( NT_node LT, NT_node RT, Alignment*A, int nseq, Constraint_list *CL);
 355 int  node2seq_list (NT_node P, int *ns, int *ls);
 356 Alignment* delayed_tree_aln1 ( NT_node P,Alignment*A,Constraint_list *CL, int threshold);
 357 Alignment* delayed_tree_aln2 ( NT_node P,Alignment*A,Constraint_list *CL, int threshold);
 358
 359 NT_node* tree2ao (NT_node LT, NT_node RT,Alignment *A, int nseq,Constraint_list *CL);//tree2align_order
 360 NT_node* tree_aln ( NT_node LT, NT_node RT, Alignment*A, int nseq, Constraint_list *CL);
 361 NT_node* local_tree_aln ( NT_node LT, NT_node RT, Alignment*A, int nseq, Constraint_list *CL);
 362 NT_node* seqan_tree_aln ( NT_node LT, NT_node RT, Alignment*A, int nseq, Constraint_list *CL);
 363
 364
 365 NT_node* tree_realn ( NT_node LT, NT_node RT, Alignment*A, int nseq, Constraint_list *CL);
 366
 367 int split_condition (int nseq, int score, Constraint_list *CL);
 368
 369 int profile_pair_wise (Alignment *A, int n1, int *l1, int n2, int *l2, Constraint_list *CL);
 370 int pair_wise (Alignment *A, int*ns, int **l_s,Constraint_list *CL );
 371
 372 int empty_pair_wise ( Alignment *A, int *ns, int **l_s, Constraint_list *CL, int glocal);
 373
 374
 375 Pwfunc get_pair_wise_function (Pwfunc func, char *dp_mode, int *glocal);
 376
 377
 378
 379 char *build_consensus ( char *seq1, char *seq2, char *dp_mode);
 380 int fastal (int argv, char **arg);
 381
 382 int domain_pair_wise (Alignment *A,int*ns, int **l_s,Constraint_list *CL );
 383 Alignment *domain_match_list2aln ( Alignment *A,int *ns,int **l_s,int **ml, int nseq, int len);
 384 Alignment * domain_seq2domain (Constraint_list *CL,int scale,int gop,int gep,Alignment *SEQ_DOMAIN, Alignment *TARGET);
 385
 386
 387 int custom_pair_score_function1  (Constraint_list *CL, int s1, int r1, int s2, int r2);
 388 int custom_pair_score_function2  (Constraint_list *CL, int s1, int r1, int s2, int r2);
 389 int custom_pair_score_function3  (Constraint_list *CL, int s1, int r1, int s2, int r2);
 390 int custom_pair_score_function4  (Constraint_list *CL, int s1, int r1, int s2, int r2);
 391 int custom_pair_score_function5  (Constraint_list *CL, int s1, int r1, int s2, int r2);
 392 int custom_pair_score_function6  (Constraint_list *CL, int s1, int r1, int s2, int r2);
 393 int custom_pair_score_function7  (Constraint_list *CL, int s1, int r1, int s2, int r2);
 394 int custom_pair_score_function8  (Constraint_list *CL, int s1, int r1, int s2, int r2);
 395 int custom_pair_score_function9  (Constraint_list *CL, int s1, int r1, int s2, int r2);
 396 int custom_pair_score_function10 (Constraint_list *CL, int s1, int r1, int s2, int r2);
 397 int apdb (int argc, char *argv[]);
 398
 399 Constraint_list * set_constraint_list4align_pdb (Constraint_list *inCL,int seq, char *dp_mode, char *hasch_mode, char *param_file);
 400 int evaluate_ca_trace_sap2_bubble (Constraint_list *CL, int s1, int r1, int s2, int r2);
 401 int evaluate_ca_trace_nb (Constraint_list *CL, int s1, int s2, int r1, int r2);
 402 int evaluate_ca_trace_bubble (Constraint_list *CL, int s1, int s2, int r1, int r2);
 403 int evaluate_ca_trace_sap1_bubble (Constraint_list *CL, int s1, int s2, int r1, int r2);
 404 int evaluate_ca_trace_3D_bubble (Constraint_list *CL, int s1, int s2, int r1, int r2);
 405 int evaluate_ca_trace_transversal (Constraint_list *CL, int s1, int s2, int r1, int r2);
 406 int evaluate_ca_trace_bubble_2 (Constraint_list *CL, int s1, int s2, int r1, int r2);
 407 int evaluate_ca_trace_bubble_3 (Constraint_list *CL, int s1, int s2, int r1, int r2);
 408
 409
 410 /*********************************************************************************************/
 411 /*                                                                                           */
 412 /*         FUNCTIONS FOR COMPARING TWO NEIGHBORHOODS:START                                   */
 413 /*                                                                                           */
