binaries/src/tcoffee/t_coffee_source/util_analyse_constraints_list.c

   1 #include <stdlib.h>
   2 #include <stdio.h>
   3 #include <math.h>
   4 #include <stdarg.h>
   5 #include <string.h>
   6
   7 #include "io_lib_header.h"
   8 #include "util_lib_header.h"
   9 #include "define_header.h"
  10
  11
  12 void print_list(Constraint_list *CL)
  13      {
  14
  15      fprintf ( stderr, "\nPRINT LIST");
  16      output_list ( CL, stderr);
  17      }
  18 void save_full_list (Constraint_list *CL, char*fname)
  19      {
  20      FILE *fp;
  21      fp=vfopen ( fname, "w");
  22      fp=output_list ( CL, fp);
  23      fclose ( fp);
  24      }
  25 FILE * output_list ( Constraint_list *CL, FILE *fp)
  26      {
  27      int a;
  28
  29      fprintf ( fp, "\nPRINT LIST: %d Elements\n", CL->ne);
  30      for ( a=0; a<CL->ne; a++)fp=output_pair(CL, a, fp);
  31      fprintf (fp, "\n");
  32      return fp;
  33      }
  34 FILE * output_pair (Constraint_list *CL,int p, FILE *fp)
  35         {
  36         int a;
  37         fprintf (fp, "\n");
  38         for ( a=0; a<CL->entry_len; a++)
  39                 {
  40                 fprintf (fp, "%4d ", vread_clist(CL,p,a));
  41                 }
  42         return fp;
  43         }
  44 void print_pair (Constraint_list *CL,int p)
  45         {
  46         int a;
  47         fprintf ( stderr, "\n");
  48         for ( a=0; a<CL->entry_len; a++)
  49                 {
  50                 fprintf ( stderr, "%d ", vread_clist(CL,p,a));
  51                 }
  52         fprintf ( stderr, "\n");
  53         }
  54
  55 int** bin_list (Constraint_list *CL,int field, int Threshold)
  56         {
  57         int  a, c;
  58         int max;
  59         int **bin_list;
  60         CLIST_TYPE x;
  61
  62         max=return_max_constraint_list (CL, CONS);
  63
  64         bin_list=declare_int (max+1, 5);
  65         for (c=0,a=0; a<(CL->ne); a++)
  66             if ( vread_clist(CL,a,field)!=UNDEFINED && vread_clist(CL,a,field)>Threshold )
  67                 {
  68                 x=vread_clist(CL,a,CONS);
  69                 bin_list[x][0]=x;
  70                 bin_list[x][1]++;
  71                 bin_list[x][2]+=vread_clist(CL, a, field);
  72                 c++;
  73                 }
  74
  75         for ( a=0; a<= max; a++)
  76             {
  77             if (bin_list[a][0]>0)
  78                 {
  79                 bin_list[a][3]=bin_list[a][2]/bin_list[a][1];
  80                 bin_list[a][4]=(a==0)?0:(bin_list[a][3]/a);
  81                 }
  82             }
  83
  84         return bin_list;
  85         }
  86
  87 /*********************************COPYRIGHT NOTICE**********************************/
  88 /*© Centro de Regulacio Genomica */
  89 /*and */
  90 /*Cedric Notredame */
  91 /*Tue Oct 27 10:12:26 WEST 2009. */
  92 /*All rights reserved.*/
  93 /*This file is part of T-COFFEE.*/
  94 /**/
  95 /*    T-COFFEE is free software; you can redistribute it and/or modify*/
  96 /*    it under the terms of the GNU General Public License as published by*/
  97 /*    the Free Software Foundation; either version 2 of the License, or*/
  98 /*    (at your option) any later version.*/
  99 /**/
 100 /*    T-COFFEE is distributed in the hope that it will be useful,*/
 101 /*    but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of*/
 102 /*    MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the*/
 103 /*    GNU General Public License for more details.*/
 104 /**/
 105 /*    You should have received a copy of the GNU General Public License*/
 106 /*    along with Foobar; if not, write to the Free Software*/
 107 /*    Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307  USA*/
 108 /*...............................................                                                                                      |*/
 109 /*  If you need some more information*/
 110 /*  cedric.notredame@europe.com*/
 111 /*...............................................                                                                                                                                     |*/
 112 /**/
 113 /**/
 114 /*      */
 115 /*********************************COPYRIGHT NOTICE**********************************/