binaries/src/tcoffee/t_coffee_source/pb_util_read_seq_util.c

   1 #include <stdlib.h>
   2 #include <stdio.h>
   3 #include <string.h>
   4 #include <errno.h>
   5 #include <stdarg.h>
   6 #include <ctype.h>
   7
   8 #include "io_lib_header.h"
   9 #include "util_lib_header.h"
  10 #include "define_header.h"
  11
  12
  13 /*
  14 *       Prototypes
  15 */
  16
  17
  18 void            fatal(char *,...);
  19 void            error(char *,...);
  20 void            warning(char *,...);
  21 char            *rtrim(char *);
  22 char            *blank_to_(char *);     /* DES change blanks to _ */
  23 char            *upstr(char *);
  24 char            *lowstr(char *);
  25 void            getstr(char *,char *);
  26 double          getreal(char *,double,double,double);
  27 int             getint(char *,int,int,int);
  28 void            do_system(void);
  29 Boolean         linetype(char *,char *);
  30 Boolean         blankline(char *);
  31 void            get_path(char *,char *);
  32
  33 /*
  34 *       ckalloc()
  35 *
  36 *       Tries to allocate "bytes" bytes of memory. Exits program if failed.
  37 *       Return value:
  38 *               Generic pointer to the newly allocated memory.
  39 */
  40
  41 void *ckalloc(size_t bytes)
  42 {
  43         register void *ret;
  44         extern void *vcalloc (size_t nelem, size_t elsize);
  45
  46         if( (ret = vcalloc(bytes, sizeof(char))) == NULL)
  47 /*
  48         if( (ret = vmalloc(bytes)) == NULL)
  49 */
  50                 fatal("Out of memory\n");
  51         else
  52                 return ret;
  53         return ret;
  54 }
  55
  56 /*
  57 *       ckvrealloc()
  58 *
  59 *       Tries to vreallocate "bytes" bytes of memory. Exits program if failed.
  60 *       Return value:
  61 *               Generic pointer to the re-allocated memory.
  62 */
  63
  64 void *ckvrealloc(void *ptr, size_t bytes)
  65 {
  66         register void *ret;
  67         extern void *vrealloc (void *ptr, size_t size);
  68
  69         if( (ret = vrealloc(ptr, bytes)) == NULL)
  70                 fatal("Out of memory\n");
  71         else
  72                 return ret;
  73         return ret;
  74 }
  75
  76 /*
  77 *       ckfree()
  78 *
  79 *       Tries to free memory allocated by ckalloc.
  80 *       Return value:
  81 *               None.
  82 */
  83
  84 void ckfree(void *ptr)
  85 {
  86         vfree(ptr);
  87 }
  88
  89
  90 /*
  91 *       fatal()
  92 *
  93 *       Prints error msg to stderr and exits.
  94 *       Variadic parameter list can be passed.
  95 *
  96 *       Return values:
  97 *               none
  98 */
  99
 100 void fatal( char *msg,...)
 101 {
 102         va_list ap;
 103
 104         va_start(ap,msg);
 105         fprintf(stderr,"\n\nFATAL ERROR: ");
 106         vfprintf(stderr,msg,ap);
 107         fprintf(stderr,"\n\n");
 108         va_end(ap);
 109         myexit(EXIT_FAILURE);
 110 }
 111
 112 /*
 113 *       error()
 114 *
 115 *       Prints error msg to stderr.
 116 *       Variadic parameter list can be passed.
 117 *
 118 *       Return values:
 119 *               none
 120 */
 121
 122 void error( char *msg,...)
 123 {
 124         va_list ap;
 125
 126         va_start(ap,msg);
 127         fprintf(stderr,"\n\nERROR: ");
 128         vfprintf(stderr,msg,ap);
 129         fprintf(stderr,"\n\n");
 130         va_end(ap);
 131 }
 132
 133 /*
 134 *       warning()
 135 *
 136 *       Prints warning msg to stderr.
 137 *       Variadic parameter list can be passed.
 138 *
 139 *       Return values:
 140 *               none
 141 */
 142
 143 void warning( char *msg,...)
 144 {
 145         va_list ap;
 146
 147         va_start(ap,msg);
 148         fprintf(stderr,"\n\nWARNING: ");
 149         vfprintf(stderr,msg,ap);
 150         fprintf(stderr,"\n\n");
 151         va_end(ap);
 152 }
 153
 154
 155 /*
 156 *       rtrim()
 157 *
 158 *       Removes trailing blanks from a string
 159 *
 160 *       Return values:
 161 *               Pointer to the processed string
 162 */
 163
 164 char * rtrim(char *str)
 165 {
 166         register int p;
 167
 168         p = strlen(str) - 1;
 169
 170         while ( isspace(str[p]) )
 171                 p--;
 172
 173         str[p + 1] = EOS;
 174
 175         return str;
 176 }
 177
 178
 179 /*
 180 *       blank_to_()
 181 *
 182 *       Replace blanks in a string with underscores
 183 *
 184 *       Also replaces , ; : ( or ) with _
 185 *
 186 *       Return value:
 187 *               Pointer to the processed string
 188 */
 189
 190 char * blank_to_(char *str)
 191 {
 192         int i,p;
 193
 194
 195         p = strlen(str) - 1;
 196         for(i=0;i<=p;i++)
 197           {
 198             if( strrchr(";,():",str[i]))str[i]='_';
 199             else if (isspace(str[i]));
 200           }
 201         return str;
 202 }
 203
 204
 205 /*
 206 *       upstr()
 207 *
 208 *       Converts string str to uppercase.