 414 /*********************************************************************************************/
 415 float matrix_match (Constraint_list *CL, int s1, int s2, int r1, int r2, Struct_nb *nbs1, Struct_nb *nbs2);
 416 float transversal_match (Constraint_list *CL, int s1, int s2, int r1, int r2, Struct_nb *nbs1, Struct_nb *nbs2);
 417 float neighborhood_match (Constraint_list *CL, int s1, int s2, int r1, int r2,Struct_nb *nbs1, Struct_nb *nbs2);
 418 float sap1_neighborhood_match (Constraint_list *CL, int s1, int s2, int r1, int r2, Struct_nb *nbs1, Struct_nb *nbs2);
 419 float sap2_neighborhood_match (Constraint_list *CL, int s1, int s2, int r1, int r2, Struct_nb *nbs1, Struct_nb *nbs2);
 420
 421
 422 /*********************************************************************************************/
 423 /*                                                                                           */
 424 /*         FUNCTIONS FOR COMPARING TWO NEIGHBORHOODS:END                                     */
 425 /*                                                                                           */
 426 /*********************************************************************************************/
 427 Alignment * analyse_pdb ( Alignment *A, Alignment *ST, char *filename);
 428 Alignment * msa2struc_dist ( Alignment *A, Alignment *ST, char *filename);
 429 float **** analyse_pdb_residues ( Alignment *A, Constraint_list *CL, Pdb_param *pdb_param);
 430
 431 float square_atom ( Atom *X);
 432 Atom* reframe_atom ( Atom *X, Atom*Y, Atom *Z, Atom *IN, Atom *R);
 433 Atom* add_atom ( Atom *A, Atom*B, Atom *R);
 434 Atom* diff_atom ( Atom *A, Atom*B, Atom *R);
 435 Atom * copy_atom ( Atom *A, Atom*R);
 436 /************************************************************************/
 437 /*                                                                      */
 438 /*                            NUSSINOV                                  */
 439 /*                                                                      */
 440 /************************************************************************/
 441 char *nussinov (char *S, int min_dist);
 442 char * rna_struc2rna_lib ( char *seq_name, char *seq, char *name);
 443 int display_rna_ss ( int pos, char *seq, char *struc, FILE *fp);
 444 int evaluate_aln_gibbs   ( Alignment *A, Constraint_list *CL);
 445 int evaluate_moca_domain ( Alignment *A, Constraint_list *CL);
 446 int moca_residue_pair_extended_list ( Constraint_list *CL, int s1, int r1, int s2, int r2);
 447 int moca_evaluate_matrix_score      ( Constraint_list *CL, int s1, int r1, int s2, int r2);
 448 int moca_slow_get_dp_cost ( Alignment *A, int**pos1, int ns1, int*list1, int col1, int**pos2, int ns2, int*list2, int col2, Constraint_list *CL);
 449
 450 int **cache_cl_with_moca_domain (Alignment *A, Constraint_list *CL);
 451 Alignment *make_moca_nol_aln ( Alignment *A, Constraint_list *CL);
 452 /*********************************************************************************************/
 453 /*                                                                                           */
 454 /*         DOMAIN Z SCORE EVALUATION                                                         */
 455 /*                                                                                           */
 456 /*********************************************************************************************/
 457
 458 int evaluate_domain_aln_z_score (Alignment *A, int start, int end,Constraint_list *CL, char *alphabet);
 459 int evaluate_domain_aln  ( Alignment *A, int start, int end,Constraint_list *CL);
 460
 461
 462
 463 int unpack_seq_residues ( int *s1, int *r1, int *s2, int *r2, int **packed_seq_lu);
 464 Alignment * unpack_seq_aln ( Alignment *A,Constraint_list *C);
 465 typedef struct
 466 {
 467   int N_COMPONENT;
 468   double *double_logB_alpha;
 469   double *exponant_list;
 470   double **ALPHA;
 471   double *DM_Q;
 472   double *alpha_tot;
 473   int n_aa;
 474   int tot_n;
 475 }
 476 Mixture;
