engine/compbio/engine/client/ConfiguredExecutable.java

   1 /* Copyright (c) 2009 Peter Troshin\r
   2  *  \r
   3  *  JAva Bioinformatics Analysis Web Services (JABAWS) @version: 1.0     \r
   4  * \r
   5  *  This library is free software; you can redistribute it and/or modify it under the terms of the\r
   6  *  Apache License version 2 as published by the Apache Software Foundation\r
   7  * \r
   8  *  This library is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT ANY WARRANTY; without\r
   9  *  even the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the Apache \r
  10  *  License for more details.\r
  11  * \r
  12  *  A copy of the license is in apache_license.txt. It is also available here:\r
  13  * @see: http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0.txt\r
  14  * \r
  15  * Any republication or derived work distributed in source code form\r
  16  * must include this copyright and license notice.\r
  17  */\r
  18 \r
  19 package compbio.engine.client;\r
  20 \r
  21 import java.io.IOException;\r
  22 import java.io.InputStream;\r
  23 import java.util.Map;\r
  24 \r
  25 import compbio.metadata.JobExecutionException;\r
  26 import compbio.metadata.JobSubmissionException;\r
  27 import compbio.metadata.ResultNotAvailableException;\r
  28 \r
  29 public interface ConfiguredExecutable<T> extends Executable<T>,\r
  30                 PipedExecutable<T> {\r
  31 \r
  32         Map<String, String> getEnvironment();\r
  33 \r
  34         String getTaskId();\r
  35 \r
  36         String getCommand(ExecProvider provider) throws JobSubmissionException;\r
  37 \r
  38         ExecProvider getSupportedRuntimes();\r
  39 \r
  40         String getWorkDirectory();\r
  41 \r
  42         void setWorkDirectory(String workDirectory);\r
  43 \r
  44         <V> V getResults() throws ResultNotAvailableException;\r
  45 \r
  46         Executable<T> getExecutable();\r
  47 \r
  48         CommandBuilder<T> getParameters();\r
  49 \r
  50         boolean saveRunConfiguration() throws IOException;\r
  51 \r
  52         ConfiguredExecutable<?> loadRunConfiguration(InputStream input)\r
  53                         throws IOException;\r
  54 \r
  55         public ExecProvider getExecProvider();\r
  56 \r
  57 }\r