 209 *       Return values:
 210 *               Pointer to the converted string.
 211 */
 212
 213 char * upstr(char *str)
 214 {
 215         register char *s = str;
 216
 217         while( (*s = toupper(*s)) )
 218                 s++;
 219
 220         return str;
 221 }
 222
 223 /*
 224 *       lowstr()
 225 *
 226 *       Converts string str to lower case.
 227 *       Return values:
 228 *               Pointer to the converted string.
 229 */
 230
 231 char * lowstr(char *str)
 232 {
 233         register char *s = str;
 234
 235         while( (*s = tolower(*s)) )
 236                 s++;
 237
 238         return str;
 239 }
 240
 241 void getstr(char *instr,char *outstr)
 242 {
 243         fprintf(stdout,"%s: ",instr);
 244         fgets(outstr, 100, stdin);
 245 }
 246
 247 double getreal(char *instr,double minx,double maxx,double def)
 248 {
 249         int status;
 250         double ret;
 251         char line[MAXLINE];
 252
 253         while(TRUE) {
 254                 fprintf(stdout,"%s (%.1lf-%.1lf)   [%.1lf]: ",instr,minx,maxx,def);
 255                 fgets(line, MAXLINE, stdin);
 256                 status=sscanf(line,"%lf",&ret);
 257                 if(status == EOF) return def;
 258                 if(ret>maxx) {
 259                         fprintf(stderr,"ERROR: Max. value=%.1lf\n\n",maxx);
 260                         continue;
 261                 }
 262                 if(ret<minx) {
 263                         fprintf(stderr,"ERROR: Min. value=%.1lf\n\n",minx);
 264                         continue;
 265                 }
 266                 break;
 267         }
 268         return ret;
 269 }
 270
 271
 272 int getint(char *instr,int minx,int maxx, int def)
 273 {
 274         int ret,status;
 275         char line[MAXLINE];
 276
 277         while(TRUE) {
 278                 fprintf(stdout,"%s (%d..%d)    [%d]: ",
 279                 instr,(pint)minx,(pint)maxx,(pint)def);
 280                 fgets(line, MAXLINE, stdin);
 281                 status=sscanf(line,"%d",&ret);
 282                 if(status == EOF) return def;
 283                 if(ret>maxx) {
 284                         fprintf(stderr,"ERROR: Max. value=%d\n\n",(pint)maxx);
 285                         continue;
 286                 }
 287                 if(ret<minx) {
 288                         fprintf(stderr,"ERROR: Min. value=%d\n\n",(pint)minx);
 289                         continue;
 290                 }
 291                 break;
 292         }
 293         return ret;
 294 }
 295
 296 void do_system()
 297 {
 298         char line[MAXLINE];
 299
 300         getstr("\n\nEnter system command",line);
 301         if(*line != EOS)
 302                 system(line);
 303         fprintf(stdout,"\n\n");
 304 }
 305
 306
 307 Boolean linetype(char *line,char *code)
 308 {
 309         return( strncmp(line,code,strlen(code)) == 0 );
 310 }
 311
 312 Boolean blankline(char *line)
 313 {
 314         int i;
 315
 316         for(i=0;line[i]!='\n' && line[i]!=EOS;i++) {
 317                 if( isdigit(line[i]) ||
 318                     isspace(line[i]) ||
 319                     (line[i] == '*') ||
 320                     (line[i] == '.'))
 321                         ;
 322                 else
 323                         return FALSE;
 324         }
 325         return TRUE;
 326 }
 327
 328
 329 void get_path(char *str,char *path)
 330 {
 331         register int i;
 332
 333         strcpy(path,str);
 334         for(i=strlen(path)-1;i>-1;--i) {
 335                 if(str[i]==DIRDELIM) {
 336                         i = -1;
 337                         break;
 338                 }
 339                 if(str[i]=='.') break;
 340         }
 341         if(i<0)
 342                 strcat(path,".");
 343         else
 344                 path[i+1]=EOS;
 345 }
 346 /*********************************COPYRIGHT NOTICE**********************************/
 347 /*© Centro de Regulacio Genomica */
 348 /*and */
 349 /*Cedric Notredame */
 350 /*Tue Oct 27 10:12:26 WEST 2009. */
 351 /*All rights reserved.*/
 352 /*This file is part of T-COFFEE.*/
 353 /**/
 354 /*    T-COFFEE is free software; you can redistribute it and/or modify*/
 355 /*    it under the terms of the GNU General Public License as published by*/
 356 /*    the Free Software Foundation; either version 2 of the License, or*/
 357 /*    (at your option) any later version.*/
 358 /**/
 359 /*    T-COFFEE is distributed in the hope that it will be useful,*/
 360 /*    but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of*/
 361 /*    MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the*/
 362 /*    GNU General Public License for more details.*/
 363 /**/
 364 /*    You should have received a copy of the GNU General Public License*/
 365 /*    along with Foobar; if not, write to the Free Software*/
 366 /*    Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307  USA*/
 367 /*...............................................                                                                                      |*/
 368 /*  If you need some more information*/
 369 /*  cedric.notredame@europe.com*/
 370 /*...............................................                                                                                                                                     |*/
 371 /**/
 372 /**/
 373 /*      */
 374 /*********************************COPYRIGHT NOTICE**********************************/