 477
 478 double int_logB (int *i, int n);
 479 double float_logB (float *i, int n);
 480 double double_logB (double *x, int n);
 481 double *** make_lup_table ( Mixture *D);
 482 double  double_logB2(int j, double *n,Mixture *D);
 483 double compute_exponant ( double *n, int j, Mixture *D);
 484
 485 double *compute_matrix_p ( double *n,int Nseq);
 486 double* compute_dirichlet_p ( double *n,int Nseq);
 487 void precompute_log_B ( double *table,Mixture *D);
 488 double compute_X (double *n,int i,Mixture *D);
 489 Mixture *read_dirichlet ( char *name);
 490 int dirichlet_code( char aa);
 491
 492 double lgamma2 ( double x);
 493 double lgamma_r(double x, int *signgamp);
 494 /*********************************************************************************************/
 495 /*                                                                                           */
 496 /*         FUNCTIONS FOR EVALUATING THE CONSISTENCY BETWEEN ALN AND CL                       */
 497 /*                                                                                           */
 498 /*********************************************************************************************/
 499 Alignment * overlay_alignment_evaluation     ( Alignment *I, Alignment *O);
 500 Alignment * main_coffee_evaluate_output          ( Alignment *IN,Constraint_list *CL, const char *mode );
 501 int aln2ecl_raw_score (Alignment *A, Constraint_list *C);
 502 int sub_aln2ecl_raw_score (Alignment *A, Constraint_list *CL, int ns, int *ls);
 503 int sub_aln2sub_aln_raw_score ( Alignment *IN,Constraint_list *CL, const char *mode, int *ns, int **ls);
 504 int node2sub_aln_score(Alignment *A,Constraint_list *CL, char *mode, NT_node T);
 505 int sub_aln2sub_aln_score ( Alignment *IN,Constraint_list *CL, const char *mode, int *ns, int **ls);
 506 Alignment *  main_coffee_evaluate_output_sub_aln ( Alignment *IN,Constraint_list *CL, const char *mode, int *ns, int **ls);
 507
 508 Alignment * categories_evaluate_output               ( Alignment *IN,Constraint_list *CL);
 509 Alignment * matrix_evaluate_output               ( Alignment *IN,Constraint_list *CL);
 510 Alignment * sar_evaluate_output ( Alignment *IN,Constraint_list *CL);
 511 Alignment * boxshade_evaluate_output ( Alignment *IN,Constraint_list *CL, int T);
 512
 513 Alignment * fast_coffee_evaluate_output          ( Alignment *IN,Constraint_list *CL);
 514
 515 int slow_coffee_evaluate_sub_aln         ( Alignment *IN,int *ns, int **ls, Constraint_list *CL);
 516 Alignment * slow_coffee_evaluate_output          ( Alignment *IN,Constraint_list *CL);
 517 Alignment * non_extended_t_coffee_evaluate_output( Alignment *IN,Constraint_list *CL);
 518 Alignment * heuristic_coffee_evaluate_output     ( Alignment *IN,Constraint_list *CL);
 519 /*Old Function: To deprecate*/
 520 Alignment * coffee_evaluate_output ( Alignment *IN,Constraint_list *CL);
 521
 522 /*********************************************************************************************/
 523 /*                                                                                           */
 524 /*        PROFILE/PRofile Functions                                                          */
 525 /*                                                                                           */
 526 /*********************************************************************************************/
 527 Profile_cost_func get_profile_mode_function (char *name, Profile_cost_func func);
 528 int generic_evaluate_profile_score     (Constraint_list *CL,Alignment *Prf1, int s1, int r1, Alignment *Prf2, int s2, int r2, Profile_cost_func prf_prf);
 529 int cw_profile_profile     (int *prf1, int *prf2, Constraint_list *CL);
 530 int muscle_profile_profile     (int *prf1, int *prf2, Constraint_list *CL);
 531
 532 /*********************************************************************************************/
 533 /*                                                                                           */
