binaries/src/tcoffee/t_coffee_source/fast_tree_header.h

   1 /*!
   2  * Node of a Tree
   3  */
   4 typedef struct
   5 {
   6         ///number of this node
   7         int name;
   8         ///left child
   9         int left;
  10         ///right child
  11         int right;
  12 //  ///weight of the node
  13 //      double weight;
  14         ///position of the leafs during construction
  15         int *index;
  16         ///position of...
  17         int *index2;
  18         ///number of leafes below this node
  19         int num_leafs;
  20 }
  21 Tree_fastal;
  22
  23
  24
  25 /*!
  26  * Saves all important paramters for the PartTree algorithm
  27  *
  28  */
  29 typedef struct
  30 {
  31         ///Size of the ktup
  32         short ktup;
  33         ///power
  34         short ng;
  35         ///number of possible ktup
  36         int tsize;
  37         ///subgroup size
  38         int subgroup;
  39         ///File with the ktup tables
  40         FILE *ktup_table_f;
  41         ///Index of the positions in the ktup file
  42         long *ktup_positions;
  43         ///number of sequences
  44         int num_sequences;
  45         ///length of the sequences
  46         int *seq_lengths;
  47         ///threshold for filter
  48         double threshold;
  49         /*! \brief An Integer array to save the tree
  50         *
  51         * Always three fields in this array belong together. The first two denote the number of the children the third one the number of the current node.
  52         */
  53         Tree_fastal *tree;
  54         /// Current position in the tree
  55         int pos_tree;
  56 }
  57 PartTree_param;
  58
  59
  60
  61 //*******************************   METHODS   ***********************************
  62
  63
  64 //*********** ktup-distance ***************
  65 void makepointtable_fast(int *coded_seq, int ktup, int ng, int length);
  66 int makecompositiontable_fastal(FILE* tables_f, int *table, int *pointt, int length);
  67 void get_table(short *table, FILE *tables, long index);
  68
  69
  70
  71 void make_fast_tree(char *file_name, int n, int ktup);
  72 int make_pos_len_index_of_file(char *file_name, char *ktable_f, long **file_positions, int **seq_lengths, int ktup, char* type);
  73 // void ktup_one2all(FILE *seq_f, int* file_positions, int *least_similar);
  74
  75
  76 int **make_distance_matrix(FILE *table_f, long *file_positions, int *sequence_group, int number, int **dist_mat);
  77 int euclidean_dist(FILE* ktup_f, long pos1, long pos2, short *table1, short *table2, int length);
  78 int euclidean_dist_half(FILE* ktup_f, long pos2, short *table1, short *table2, int length);
  79
  80 void partTree_r(PartTree_param *param_set);
  81
  82
  83 int filter(int *sequence_group, int **dist_mat, int *seed_set_cleaned, PartTree_param *param_set);
  84 /*********************************COPYRIGHT NOTICE**********************************/
  85 /*© Centro de Regulacio Genomica */
  86 /*and */
  87 /*Cedric Notredame */
  88 /*Tue Oct 27 10:12:26 WEST 2009. */
  89 /*All rights reserved.*/
  90 /*This file is part of T-COFFEE.*/
  91 /**/
  92 /*    T-COFFEE is free software; you can redistribute it and/or modify*/
  93 /*    it under the terms of the GNU General Public License as published by*/
  94 /*    the Free Software Foundation; either version 2 of the License, or*/
  95 /*    (at your option) any later version.*/
  96 /**/
  97 /*    T-COFFEE is distributed in the hope that it will be useful,*/
  98 /*    but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of*/
  99 /*    MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the*/
 100 /*    GNU General Public License for more details.*/
 101 /**/
 102 /*    You should have received a copy of the GNU General Public License*/
 103 /*    along with Foobar; if not, write to the Free Software*/
 104 /*    Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307  USA*/
 105 /*...............................................                                                                                      |*/
 106 /*  If you need some more information*/
 107 /*  cedric.notredame@europe.com*/
 108 /*...............................................                                                                                                                                     |*/
 109 /**/
 110 /**/
 111 /*      */
 112 /*********************************COPYRIGHT NOTICE**********************************/