 534 /*         FUNCTIONS FOR GETING THE COST : (Sequences) ->evaluate_residue_pair               */
 535 /*                                                                                           */
 536 /*********************************************************************************************/
 537 int evaluate_blast_profile_score (Constraint_list *CL, int s1, int r1, int s2, int r2);
 538 int evaluate_aln_profile_score   (Constraint_list *CL, int s1, int r1, int s2, int r2);
 539
 540 int evaluate_profile_score                         ( Constraint_list *CL,Alignment *Prf1, int s1, int r1, Alignment *Prf2, int s2, int r2);
 541 int evaluate_cdna_matrix_score                     ( Constraint_list *CL, int s1, int r1, int s2, int r2);
 542 int evaluate_diaa_matrix_score                     ( Constraint_list *CL, int s1, int r1, int s2, int r2);
 543 int evaluate_monoaa_matrix_score                   ( Constraint_list *CL, int s1, int r1, int s2, int r2);
 544 int evaluate_matrix_score                          ( Constraint_list *CL, int s1, int r1, int s2, int r2);
 545 int evaluate_tm_matrix_score                          ( Constraint_list *CL, int s1, int r1, int s2, int r2);
 546 int evaluate_ssp_matrix_score                          ( Constraint_list *CL, int s1, int r1, int s2, int r2);
 547 int evaluate_curvature_score                          ( Constraint_list *CL, int s1, int r1, int s2, int r2);
 548
 549 int evaluate_combined_matrix_score                 ( Constraint_list *CL, int s1, int r1, int s2, int r2);
 550 int evaluate_physico_score                         ( Constraint_list *CL, int s1, int r1, int s2, int r2);
 551 int residue_pair_non_extended_list                 ( Constraint_list *CL, int s1, int r1, int s2, int r2);
 552
 553 int residue_pair_extended_list4rna1                 ( Constraint_list *CL, int s1, int r1, int s2, int r2);
 554 int residue_pair_extended_list4rna2                 ( Constraint_list *CL, int s1, int r1, int s2, int r2);
 555 int residue_pair_extended_list4rna3                 ( Constraint_list *CL, int s1, int r1, int s2, int r2);
 556 int residue_pair_extended_list4rna4                 ( Constraint_list *CL, int s1, int r1, int s2, int r2);
 557 int residue_pair_extended_list4rna                  ( Constraint_list *CL, Constraint_list *R, int s1, int r1, int s2, int r2);
 558
 559 int residue_pair_extended_list_raw                     ( Constraint_list *CL, int s1, int r1, int s2, int r2);
 560 int residue_pair_extended_list_pc                     ( Constraint_list *CL, int s1, int r1, int s2, int r2);
 561 int residue_pair_extended_list                     ( Constraint_list *CL, int s1, int r1, int s2, int r2);
 562
 563
 564
 565
 566 int residue_pair_extended_list_g_coffee_quadruplet ( Constraint_list *CL, int s1, int r1, int s2, int r2);
 567 int residue_pair_extended_list_g_coffee            ( Constraint_list *CL, int s1, int r1, int s2, int r2);
 568 int residue_pair_extended_list_quadruplet          ( Constraint_list *CL, int s1, int r1, int s2, int r2);
 569 int residue_pair_extended_list_mixt                ( Constraint_list *CL, int s1, int r1, int s2, int r2);
 570 int residue_pair_test_function                     ( Constraint_list *CL, int s1, int r1, int s2, int r2);
 571 int extend_residue_pair                            ( Constraint_list *CL, int s1, int r1, int s2, int r2);
 572
 573 int residue_pair_relative_extended_list ( Constraint_list *CL, int s1, int r1, int s2, int r2 );
 574 /*********************************************************************************************/
 575 /*                                                                                           */
 576 /*         FUNCTIONS FOR GETTING THE PW COST :  CL->get_dp_cost                                     */
 577 /*                                                                                           */
 578 /*********************************************************************************************/
 579 int get_dp_cost_blosum_matrix (Alignment *A, int**pos1, int ns1, int*list1, int col1, int**pos2, int ns2, int*list2, int col2, Constraint_list *CL);
 580 int get_dp_cost_pam_matrix (Alignment *A, int**pos1, int ns1, int*list1, int col1, int**pos2, int ns2, int*list2, int col2, Constraint_list *CL);
 581 int get_dp_cost_pw_matrix (Alignment *A, int**pos1, int ns1, int*list1, int col1, int**pos2, int ns2, int*list2, int col2, Constraint_list *CL);
 582
 583 int get_cdna_best_frame_dp_cost ( Alignment *A, int**pos1, int ns1, int*list1, int col1, int**pos2, int ns2, int*list2, int col2, Constraint_list *CL);
 584 int get_dp_cost                 ( Alignment *A, int**pos1, int ns1, int*list1, int col1, int**pos2, int ns2, int*list2, int col2, Constraint_list *CL);
 585 int get_dp_cost_quadruplet      ( Alignment *A, int**pos1, int ns1, int*list1, int col1, int**pos2, int ns2, int*list2, int col2, Constraint_list *CL);
 586
 587
 588 int very_fast_get_dp_cost       ( Alignment *A, int**pos1, int ns1, int*list1, int col1, int**pos2, int ns2, int*list2, int col2, Constraint_list *CL);
 589
 590 int cw_profile_get_dp_cost ( Alignment *A, int**pos1, int ns1, int*list1, int col1, int**pos2, int ns2, int*list2, int col2, Constraint_list *CL);
 591 int cw_profile_get_dp_cost_window ( Alignment *A, int**pos1, int ns1, int*list1, int col1, int**pos2, int ns2, int*list2, int col2, Constraint_list *CL);
 592
 593 int consensus_get_dp_cost ( Alignment *A, int**pos1, int ns1, int*list1, int col1, int**pos2, int ns2, int*list2, int col2, Constraint_list *CL);
 594
 595 int fast_get_dp_cost            ( Alignment *A, int**pos1, int ns1, int*list1, int col1, int**pos2, int ns2, int*list2, int col2, Constraint_list *CL);
 596 int fast_get_dp_cost_2          ( Alignment *A, int**pos1, int ns1, int*list1, int col1, int**pos2, int ns2, int*list2, int col2, Constraint_list *CL);
 597 int fast_get_dp_cost_3          ( Alignment *A, int**pos1, int ns1, int*list1, int col1, int**pos2, int ns2, int*list2, int col2, Constraint_list *CL);
 598
 599 int fast_get_dp_cost_quadruplet ( Alignment *A, int**pos1, int ns1, int*list1, int col1, int**pos2, int ns2, int*list2, int col2, Constraint_list *CL);
 600
 601 int check_fast_profile_mode    (Alignment *A, int ns1,int *list1,int ns2, int *list2, Constraint_list *CL);
 602 int check_fast_mode    (Alignment *A, int ns1,int *list1,int ns2, int *list2, Constraint_list *CL);
 603
 604
 605 int slow_get_dp_cost            ( Alignment *A, int**pos1, int ns1, int*list1, int col1, int**pos2, int ns2, int*list2, int col2, Constraint_list *CL);
 606 int slow_get_dp_cost_pc         ( Alignment *A, int**pos1, int ns1, int*list1, int col1, int**pos2, int ns2, int*list2, int col2, Constraint_list *CL);
 607 int slow_get_dp_cost_test       ( Alignment *A, int**pos1, int ns1, int*list1, int col1, int**pos2, int ns2, int*list2, int col2, Constraint_list *CL);
 608
 609 int sw_get_dp_cost              ( Alignment *A, int**pos1, int ns1, int*list1, int col1, int**pos2, int ns2, int*list2, int col2, Constraint_list *CL);
 610 int get_domain_dp_cost          ( Alignment *A, int**pos1, int ns1, int*list1, int col1, int**pos2, int ns2, int*list2, int col2,Constraint_list *CL , int scale , int gop, int gep);
 611
 612 /*********************************************************************************************/
 613 /*                                                                                           */
 614 /*         FUNCTIONS FOR ANALYSING AL OR MATRIX                                              */
 615 /*                                                                                           */
 616 /*********************************************************************************************/
 617 float ** initialise_aa_physico_chemical_property_table (int *n);
 618 int aln2n_res ( Alignment *A, int start, int end);
 619 float get_gop_scaling_factor ( int **matrix,float id, int l1, int l2);
 620 float get_avg_matrix_mm ( int **matrix, char *alphabet);
 621 float get_avg_matrix_match ( int **matrix, char *alphabet);
 622 float get_avg_matrix_diff ( int **matrix1,int **matrix2, char *alphabet);
 623 float measure_matrix_enthropy (int **matrix,char *alphabet);
 624 float measure_matrix_pos_avg (int **matrix,char *alphabet);
 625 float evaluate_random_match (char *matrix, int n, int len,char *alp);
 626 float compare_two_mat (char  *mat1,char*mat2, int n, int len,char *alp);
 627 float compare_two_mat_array (int  **matrix1,int **matrix2, int n, int len,char *alp);
 628 int ** rescale_two_mat (char  *mat1,char*mat2, int n, int len,char *alp);
 629 int ** rescale_matrix ( int **mat, float lambda, char *alp);
 630 int **mat2inverted_mat (int **matrix, char *alp);
 631 void output_matrix_header ( char *name, int **matrix, char *alp);
 632 float evaluate_random_match2 (int **matrix, int n, int len,char *alp);
 633 float measure_lambda2(char  *mat1,char*mat2, int n, int len,char *alp);
 634 float measure_lambda(char  *mat1,char*mat2, int n, int len,char *alp);
 635 Constraint_list * choose_extension_mode ( char *extend_mode, Constraint_list *CL);
 636 int ** combine_two_matrices ( int **mat1, int **mat2);
 637 /*********************************************************************************************/
 638 /*                                                                                           */
 639 /*         OFF THE SHELVES EVALUATION                                              */
 640 /*                                                                                           */
 641 /*********************************************************************************************/
 642 float  sum_pair ( Alignment*A,char *mat_name, int gap_op, int gap_ext);
 643 int lat_sum_pair (Alignment *A, char *mat);
 644 int ** show_pair(int istart, int iend, int jstart, int jend, int *seqlen_array, char **seq_array, int dna_ktup, int dna_window, int dna_wind_gap, int dna_signif,int prot_ktup, int prot_window,int prot_wind_gap,int prot_signif, int nseqs,int dnaflag, int max_aa, int max_aln_length  );
 645 /*By convention, 0: START, 1: END*/
 646
 647 struct Hmm
 648 {
 649
 650   double freeT;           /*Free transition*/
 651   double forbiden;        /*Forbiden transition*/
 652   int start;              /*start, by convention: 0*/
 653   int end;                /*end, by convention: 1*/
 654
 655   int nS;                 /*Number of states*/
 656   int order;
 657   struct HmmState  **S;   /*State List*/
 658
 659   /*Bounded HMM*/
 660   double **T;             /*Transition matrix*/
 661   int **fromM;            /*For any sate s, fromM[0]->number of states leading to s*/
 662   int **toM;              /*For any sate s, toM[0]->number of s can go to*/
 663                           /*End and Start are NOT included in toM and FromM*/
 664
 665
 666 };
 667 typedef struct Hmm Hmm;
 668
 669 struct HmmAln
 670 {
 671   Hmm *H;
 672   int *state_list;
 673 };
 674 typedef struct HmmAln HmmAln;
 675
 676 typedef double (*Generic_em_func)(struct Hmm*, struct HmmState*, int);
 677
 678 struct HmmState
 679 {
 680 char name[100];
 681 int state;
 682 int DJ;
 683 int DI;
 684
 685   /*Pair HMM*/
 686 double em;
 687 Col_cost_func em_func;
 688
 689   /*Linear HMM*/
 690 double *em2;
 691 Generic_em_func em_func2;
 692 int nT;
 693 struct StateTrans **T;
 694 };
 695 typedef struct HmmState HmmState;
 696
 697 struct StateTrans
 698 {
 699   char name[101];
 700   double tr;
 701 };
 702 typedef struct StateTrans StateTrans;
 703
 704 struct MatState
 705 {
 706   int i;
 707   int j;
 708   int st;
 709   int pst;
 710   double sc;
 711   struct MatState *n;
 712   struct MatState *p;
 713   struct MatState *m; /*memory*/
 714   struct MatState *s; /*memory of the start point*/
 715   /*Heap Mamagement: Never copy*/
 716   struct MatState *Hn;/*Heap Next*/
 717   struct MatState *Hp;/*Heap Previous*/
 718
 719   struct MatState *Mn;/*Marked Heap section*/
 720   struct MatState *Mp;/*Marked Heap Section*/
 721   int free;
 722 };
 723 typedef struct MatState MatState;
 724
 725
 726 /*********************************************************************************/
 727 /*                                                                               */
 728 /*                                                                               */
 729 /*                     simple HMM: Viterbi                                       */
 730 /*                                                                               */
 731 /*                                                                               */
 732 /*********************************************************************************/
 733 int seq_viterbi_pair_wise (Alignment *A,int*ns, int **ls,Constraint_list *CL);
 734
 735 /*********************************************************************************/
 736 /*                                                                               */
 737 /*                                                                               */
 738 /*                     HMM: Viterbi                                              */
 739 /*                                                                               */
 740 /*                                                                               */
 741 /*********************************************************************************/
 742
 743 int viterbi_pair_wise_OLD (Alignment *A,int*ns, int **ls,Constraint_list *CL);
 744 Alignment * viterbipath2aln (Alignment *A, int *ns,int **ls,int *tb, Hmm *H);
 745 double*** viterbi_hmm (Alignment *A,int *ns, int **ls, Hmm *H, Constraint_list *CL);
 746 int * viterbi2path (int l1,int l2, Hmm *H, double ***M);
 747 /*********************************************************************************/
 748 /*                                                                               */
 749 /*                                                                               */
 750 /*                      HMM modeling                                             */
 751 /*                                                                               */
 752 /*                                                                               */
 753 /*********************************************************************************/
 754 int viterbiL_pair_wise (Alignment *A,int*ns, int **ls,Constraint_list *CL);
 755 MatState* RviterbiL_hmm (Alignment *A,int *ns, int **ls, Hmm *H, Constraint_list *CL,MatState *S, MatState *E);
 756 MatState* viterbiL_hmm (Alignment *A,int *ns, int **ls, Hmm *H, Constraint_list *CL, MatState *S, MatState *E);
 757
 758 int viterbiD_pair_wise (Alignment *A,int*ns, int **ls,Constraint_list *CL);
 759 double lu_RviterbiD_hmm (Alignment *A,int *ns, int **ls, Hmm *H, Constraint_list *CL,MatState *S, MatState *E, int **seg_list);
 760 MatState* RviterbiD_hmm (Alignment *A,int *ns, int **ls, Hmm *H, Constraint_list *CL,MatState *S, MatState *E, int **seg_list);
 761 MatState* viterbiD_hmm (Alignment *A,int *ns, int **ls, Hmm *H, Constraint_list *CL, MatState *S, MatState *E, int **seg_list);
 762 int **seglist2table ( int **seglist,int l1, int l2);
 763 int *seglist2line ( int **seglist, int line, int start, int end);
 764 int * traceback (Alignment *A,int *ns, int **ls, Hmm *H, Constraint_list *CL,MatState *S, MatState *E, int **seg_list);
 765
 766 int viterbiDGL_pair_wise (Alignment *A,int*ns, int **ls,Constraint_list *CL);
 767 double lu_RviterbiDGL_hmm (Alignment *A,int *ns, int **ls, Hmm *H, Constraint_list *CL,MatState *S, MatState *E, int **seg_list);
 768 MatState* RviterbiDGL_hmm (Alignment *A,int *ns, int **ls, Hmm *H, Constraint_list *CL,MatState *S, MatState *E, int **seg_list);
 769 MatState* viterbiDGL_hmm (Alignment *A,int *ns, int **ls, Hmm *H, Constraint_list *CL,MatState *S, MatState *E, int **seg_list);
 770
 771
 772 /*********************************************************************************/
 773 /*                                                                               */
 774 /*                                                                               */
 775 /*                      HMM modeling                                             */
 776 /*                                                                               */
 777 /*                                                                               */
 778 /*********************************************************************************/
 779 int MatStateAreIdentical (MatState*I, MatState*O);
 780 int MaxDeltaMatState (MatState*I, MatState*O);
 781 int MinDeltaMatState (MatState*I, MatState*O);
 782
 783 MatState * ManageMatState(int Mode, MatState *C);
 784 MatState* CopyMatState ( MatState*I, MatState*O);
 785
 786 Hmm* read_hmm(char *file);
 787 Hmm* declare_hmm(int n);
 788 Hmm* free_Hmm(Hmm*H);
 789 void DisplayHmm ( Hmm *H);
 790
 791 /*********************************************************************************/
 792 /*                                                                               */
 793 /*                                                                               */
 794 /*                      HMM Models                                               */
 795 /*                                                                               */
 796 /*                                                                               */
 797 /*********************************************************************************/
 798 Hmm* define_two_mat_model(Constraint_list *CL);
 799 Hmm* define_probcons_model(Constraint_list *CL);
 800 Hmm* define_simple_model(Constraint_list *CL);
 801
 802 Hmm * bound_hmm ( Hmm *H);
 803 Sequence *pavie_seq2random_seq (Sequence *S, char *subst);
 804 double **pavie_seq2pavie_aln(Sequence *S,char *mat, char *mode);
 805 Alignment *pavie_seq2pavie_sort ( Sequence *S, char *mat, char *mode);
 806 Alignment* pavie_seq2pavie_msa  ( Sequence *S, char *mat, char *mode);
 807 NT_node pavie_seq2pavie_tree ( Sequence *S, char *mat, char *mode);
 808 int **pavie_seq2trained_pavie_mat(Sequence *S, char *param);
 809 int pavie_pair_wise (Alignment *A,int *ns, int **l_s,Constraint_list *CL );
 810 Sequence *pavie_seq2noisy_seq (Sequence *S, int val,char *subst);
 811 /*********************************COPYRIGHT NOTICE**********************************/
 812 /*© Centro de Regulacio Genomica */
 813 /*and */
 814 /*Cedric Notredame */
 815 /*Tue Oct 27 10:12:26 WEST 2009. */
 816 /*All rights reserved.*/
 817 /*This file is part of T-COFFEE.*/
 818 /**/
 819 /*    T-COFFEE is free software; you can redistribute it and/or modify*/
 820 /*    it under the terms of the GNU General Public License as published by*/
 821 /*    the Free Software Foundation; either version 2 of the License, or*/
 822 /*    (at your option) any later version.*/
 823 /**/
 824 /*    T-COFFEE is distributed in the hope that it will be useful,*/
 825 /*    but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of*/
 826 /*    MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the*/
 827 /*    GNU General Public License for more details.*/
 828 /**/
 829 /*    You should have received a copy of the GNU General Public License*/
 830 /*    along with Foobar; if not, write to the Free Software*/
 831 /*    Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307  USA*/
 832 /*...............................................                                                                                      |*/
 833 /*  If you need some more information*/
 834 /*  cedric.notredame@europe.com*/
 835 /*...............................................                                                                                                                                     |*/
 836 /**/
 837 /**/
 838 /*      */
 839 /*********************************COPYRIGHT NOTICE**********************************/